CC BY
5ными ALK-перестройками 266/291 (91,4%) и 278/291 (95,5%) демонстрировали несбалансированную экспрессию 5'/3' и ex19/3' соответственно. Далее мы исследовали 62 образца, которые оказались наиболее перспективными по тесту на несбалансированную экспрессию гена ALK, но не обнаруживали известных вариантов перестроек и не несли мутации в гене KRAS. NGS-анализ выявил 20 случаев транслокаций ALK: 5 новых вариантов (UBCex1-ALKex18, EML4ex13-ALKex3-ALKex20, EML4ex6-ins18bp-ALKex20 и EML4ex5del10-del44ALKex20, EML4ex2-del150ALKex20); 13 опухолей с известными редкими вариантами транслокаций ALK, в том числе 5 случаев с перестройкой на 17/18/19 экзоны гена ALK;
2 распространенных варианта присутствующих в низком проценте клеток опухоли. Кроме того, мы подвергли NGS-анализу QIAseq RNAscan 32 образца от молодых пациентов НМРЛ, которые были негативными в ПЦР-тестах на транслокации ALK/ROS1/ RET, перестроек гена ALK выявлено не было, однако в 1 случае обнаружилась не описанная ранее перестройка ACTB-ROS1.
Выводы
Это исследование обеспечивает основу для недорогого и эффективного обнаружения транслокаций с участием гена ALK. Исследование проводилось при поддержке гранта РНФ 17-75-30027.
Список литературы
1. lyevleva A . G . , Raskin G A. , Tiurin V I . et al . Novel ALK fusion partners in lung cancer // Cancer Lett . 2015 . 362 (1) . Р 116-121. 2 . Wang R . , Pan Y, Li C . et al . The use of quantitative real-time reverse transcriptase PCR for 5' and 3' portions of ALK transcripts to detect ALK rearrangements in lung cancers // Clin Cancer Res 2012 . 18 (17) . Р 4725-4732 .
Внеклеточные микроРНК мочи как диагностический маркер кастрационно-резистентного рака предстательной железы
Авторы
Сайткулова Милена Максимовна, [email protected], ФГБУН Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, ФГАОУ ВО «Новосибирский национальный исследовательский государственный университет», Новосибирск
Брызгунова Ольга Евгеньевна, [email protected], ФГБУН Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, ФГБУ «НМИЦ им. академика Е.Н. Мешалкина», Новосибирск
Лактионов Павел Петрович, [email protected], ФГБУН Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, ФГБУ «НМИЦ им. академика Е.Н. Мешалкина», Новосибирск
Остальцев Илья Александрович, [email protected], ФГБУ «НМИЦ им. академика Е.Н. Мешалкина», Новосибирск
Красильников Сергей Эдуардович, [email protected], ФГБУ «НМИЦ им. академика Е.Н. Ме-шалкина», Новосибирск
Коношенко Мария Юрьевна, [email protected], ФГБУН Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, ФГБУ «НМИЦ им. академика Е.Н. Мешалкина», Новосибирск
Ключевые слова:
микроРНК, рак предстательной железы, диагностика, кастрационно-резистентный рак предстательной железы
Актуальность
Рак предстательной железы (РПЖ) во всем мире занимает лидирующие позиции в структуре онкозабо-леваемости и смертности от злокачественных новообразований среди мужчин. Медиана выживаемости больных кастрационно-резистентным раком предстательной железы (КРРПЖ), плохо поддающейся лечению формой заболевания, составляет 9-36 месяцев. Современная диагностика КРРПЖ заключается в исследовании уровня тестостерона и ПСА в крови пациента. До сих пор не разработано высокоспецифичных маркеров для ранней диагностики и терапии, способной предотвратить развитие КРРПЖ [1]. МикроРНК вовлечены во все ключевые этапы развития РПЖ, андрогенной независимости и обладают значительным потенциалом в качестве диагностических маркеров РПЖ [2].
Цель
Формирование диагностической панели для КРРПЖ на основе оценки уровня экспрессии 9 микроРНК (miR-19b, -30е, -31, -92а, -125Ь, -200Ь, -205а, -375, -660) в составе внеклеточных везикул (ВВ) и бесклеточной фракции (БкФ) мочи больных гор-мончувствительным раком предстательной железы (ГЧРПЖ) и КРРПЖ.
Материалы и методы
Образцы мочи пациентов с КРРПЖ и ГЧРПЖ были получены из НМИЦ им. академика Е.Н. Мешалкина. ВВ мочи были получены методом агрегации-преципитации с использованием полиэти-лентгликоля и декстрана. МикроРНК внеклеточных везикул и бесклеточной фракции мочи были выделе-
ны с использованием стекловолокнистых сорбентов в присутствии октановой кислоты. Относительная экспрессия микроРНК была оценена методом stem-loop RT-PCR. Статистическую обработку данных проводили в программе MedCalc Statistical Software.
Результаты
С помощью однофакторного дисперсионного анализа ANOVA выявлены дифференциально-экспресси-рованные пары микроРНК: 16 пар микроРНК ВВ и 17 пар микроРНК БкФ.
Выводы
Выявлены пары микроРНК, относительная экспрессия которых была больше у ГЧРПЖ, чем у
КРРПЖ: 19/375, 30/375, 31/92, 31/200, 31/205, 31/375, 92/375, 125/200, 125/375, 125/600, 200/375, 205/375 (ВВ); 31/200, 125/200, 205/660 (БкФ); меньше ГЧРПЖ, чем у КРРПЖ: 30/31, 30/125, 92/125, 375/660 (ВВ); 19/30, 19/31, 19/92, 19/125, 19/200, 19/205, 19/375, 19/660, 30/31, 30/125, 30/205, 92/205, 125/205, 200/205 (БкФ). На основе полученных результатов были сформированы диагностические алгоритмы: для микроРНК БкФ мочи — состоящий из трех пар микроРНК (19/200, 19/205, 200/205) и позволяющий диагностировать больных КРРПЖ с точностью 100%; для микроРНК ВВ мочи — состоящий из трех пар микроРНК (30/31, 92/125, 125/200) и позволяющий диагностировать 90% больных КРРПЖ.
Список литературы
1. Konoshenko M .Y et al ., miRNAs and androgen deprivation therapy for prostate cancer // Biochim Biophys Acta Rev Cancer. 2021. 1876 (2) . Р. 188625 .
2 . Konoshenko M .Y et . al . The Panel of 12 Cell-Free MicroRNAs as Potential Biomarkers in Prostate Neoplasms // Diagnostics . 2020 .10 (1) . Р. 38 .
Микрофлюидный анализ эритроцитов при действии базовых препаратов химиотерапии in vitro
Авторы
Букатин Антон Сергеевич, [email protected], ФГБУ ВОиН «Санкт-Петербургский национальный исследовательский академический университет им. Ж.И. Алферова РАН», ФГБУН Институт аналитического приборостроения РАН, Санкт-Петербург
Скверчинская Елизавета Арнольдовна, [email protected], ФГБУН Институт эволюционной физиологии и биохимии им. И.М. Сеченова РАН, ФГБУ ВОиН «Санкт-Петербургский национальный исследовательский академический университет им. Ж.И. Алферова РАН, Санкт-Петербург
Иванов Александр Сергеевич, [email protected], ФГАОУ ВО «Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого», ФГБУ ВОиН «Санкт-Петербургский национальный исследовательский академический университет им. Ж.И. Алферова РАН», Санкт-Петербург
Миндукшев Игорь Викторович, [email protected], ФГБУН Институт эволюционной физиологии и биохимии им. И.М. Сеченова РАН, Санкт-Петербург
Левдарович Надежда Андреевна, [email protected], ФГБУ ВОиН «Санкт-Петербургский национальный исследовательский академический университет им. Ж.И. Алферова РАН, Санкт-Петербург
Ключевые слова:
эритроциты, химиотерапия, микрофлюидика
Актуальность
Мониторинг состояния пациента при химиотерапии (ХТ) включает в себя численную оценку клеток крови, но не оценку их функционального состояния. Эритроциты с нарушениями деформируемости удаляются из циркуляции, а если расход не компенсируется образованием эритроцитов de novo, развивается состояние гемолитической анемии [1]. Нарушение деформационных характеристик эритроцитов приводит к возникновению локальных зон гипоксемии, что снижает апоптотический потенциал ХТ и ухудшает прогноз лечения. Моделирование условий прохождения эритроцитов по капиллярам в микроканалах микрофлюидного устройства позволяет проследить
связь между биофизическими параметрами эритроцитов (форма, размер, жесткость) и цитологическим состоянием, т.е. оценивать вклад трансформации мембран в динамику микроциркуляции [2, 3].
Цель
Оценка способности эритроцитов, подвергнутых действию препаратов ХТ, двигаться в искусственных капиллярах микрофлюидного устройства.
Материалы и методы
Отмытые эритроциты здоровых доноров инкубировали с коммерческими препаратами: паклитакселом (TAX), оксалиплатином (PLAT), циклофосфамидом,
