CC BY
25
Материалы научно-практической конференции «От эпидемиологии к диагностике актуальных инфекций...»
Инфекция и иммунитет
При проведении мониторинга вибриофлоры поверхностных водоемов г. Иркутска в летний период 2012—13 гг. исследовано 1872 пробы (вода, ил, гидро-бионты, водоросли). Бактериологическому и масс-спектрометрическому анализу подвергались колонии, морфологически сходные с V. cholerae. Масс-спектрометрический анализ осуществлялся после предварительной постановки ориентировочной реакции агглютинации с холерными сыворотками О1 и О139 серогрупп: не агглютинирующиеся культуры исследовались прямым нанесением на чип, агглютинирующиеся одной из сывороток предварительно проходили спиртовую обработку с последующей экстракцией белка ацетонитрилом и муравьиной кислотой.
В результате из 583 исследованных колоний масс-спектрометрически к V. cholerae отнесено 220 из 76 проб, отобранных в стационарных точках поверхностных водоемов г. Иркутска. Бактериологически как V. cholerae идентифицировано 65 культур, отнесенных по результатам масс-спектрометри-ческого анализа к указанному виду. Из них две культуры по комплексу признаков отнесены к V. cholerae eltor, остальные 63 — к V. cholerae не О1/О139. Выявленные различия масс-спектрометрической идентификации и бактериологического анализа (наличие положительных по MALDI-TOF МС культур, не подтвержденных бактериологически) требуют дальнейшего исследования с применением молекулярно-генетических методов, позволяющих определить таксономическую принадлежность микроорганизма.
Таким образом, методика MALDI-TOF МС идентификации показала высокую эффективность при проведении мониторинга вибриофлоры поверхностных водоемов и может быть рекомендована для включения в схему лабораторной диагностики холеры.
ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНАЯ ДИАГНОСТИКА CIN III И CARCINOMA IN SITU ШЕЙКИ МАТКИ, АССОЦИИРОВАННЫХ С ПАПИЛЛОМАВИРУСНОЙ ИНФЕКЦИЕЙ, С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ИММУНОЛОГИЧЕСКИХ ПОКАЗАТЕЛЕЙ И.Л. Батурина, И.Ю. Орнер, М.А. Зотова, Л.Ф. Телешева, А.В. Жаров, К.В. Никушкина, Е.А. Мезенцева
НИИ иммунологии ГБОУ ВПО Южно-Уральский государственный медицинский университет МЗ РФ, г. Челябинск
В настоящее время основным методом диагностики, подтверждающим рак шейки матки (РШМ), является гистологическое исследование. Однако до 20% эксцизионных биопсий оказываются неинформативными, в связи с чем возникла потребность усовершенствовать дифференциальную диагностику между цервикальной интраэпителиальной нео-плазией (CIN) и преинвазивным раком шейки матки (Cr in situ).
Цель исследования: установить иммунологические критерии перехода CIN III в Cr in situ для использования их в дифференциальной диагностике данной патологии.
Материалы и методы. Проведено иммунологическое обследование 53 женщин с гистологически верифицированным диагнозом CIN III (I подгруппа, n = 30) и Cr in situ (II подгруппа, n = 23), у ко-
торых предварительно методом ПЦР была выявлена папилломавирусная инфекция. Для оценки иммунологических показателей у женщин исследовались периферическая кровь и цервикальная слизь. Статистические методы: «Statistica for Windows 6.0», пошаговый дискриминантный анализ.
Результаты исследования. Выявлены достоверные отличия ряда иммунологических показателей у больных CIN III и Cr in situ. Для уточняющей диагностики между I и II подгруппами установленными переменными явились: абсолютное содержание CD10+, CD20+, CD25+ лимфоцитов крови, функциональный резерв нейтрофилов цервикальной слизи (ФРНС, у.е.), уровень IL-10 крови (IL-10K, пг/мл), IFNy (IFNyC, пг/мл) и TNFa (TNFaC, пг/мл) цер-викальной слизи. На основании полученных данных была составлена функция: F (x1) = —15,671 х (CD10+) + 13,993 х (CD20+) - 15,035 х (CD25+) + 0,488 х ФРНС + 0,633 х IL-10K + 0,1 х IFNyC — 0,081 х TNFaC — 4,786. Применение формулы подразумевает формальную подстановку количественных значений показателей.
Выводы. Методом пошагового дискриминантного анализа составлена функция, позволяющая провести дифференциальную диагностику между CIN III и Carcinoma in situ, ассоциированных с папилломави-русной инфекцией.
СКРИНИГ ШТАММОВ HELICOBACTER PYLORI НА НАЛИЧИЕ cagA+
Э.Е. Бекенова12, Г.Н. Кулмамбетова2, А.К. Туякова2, А.Т. Сукашев3, А.А. Логвиненм3, К.Х. Алмагамбетов2
1 Евразийский национальный университет им. Л.Н. Гумилева, Астана, Казахстан
2 РГП Республиканская коллекция микроорганизмов, Астана, Казахстан
3Национальный научный медицинский центр Астаны, Казахстан
Инфицирование бактерией Helicobacter pylori вызывает развитие в слизистой желудка воспалительного процесса, который в большинстве случаев протекает в форме хронического гастрита. К настоящему времени у двух штаммов H. pylori (J99 и 26695) определены полные последовательности генома. Геном H. pylori содержит 1600 генов. Ряд генов, продукты которых — белки CagA, VacA, IceA, BabA, считаются факторами патогенности. Гены H. pylori, ассоциированные с цитотоксином А или островка патогенности сag, кодируют белок длинной 1186 аминокислотных остатка и состоит из 30—40 генов. Этот белок признан одним из основных факторов патогенности H. pylori и считается ответственным за нарушение целостности эпителия слизистой желудка. Он обычно отсутствует у штаммов, которые выделены от людей, являющихся бессимптомными носителями H. pylori.
Целью работы являлось культивирование и скрининг штаммов на наличие CagA+ H. pylori.
В работе были исследованы 16 культур H. pylori, изолированных из биоптатов слизистой оболочки желудка от пациентов с патологиями желудочно-кишечного тракта Национального научного медицинского центра г. Астаны. С биопсийного материала проводили посев на селективные среды. Посевы инкубировали при температуре 37°С, влажности 98%, в микроаэрофильных условиях, в течение 7 сут.
2014, Т. 4, № 1
Материалы научно-практической конференции «От эпидемиологии к диагностике актуальных инфекций...»
Скрининг штаммов H. pylori на вирулентный ген cagA был проведен с помощью ПЦР. Реакция ПЦР была выполнена с праймерами Lage (1995) 5'-AATACACCAACGCCTCCAAG-3' и 5'-TTGTTG-CCGCTTTTGCTCTC-3' в общем объеме 20 мкл. Программа ПЦР амплификации включала длительную денатурацию 95°С в течение 5 мин; 30 циклов: 95°С — 30 с, 55°С — 30 с, 72°С — 40 с; заключительная элонгация 7 мин при 72°С, ПЦР программа была выполнена с применением ампли-фикатора GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems). Фракционировали фрагменты cagA гена методом электрофореза в 1% агарозном геле.
В результате проведенной нами работы был ам-плифицирован специфический фрагмент вирулентного cagA+ гена H. pylori молекулярной массой около 400 п.н. в биоптатах 8 из 16 больных с язвенными поражениями желудка, гастритом и язвой 12-перстной кишки.
РАСПРОСТРАНЕННОСТЬ НОСИТЕЛЬСТВА S. PNEUMONIAE В ДЕТСКИХ ОРГАНИЗОВАННЫХ КОЛЛЕКТИВАХ ГОРОДА ИРКУТСКА
О.И. Боброва, О.Г. Карноухова, Л.А. Степаненко, Г.Ю. Коган, В.И. Злобин
ГБОУ ВПО Иркутский государственный медицинский университет МЗ РФ
Цель исследования — изучение распространенности носительства S. pneumoniae в детских организованных коллективах города Иркутска. Всего обследовано 118 детей в возрасте от 2 до 5 лет. Из них 53,4% — девочки и 46,6% — мальчики. Дополнительно проведено анкетирование детей по индивидуальной разработанной схеме с применением «Методических рекомендаций по комплексной оценке состояния здоровья детей и подростков при массовых врачебных осмотрах» [М., 1982 (МЗ СССР)]. Дети разделены на 4 группы здоровья и обследованы на носительство S. pneumoniae. Забор материала производили с задней стенки носоглотки тампоном COPAN 482CE, транспортировался в среде обогащения и засевали по методу Гоeлда на чашки Петри с 5—10% кровяно-сывороточным агаром. Посевы инкубировали при 37°С 24 часа. Идентификацию микроорганизмов проводили по морфологическим, тинкториальным, куль-туральным свойствам и чувствительности к оптохину и литическому действию желчи. Среди обследованных детей, процент носительства пневмококка колебался от 6,8 до 18,7. Наибольшая частота носительства (11,9%) наблюдалась среди детей 2 группы здоровья.
ИДЕНТИФИКАЦИЯ БАКТЕРИЙ РОДА YERSINIA МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ
Е.А. Богумильчик1, М.В. Афанасьев2, М.Б. Ярыгина2, Е.А. Воскресенская1, Г.Я. Ценева1
1ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург;
2 ФКУЗ Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока Роспотребнадзора
Разнообразие представителей рода Yersinia, близкородственных Y. enterocolitica (YE-like), затрудняет идентификацию по фенотипическим признакам, и их часто определяют как Y. enterocolitica вследствие недостаточного количества коммерческих тестов. В последние годы метод масс-спектрометрии (MS)
все шире внедряется для идентификации микроорганизмов, в том числе иерсиний. Для изучения коллекции 1110 штаммов иерсиний использовали MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics, Германия). У изученных штаммов, по значению Score Value (SV) установлена таксономическая принадлежность.
По итогам проведенных исследований показана высокая дифференцирующая способность MS для определения принадлежности к роду Yersinia (100% штаммов), видам Y. pseudotuberculosis — 327 штаммов (100%) и Y. enterocolitica — 563 штамма (99,8%). Методом MS среди группы представителей, ранее отнесенных к Y. enterocolitica, выявлено 57 штаммов (9,5%), относящихся к YE-like видам. При исследовании 219 представителей YE-like отмечена достоверная идентификация до вида (SV > 2,3) только для 30,9% штаммов вида Y. kristensenii, 14,8% — Y. intermedia, 11,1% — Y. frederiksenii. Для ряда штаммов с неоднозначными результатами по MS проводили реиденти-фикацию с использованием дополнительных тестов в соответствии с современными данными о биохимической активности иерсиний и подтверждали видовую принадлежность по последовательности участка гена 16S рРНК. Идентификация методом MS иерсиний близкородственных Y. enterocolitica видов осложняется тем, что в более чем 70% случаев, наиболее соответствующим масс-спектру исследуемого штамма по значению SV, является референтный масс-спектр штаммов Y. enterocolitica базы MALDI Biotyper 3.0. Тем не менее, метод MS позволил выявить три штамма вида Y. aleksiciae (подтверждено по последовательности гена 16S рРНК), не имеющих отличий от Y. kristensenii по известным биохимическим свойствам.
Быстрый и относительно дешевый метод MS может быть рекомендован в качестве экспресс метода для установления принадлежности к роду Yersinia, видам Y. pseudotuberculosis и Y. enterocolitica. Сочетанное использование метода MS и постановки необходимых биохимических тестов, позволяет повысить эффективность внутриродовой дифференциации бактерий рода Yersinia.
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ МЕТОДОВ МОЛЕКУЛЯРНОЙ БИОЛОГИИ В ДЕЯТЕЛЬНОСТИ КОЛЛЕКЦИЙ ПАТОГЕННЫХ МИКРООРГАНИЗМОВ
А.Г. Богун, А.А. Кисличкина, Н.В. Майская, Л.А. Кадникова, Д.В. Русанова, С.А. Благодатских
ФБУНГНЦприкладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора, п. Оболенск, Московская область
В деятельности коллекций патогенных микроорганизмов важно иметь уверенность, что депонируемые штаммы правильно идентифицированы и охарактеризованы авторами, а в процессе хранения не происходит изменения их свойств. Биохимические и культурально-морфологические исследования часто не обеспечивают эффективную дифференциацию. Большое разнообразие микроорганизмов, находящихся на хранении не позволяет иметь весь набор специфических методов, поскольку требует значительных материальных затрат.
В ГКПМ-Оболенск, созданной на базе ФБУН ГНЦ ПМБ Роспотребнадзора, депонировано более 10 000 штаммов. Деятельность коллекции связана с предоставлением стандартных образцов, патентному депонированию, гарантийному хранению штам-
