Идентификация бактерий рода Yersinia методом масс-спектрометрии Текст научной статьи по специальности «Фундаментальная медицина»

2014, Т. 4, № 1

Материалы научно-практической конференции «От эпидемиологии к диагностике актуальных инфекций...»

Скрининг штаммов H. pylori на вирулентный ген cagA был проведен с помощью ПЦР. Реакция ПЦР была выполнена с праймерами Lage (1995) 5'-AATACACCAACGCCTCCAAG-3' и 5'-TTGTTG-CCGCTTTTGCTCTC-3' в общем объеме 20 мкл. Программа ПЦР амплификации включала длительную денатурацию 95°С в течение 5 мин; 30 циклов: 95°С — 30 с, 55°С — 30 с, 72°С — 40 с; заключительная элонгация 7 мин при 72°С, ПЦР программа была выполнена с применением ампли-фикатора GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems). Фракционировали фрагменты cagA гена методом электрофореза в 1% агарозном геле.

В результате проведенной нами работы был ам-плифицирован специфический фрагмент вирулентного cagA+ гена H. pylori молекулярной массой около 400 п.н. в биоптатах 8 из 16 больных с язвенными поражениями желудка, гастритом и язвой 12-перстной кишки.

РАСПРОСТРАНЕННОСТЬ НОСИТЕЛЬСТВА S. PNEUMONIAE В ДЕТСКИХ ОРГАНИЗОВАННЫХ КОЛЛЕКТИВАХ ГОРОДА ИРКУТСКА

О.И. Боброва, О.Г. Карноухова, Л.А. Степаненко, Г.Ю. Коган, В.И. Злобин

ГБОУ ВПО Иркутский государственный медицинский университет МЗ РФ

Цель исследования — изучение распространенности носительства S. pneumoniae в детских организованных коллективах города Иркутска. Всего обследовано 118 детей в возрасте от 2 до 5 лет. Из них 53,4% — девочки и 46,6% — мальчики. Дополнительно проведено анкетирование детей по индивидуальной разработанной схеме с применением «Методических рекомендаций по комплексной оценке состояния здоровья детей и подростков при массовых врачебных осмотрах» [М., 1982 (МЗ СССР)]. Дети разделены на 4 группы здоровья и обследованы на носительство S. pneumoniae. Забор материала производили с задней стенки носоглотки тампоном COPAN 482CE, транспортировался в среде обогащения и засевали по методу Гоeлда на чашки Петри с 5—10% кровяно-сывороточным агаром. Посевы инкубировали при 37°С 24 часа. Идентификацию микроорганизмов проводили по морфологическим, тинкториальным, куль-туральным свойствам и чувствительности к оптохину и литическому действию желчи. Среди обследованных детей, процент носительства пневмококка колебался от 6,8 до 18,7. Наибольшая частота носительства (11,9%) наблюдалась среди детей 2 группы здоровья.

ИДЕНТИФИКАЦИЯ БАКТЕРИЙ РОДА YERSINIA МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ

Е.А. Богумильчик1, М.В. Афанасьев2, М.Б. Ярыгина2, Е.А. Воскресенская1, Г.Я. Ценева1

1ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург;

2 ФКУЗ Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока Роспотребнадзора

Разнообразие представителей рода Yersinia, близкородственных Y. enterocolitica (YE-like), затрудняет идентификацию по фенотипическим признакам, и их часто определяют как Y. enterocolitica вследствие недостаточного количества коммерческих тестов. В последние годы метод масс-спектрометрии (MS)

все шире внедряется для идентификации микроорганизмов, в том числе иерсиний. Для изучения коллекции 1110 штаммов иерсиний использовали MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics, Германия). У изученных штаммов, по значению Score Value (SV) установлена таксономическая принадлежность.

По итогам проведенных исследований показана высокая дифференцирующая способность MS для определения принадлежности к роду Yersinia (100% штаммов), видам Y. pseudotuberculosis — 327 штаммов (100%) и Y. enterocolitica — 563 штамма (99,8%). Методом MS среди группы представителей, ранее отнесенных к Y. enterocolitica, выявлено 57 штаммов (9,5%), относящихся к YE-like видам. При исследовании 219 представителей YE-like отмечена достоверная идентификация до вида (SV > 2,3) только для 30,9% штаммов вида Y. kristensenii, 14,8% — Y. intermedia, 11,1% — Y. frederiksenii. Для ряда штаммов с неоднозначными результатами по MS проводили реиденти-фикацию с использованием дополнительных тестов в соответствии с современными данными о биохимической активности иерсиний и подтверждали видовую принадлежность по последовательности участка гена 16S рРНК. Идентификация методом MS иерсиний близкородственных Y. enterocolitica видов осложняется тем, что в более чем 70% случаев, наиболее соответствующим масс-спектру исследуемого штамма по значению SV, является референтный масс-спектр штаммов Y. enterocolitica базы MALDI Biotyper 3.0. Тем не менее, метод MS позволил выявить три штамма вида Y. aleksiciae (подтверждено по последовательности гена 16S рРНК), не имеющих отличий от Y. kristensenii по известным биохимическим свойствам.

Быстрый и относительно дешевый метод MS может быть рекомендован в качестве экспресс метода для установления принадлежности к роду Yersinia, видам Y. pseudotuberculosis и Y. enterocolitica. Сочетанное использование метода MS и постановки необходимых биохимических тестов, позволяет повысить эффективность внутриродовой дифференциации бактерий рода Yersinia.

ИСПОЛЬЗОВАНИЕ МЕТОДОВ МОЛЕКУЛЯРНОЙ БИОЛОГИИ В ДЕЯТЕЛЬНОСТИ КОЛЛЕКЦИЙ ПАТОГЕННЫХ МИКРООРГАНИЗМОВ

А.Г. Богун, А.А. Кисличкина, Н.В. Майская, Л.А. Кадникова, Д.В. Русанова, С.А. Благодатских

ФБУНГНЦприкладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора, п. Оболенск, Московская область

В деятельности коллекций патогенных микроорганизмов важно иметь уверенность, что депонируемые штаммы правильно идентифицированы и охарактеризованы авторами, а в процессе хранения не происходит изменения их свойств. Биохимические и культурально-морфологические исследования часто не обеспечивают эффективную дифференциацию. Большое разнообразие микроорганизмов, находящихся на хранении не позволяет иметь весь набор специфических методов, поскольку требует значительных материальных затрат.

В ГКПМ-Оболенск, созданной на базе ФБУН ГНЦ ПМБ Роспотребнадзора, депонировано более 10 000 штаммов. Деятельность коллекции связана с предоставлением стандартных образцов, патентному депонированию, гарантийному хранению штам-