Russian clinical laboratory diagnostics. 2016; 61(9)
doi 10.18821/0869-2084-2016-61-9
Генетические и эпигенетические аберрации могут вызывать активацию онкогенов и инактивацию генов-супрессоров опухолевого роста и стимулировать развитие злокачественных опухолей.
Цель данной работы - идентифицировать гены хромосомы 3, подверженные гиперметилированию и/или делециям при раке молочной железы (РМЖ), которые можно использовать для диагностики этого заболевания.
Изменения статуса метилирования CpG-островков и числа копий ДНК исследованы с использованием сравнительной гибридизации ДНК на оригинальных NotI-микрочипах и с применением программного обеспечения NIMAN в 47 парных (опухоль/норма) образцах РМЖ. Микрочипы содержали 180 NotI-клонов, связанных со 188 генами хромосомы 3, причем в основном, с их промоторными областями. Изменение уровня мРНК генов определяли методом количественной ПЦР в реальном времени (ПЦР-РВ) с применением оригинального программного обеспечения. Анализ метилирования проводили с помощью бисульфитного секвенирования.
В общей сложности, выявлены 35 NotI-сайтов с высокой частотой (15-38% образцов РМЖ) гиперметилирования / делеций (М/Д). Среди генов, ассоциированных с этими сайтами, есть как известные, так и потенциальные онкосупрес-соры (ALDH1L1, VHL, CTDSPL и т. д.), а также гены, для которых роль в патогенезе РМЖ показана впервые (LRRN1, FOXP1, PRICKLE2 и т. д.). Результаты, полученные на NotI-микрочипах, проверены с использованием бисульфитного сек-венирования выборочно, а именно, для генов VHL, NKIRAS1, ITGA9, LRRC3B и CTDSPL. Для ряда генов с высокой частотой М/Д (ALDH1L1, EPHB1, ITGA9 и ROPN1) определено изменение уровня экспрессии методом ПЦР-РВ. Частое (в 57-90% образцов РМЖ) и значительное (> 2 раза) понижение экспрессии показано для всех генов с высокой частотой М/Д. Эти гены являются новыми кандидатами на роль онкосупрессоров при РМЖ. Функциональное гиперметилирование, ассоциированное с потерей экспрессии, показано для генов ALDH1L1, EPHB1, ITGA9, ROPN1, что согласуется с предположением об их онкосупрессорных функциях. Наиболее значительная потеря экспрессии выявлена для гена ALDH1L1 - в среднем 50-кратное уменьшение уровня мРНК в 90% образцов.
Новые гены с частым снижением уровня мРНК и частым гиперметилированием можно рассматривать как потенциальные маркеры для диагностики и как мишени для таргетной терапии больных РМЖ. В дальнейшем наиболее интересным представляется детальное изучение способов «замалчивания» гена ALDH1L1 (снижающего уровень экспрессии вдвое в 90% образцов РМЖ) посредством гиперметилирования и/ или воздействия микроРНК.
Исследования метилирования и экспрессии новых он-косупрессорных генов, выявленных при помощи NotI-микрочипов, выполнены при финансовой поддержке Российского Научного Фонда (грант № 14-15-00654). Исполнители этого гранта благодарят ИМБ РАН (Москва) и Каролинский институт (Стокгольм) за плодотворное сотрудничество.
Е.Н. Лебедева. Влияние экзогенных промышленных факторов на состояние локальной эндокринной регуляции жировой ткани у женщин, занятых в нефтехимическом производстве. ГБОУ ВПО Оренбургский государственный медицинский университет, Оренбург
В обследование были включены женщины, работницы нефтехимического производства (стаж работы не менее 10 лет). У всех обследованных лиц определяли содержание общего холестерина (О-ХС), холестерина липопротеинов высокой плотности (ХС ЛПВП) и холестерина липопротеидов низкой плотности (ХС ЛПНП), триацилглицеринов (ТАГ) и C-реактивного белка (С-РБ) в сыворотке крови определяли с помощью автоматического биохимического анализатора
COBAS Integra-400 plus (Швейцария-Германия) Содержание в сыворотке крови лептина и ФНО-а определяли методом твердофазного иммуноферментного анализа.
У лиц, длительно работающих на предприятиях нефтехимии, отмечено наличие традиционных факторов атерогенного риска - повышение ОХС, ХС ЛПНП, ТАГ и ИА. На фоне избыточной массы тела основные показатели липидного обмена у обследованных лиц достоверно превышали нормальные значения. Особенно высокими были значения ТАГ, что коррелировало с ИМТ и указывало на нарушения метаболизма липидов. Значения С-реактивного белка и ФНО-а были повышенными, что свидетельствует о процессе воспаления. Леп-тин был выше нормы в 2,5 раза. Значения адипонектина были чрезвычайно низкими: наблюдалось 10-кратное снижение по отношению к норме. Соотношение лептин/адипонектин рассматривается многими авторами как биомаркер инсулиноре-зистентности, а одной из основных функций адипонектина и инсулина считают цитопротекторное действие. По всей вероятности длительный контакт с токсическими веществами в процессе производственной деятельности вызывает окислительный стресс и оказывает обесогенный эффект (приводит к увеличению общей массы жировой ткани). А по мере ее возрастания развивается асептическое хроническое воспаление, результатом которого является локальное и системное увеличение продукции ФНО-а, под влиянием которого увеличивается экспрессия лептина - основного гормона жировой ткани. Наряду с этим полученные в исследовании данные позволяют рекомендовать использование в качестве информативных биомаркеров токсического воздействия факторов производственной среды определение про- и противовоспалительных ади-покинов - лептина, адипонектина, ФНО -а и С-реактивного белка. Поскольку занятость женщин на вредном производстве является неизбежным явлением в обозримом будущем, серьезной проблемой становится своевременное выявление патологии и проведение первичной и вторичной профилактики.
В.И. Логинов2, И.В. Пронина1 2, Е.В. Береснева3, В.В. Хоконова1 2, А.М. Бурденный, А.В. Карпухин2, Т.П. Казуб-ская4, Э.А. Брага1,2. Гиперметилирование генов микроРНК как маркеры для диагностики и прогноза рака почки. 'ФГБНУ «НИИ общей патологии и патофизиологии», Москва; 2ФГБНУ «Медико-генетический научный центр», Москва; 3ФГУП ГосНИИгенетика, Москва; 4ФГБУ «Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина», Москва
Важную роль в поддержании уровня экспрессии генов микроРНК играют эпигенетические механизмы, нарушение которых может приводить к изменению функций генов микроРНК и их мишеней и развитию злокачественных опухолей. Почечно-клеточный рак и особенно светлоклеточный рак почки (скПКР) отличает агрессивное протекание с высокой частотой метастазирования. Следует отметить, что встречаемость рака почки ежегодно возрастает.
Цель данной работы - провести анализ изменений статуса метилирования и экспрессии для группы генов микроРНК, содержащих CpG-островки, на представительной выборке скПКР и оценить клиническую значимость этих параметров для диагностики и прогноза скПКР.
Использовано 50 парных образцов (опухоль/норма) скПКР от пациентов, не подвергавшихся ранее лучевой или химиотерапии. Отбирали образцы с содержанием опухолевых клеток не менее 70%. Профиль метилирования CpG-островков генов микроРНК определяли с помощью метилспецифичной ПЦР. Для анализа уровня экспрессии генов микроРНК применяли ПЦР в реальном времени с использованием сертифицированных наборов фирмы Applied Biosystems и в качестве контролей - RNU6B и RNU48. Статистический анализ проводили с применением непараметрической ранговой корреляции Спирмена.