CC BY
207
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ СТАТЬИ
УДК 577.152.161; 577.151.02
Поиск ингибиторов лактатдегидрогеназы A человека с использованием компьютерного моделирования
Д. К. Нилов12*, Е. А. Прохорова2, В. К. Швядас12
'Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова, 119992, Москва, Ленинские горы, 1, стр. 40
2Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, факультет биоинженерии и биоинформатики, 119991, Москва, Ленинские горы, 1, стр. 73 *E-mail: [email protected] Поступила в редакцию 10.12.2014
РЕФЕРАТ Изоформа А лактатдегидрогеназы человека играет важную роль в жизнеобеспечении опухолевых клеток с анаэробным метаболизмом, поэтому поиск эффективных ингибиторов фермента является перспективным направлением создания новых лекарственных препаратов. С целью выявления новых ингибиторов, конкурентных по отношению к субстрату и к кофактору, созданы полноатомные модели лактатдегидрогеназы А (со связанной молекулой NADH и без нее), разработаны структурные критерии отбора потенциальных ингибиторов и проведен компьютерный скрининг библиотеки низкомолекулярных соединений. Это позволило обнаружить потенциальный ингибитор STK381370, положение которого стабилизировано дополнительными взаимодействиями с петлей 96-111, обеспечивающей переход из открытой конформации в закрытую.
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА докинг, ингибитор, лактатдегидрогеназа, молекулярное моделирование. СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ ЛДГ - лактатдегидрогеназа; ЛДГ-A - изоформа А лактатдегидрогеназы; 88N - название ингибитора, представленное в кристаллической структуре 4ajp.
ВВЕДЕНИЕ
Лактатдегидрогеназа (ЛДГ) - фермент, превращающий пируват в лактат на последнем этапе анаэробного гликолиза. Принимая во внимание особенности энергетического метаболизма опухолей, связанные с активацией гликолиза и снижением работы мито-хондриальной дыхательной цепи (так называемый эффект Варбурга) [1], ЛДГ человека рассматривается как фермент, важный для пролиферации опухолевой ткани и перспективная мишень для терапии опухолей. Одна из причин усиления гликолитической активности в опухолевых клетках - повышенный уровень экспрессии изоформы А ЛДГ (ЛДГ-А) [2, 3]. Селективное ингибирование ЛДГ-А способно, таким образом, эффективно подавить синтез АТР в опухолевых клетках и способствовать их гибели [4-6]. Отдельную задачу представляет обеспечение селективности в отношении изоформ фермента А и В (изо-форма из сердечной мышцы), которые обладают высоким структурным сходством [7]. Доступные
кристаллографические структуры ЛДГ-А человека, а также ясное представление о строении активного центра и механизме катализа служат хорошей предпосылкой поиска и оптимизации ингибиторов.
ЛДГ-А состоит из четырех субъединиц, каждая из которых содержит активный центр. Сначала с субъединицей связывается кофермент NADH, затем молекула пирувата. Среди участвующих в связывании аминокислотных остатков можно выделить А^168, боковая цепь которого образует вилочковое взаимодействие с карбоксильной группой пирувата [8]. В ходе реакции происходит перенос гидрид-иона с NADH на карбонильный углерод пирувата и протона с His192 на карбонильный кислород. Важную роль в катализе играет петля 96-111, закрывающая активный центр ЛДГ-А после связывания кофер-мента и субстрата. Переход в закрытую конформа-цию обеспечивает образование водородных связей между пируватом и остатком А^105 для последующей стабилизации переходного состояния и является
лимитирующей стадией восстановления пирувата [9]. Кристаллическая структура тройного комплекса ЛДГ-А человека с NADH и оксаматом (PDB ID 1i10) показала, что после связывания субстратов сохраняется некоторая вероятность существования петли 96-111 в открытой конформации [7]. Две из восьми субъединиц в асимметрической ячейке (D и G) при этом остаются открытыми. Недавно были получены кристаллические структуры апоформы и двойного комплекса NADH с ЛДГ-А человека (PDB ID 4l4r и 4l4s соответственно), которые подтвердили, что связывание кофермента вызывает лишь небольшие локальные изменения структуры петли [10].
Несмотря на то что структура и физико-химические свойства ЛДГ-А хорошо изучены, описаны лишь несколько классов ее ингибиторов, большинство из которых обладают невысокой ингибирующей активностью [11]. Референсным соединением для изучения ингибирования ЛДГ является оксамат -структурный аналог пирувата, с константой ингиби-рования 26 мкМ по отношению к ЛДГ-А человека [12]. N-замещенные оксаматы также подавляют активность различных изоформ ЛДГ в микромолярном диапазоне концентраций [13, 14]. В недавних публикациях компаний AstraZeneca и ARIAD Pharmaceuticals сообщается о новых ингибиторах ЛДГ-А - производных малоновой и никотиновой кислоты [15, 16]. Эти ингибиторы получены путем линкерного соединения молекулярных фрагментов, взаимодействующих с участками связывания субстрата и кофактора. Фрагменты были обнаружены при помощи высокопроизводительного экспериментального скрининга коллекций соединений, при этом на отдельных этапах дополнительно применялись методы молекулярного моделирования. Установлена кристаллическая структура комплекса одного из наиболее эффективных ингибиторов c ЛДГ-А человека (PDB ID 4ajp), в котором петля 96-111 представлена в закрытой конформации. Интересно, что переход петли в закрытую конформа-цию не обязателен для эффективного связывания, поскольку известны несколько фермент-ингибиторных комплексов с открытой структурой ЛДГ-А [17-19].
Высокопроизводительное компьютерное моделирование взаимодействий с белком должно облегчить поиск потенциальных ингибиторов в обширных библиотеках соединений. Однако при таком моделировании следует учитывать подвижность петли 96-111, которая может вносить вклад в эффективность связывания ингибитора. Цель настоящей работы состояла в выборе подходящей для моделирования кристаллической структуры ЛДГ-А, построении полноатомной модели фермента и оценке пригодности модели для скрининга потенциальных ингибиторов.
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
Модели ЛДГ-А человека были созданы на основе кристаллографической структуры 1i10 [7] с помощью пакетов программ AmberTools 1.2 и Amber 10 (http://ambermd.org) [20]. К структуре белка и ли-гандов добавляли атомы водорода, после этого молекулу белка помещали в ячейку воды типа TIP3P c минимальным расстоянием 12 А от белка до края ячейки (при этом сохранялись кристаллические молекулы воды). Для нейтрализации заряда в систему добавляли ионы хлора. Минимизацию энергии полученной системы (2500 шагов по методу наискорейшего спуска, затем 2500 шагов по методу сопряженных градиентов) проводили с позиционными ограничениями 2 ккал/(моль х А2) на тяжелых атомах белка и лигандов. Белок описывали с использованием силового поля ff99SB [21]. Для описания молекул NADH использовали параметры из базы данных AMBER parameter database [22], молекул оксамата - параметры из силового поля GAFF [23]. Из оптимизированной структуры удаляли молекулы воды и ионы хлора, в результате чего была получена модель 0 ЛДГ-А. Модели 1 и 2 для проведения докинга получены после удаления из модели 0 оксамата и оксама-та с NADH соответственно.
Структуры пирувата и известных ингибиторов ЛДГ моделировали в программе ACD/ChemSketch 8.17 [24]. Компьютерный скрининг ингибиторов ЛДГ-А проводили в коммерческой библиотеке низкомолекулярных соединений Vitas-M [25]. Прежде всего структуры соединений протонировали с помощью OpenBabel 2.3.0 [26], и их геометрию оптимизировали с помощью CORINA 3.4 [27]. С использованием программы ACD/Spectrus DB 14.0 [28] из библиотеки отобрали производные пирувата и оксамата, удовлетворяющие правилу Липинского [29].
Молекулярный докинг соединений в активный центр моделей 1 и 2 с фиксированным положением аминокислотных остатков проводили с помощью программы Lead Finder 1.1.15 [30]. Потенциальная решетка (карта потенциала взаимодействия в активном центре) была построена для субъединицы А модели белка таким образом, чтобы охватить область связывания оксамата (в случае модели 1) или область связывания оксамата и NADH (в случае модели 2). Для этого вокруг указанных лигандов (координаты которых заимствовали из модели 0) строили минимальную по размеру решетку, и затем ее стороны сдвигали на 6 А от центра, чтобы охватить близлежащее пространство. При оценке энергии связывания лиганда с белком учитывали Ван-дер-Ваальсово взаимодействие, наличие водородных связей, электростатическое взаимодействие, а также энтропийные эффекты, связанные с десольватацией и фиксацией
Рис. 1. Открытая (А) и закрытая (Б) конформации ЛДГ-А человека по данным рентгеноструктурного анализа. Петля 96-111 показана желтым цветом, позиции молекул NADH и оксамата раскрашены по атомам. Ансамбль открытых конформаций петли 96-111 получен путем наложения отдельных субъединиц из структур ^пк (А, С, D), 4т49 (А^), 414г (А, Н), 4^ (А, Н), 4qo7 (А, С, D), 4qo8 (А, С, D) по Са-атомам. Ансамбль закрытых конформаций получен путем наложения субъединиц из структур 1П0 (А-С, Е, F, Н), 4ajp (A-D)
торсионных углов. Поиск позиции соединений проводили с использованием генетического алгоритма в режиме «extra precision». Для расчета среднеквадратичного отклонения позиции ингибитора в модели использовали референсные координаты соединений из структур 1i10 и 4ajp (субъединица А). Автоматическую структурную фильтрацию комплексов осуществляли путем отбраковки структур, в которых расстояние между углеродом карбоксильной группы лиганда и углеродом гуанидиновой группы Arg168 составляло более 4.5 А.
Визуализацию, наложение и анализ структур осуществляли с помощью программ VMD 1.8.6 [31] и Swiss-PdbViewer 4.1.0 [32].
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
Выбор кристаллической структуры
В базе данных Protein Data Bank представлены следующие структуры ЛДГ-A человека: апоформа (PDB ID 4l4r), двойной комплекс с NADH (4l4s), комплексы с ингибиторами в открытой (4jnk, 4m49, 4qo7, 4qo8) и в закрытой (1i10, 4ajp) конформации. Чтобы проанализировать конформационное пространство подвижной петли 96-111, мы наложили отдельные субъединицы из этих структур на субъединицу
А из структуры Ш0 по Са-атомам. Сравнение показало, что в открытой конформации петля может быть расположена различным образом, причем даже в пределах одного тетрамера (рис. 1А). Так, при наложении субъединиц из структуры апоформы 414г среднее квадратичное отклонение по Са-атомам петли составляет 2.09 А. В закрытой конформации, напротив, петля фактически находится в одном положении, небольшое отклонение имеет место только в субъединице Е комплекса Ш0 (рис. 1Б).
Целый ансамбль положений петли 96-111 в открытой конформации ЛДГ-А делает затруднительным выбор конкретной структуры для построения модели фермента. В недавней работе по моделированию конформационной подвижности ЛДГ-А было предложено использовать так называемый ансамблевый докинг, когда позицию потенциального ингибитора находят для различающихся структур белка, после чего анализируют набор полученных комплексов [33]. Однако такой подход генерирует большой объем данных, усложняет их анализ и выбор адекватных критериев оценки эффективности потенциальных ингибиторов.
В то же время структура закрытой конформации ЛДГ-А привлекательна для компьютерного поиска ингибиторов четко заданным положением петли 96-
СН;
Пируват
Л
СНз
88N
.О А
HI\L „СН,
STL122184
STK381370
Рис. 2. Химические структуры субстратов и ингибиторов ЛДГ-А человека
111, а пригодность построенной на ее основе модели можно оценить путем докинга субстратов и известных ингибиторов. Поэтому далее мы сосредоточили внимание на структурах ЛДГ-А человека в закрытой конформации 1i10 и 4ajp. Структура 1i10 с разрешением 2.30 Â представляет комплекс с коферментом NADH и оксаматом, а структура 4ajp с разрешением 2.38 Â - комплекс с высокоэффективным ингибитором 88N, занимающим участки связывания субстрата и кофермента. Для моделирования была выбрана структура 1i10, ввиду более высокого разрешения и присутствия координат всех остатков в пределах тетрамера.
Построение полноатомных моделей фермента
К тетрамеру ЛДГ-А, взятому из кристаллической структуры 1i10, добавили атомы водорода. При этом остаток His192 был протонирован по N81-и №2-атомам имидазольного кольца, а другие ионо-генные остатки активного центра (Arg98, Arg105, Arg168) были сконструированы в стандартной, заряженной форме. Для оптимизации координат добавленных атомов водорода проведена минимизация энергии сольватированной структуры. После удаления воды и связанных в активном центре лигандов (NADH и/или оксамата) получили две модели ЛДГ-А для молекулярного докинга. Модель 1, содержащую в активном центре молекулу NADH, для поиска конкурентных в отношении пирувата ингибиторов и мо-
Рис. 3. Позиции известных ингибиторов в активном центре ЛДГ-А человека, предсказанные методом молекулярного докинга. А - позиция оксамата в модели 1, содержащей молекулу NADH, AGcalc = -4.8 ккал/моль. Б - позиция ингибитора 88N в модели 2, AGcalc = -9.6 ккал/моль. Оранжевым цветом показаны координаты соединений в кристаллических структурах 1i10 и 4ajp
дель 2, не содержащую лигандов, для поиска ингибиторов, конкурирующих одновременно за участки связывания пирувата и NADH.
Валидацию моделей проводили путем докинга известных ингибиторов с установленной структурой комплекса с ЛДГ-А человека (рис. 2). В активный центр модели 1 докировали оксамат, структурный аналог субстрата. Среднеквадратичное отклонение предсказанной позиции оксамата от позиции в структуре 1i10 составило 0.24 А (рис. 3А). При моделировании связывания субстрата показано, что пируват занимает схожую с оксаматом позицию, обеспечивающую необходимые для катализа взаимодействия с Arg105, Arg168, His192 и никотинамидным кольцом NADH. При докировании ингибитора 88N
Рис. 4. Схема компьютерного поиска ингибиторов ЛДГ-А человека в коммерческой библиотеке низкомолекулярных соединений
в активный центр модели 2 отклонение от позиции в кристаллической структуре 4ajp составило 1.65 Â (рис. 3Б). Известные ингибиторы ЛДГ-А были правильно ориентированы в активном центре со среднеквадратичным отклонением от референсной позиции в пределах 2 Â , что доказывает эффективность использованного алгоритма докинга.
Учет взаимодействий с петлей 96-111
При компьютерном скрининге с использованием полученных моделей ЛДГ-А следует учитывать взаимодействия субстратов и ингибиторов с петлей 96-111, за счет которых поддерживается закрытая конформация фермента. Чтобы установить водородные связи и гидрофобные контакты, которые возникают при переходе петли 96-111 в закрытую кон-формацию, мы сравнили структуры апоформы 4l4r и фермент-ингибиторных комплексов 1i10 и 4ajp.
В комплексе 1i10 оксамат, структурный аналог пи-рувата, образует водородные связи с гуанидиновой группой остатка Arg105. Это взаимодействие с петлей хорошо известно, поскольку важно для стабилизации переходного состояния в ходе превращения
субстрата. Также имеют место водородная связь 3'-ОН-группы никотинамидной части NADH с кислородом остова Ala97, гидрофобный контакт между С2'- и СЗ'-атомами никотинамидной части NADH и Св-атомом боковой цепи Arg98, электростатическое взаимодействие между пирофосфатной группой NADH и гуанидиновой группой Arg98 (таблица). В комплексе 4ajp карбоксильные группы ингибитора 88N взаимодействуют с Arg105 схожим с оксаматом образом, кроме того, одна из карбоксильных групп образует водородную связь с боковой цепью Gln99. С21-атом метиленовой группы и С27-атом бензольного кольца ингибитора образуют гидрофобный контакт с Св-атомом Arg98. При этом следует отметить отсутствие сближения полярных групп ингибитора с гуанидиновой группой Arg98. Перечисленные водородные связи, электростатические взаимодействия и гидрофобные контакты с петлей 96-111 представлены в полученных методом докинга комплексах с пируватом, оксаматом, ингибитором 88N и могут быть использованы в качестве структурных критериев отбора потенциальных ингибиторов ЛДГ-А в ходе компьютерного скрининга.
Компьютерный скрининг ингибиторов
При исследовании пригодности созданных моделей ЛДГ-А для скрининга новых ингибиторов из коммерческой библиотеки были отобраны 83 производных пирувата и оксамата (а-оксокарбоновые кислоты и их соли), удовлетворяющих правилу Липинского. Данное правило определяет диапазон физико-химических параметров, которым характеризуется большинство известных лекарственных средств: молекулярная масса < 500, log P < 5, доноры водородной связи < 5, акцепторы водородной связи < 10. После докинга выбранных соединений в активный центр моделей 1 и 2 и структурной фильтрации из дальнейшего рассмотрения были исключены производные, не образующие вилочкового взаимодействия с остатком активного центра Arg168 (это взаимодействие ключевое для связывания пирувата и оксамата, поэтому должно быть свойственно селективным ингибиторам). При экспертном анализе оставшихся структур отбирали соединения, способные образовать дополнительные взаимодействия с белком (водородные связи и гидрофобные контакты). При этом необходимым условием для отбора соединения в качестве потенциального ингибитора было наличие хотя бы одного (для модели 1) или двух (для модели 2) взаимодействий с остатками петли 96-111 из таблицы. В результате для моделей ЛДГ-А 1 и 2 были отобраны соединения STL122184 (AGcalc = -4.9 ккал/моль) и STK381370 (AGcalc = -7.9 ккал/моль) соответственно (рис. 2, 4).
А
Arg168
Arg105
Ile241
Arg168
Arg105
r^VV
Arg98 ■
NADH
Arg98
Рис. 5. Позиции потенциальных ингибиторов в активном центре ЛДГ-А человека, найденные в результате компьютерного скрининга коммерческой библиотеки соединений. А - позиция соединения STL122184 в модели 1. Б - позиция соединения STK381370 в модели 2. На рисунках показаны остатки подвижной петли 96-111 Агд98 и Агд105
Ранее было показано, что соединение STL122184 ^-этилоксаминовая кислота) является конкурентным в отношении пирувата ингибитором ЛДГ-А из скелетных мышц мышей (К. = 140 мкМ) [34]. В полученной модели комплекса STL122184 образует вилочковое взаимодействие с гуанидиновой группой А^168, водородные связи с А^105, а также гидрофобный контакт между этильным заместителем и боковой цепью 11е241 (рис. 5А). Следует отметить, что ближайшие структурные аналоги STL122184 - STK499896 ^-изопропилоксаминовая кислота) и STK501930 ^-пропилоксаминовая кислота) были отбракованы в ходе компьютерного скрининга ввиду отсутствия вилочкового взаимодействия с остатком А^168 и по причине неблагоприятного контакта гидрофобного заместителя с остовом №г247 соответственно. Экспериментальные данные по инги-бированию ЛДГ-А мышей также свидетельствуют о низкой активности этих соединений [34, 35].
Ингибиторные свойства второго отобранного соединения, STK381370, не описаны. Этот потенциальный ингибитор ЛДГ-А образует необходимые взаимодействия, перечисленные выше для модели 2:
Взаимодействия между петлей 96-111, никотинамид-ной частью NADH, оксаматом (OXM) и ингибитором 88N в закрытой конформации. Расстояния до NADH и оксамата усреднены по субъединицам A-C, F, H структуры 1i10, до ингибитора 88N - по субъединицам A-D структуры 4ajp
Взаимодействие Расстояние, А
1i10 4ajp
Ala97:O ••• NADH:O3' 2.88
Arg98:CB ••• NADH:C2' 3.71
Arg98:CB ••• NADH:C3' 3.56
Arg98:NH1 ••• NADH:P 4.0
Arg105:NH2 ••• OXM:O „ ° карбоксил 2.86
Arg105:NE ••• OXM:O „ ° карбонил 2.93
Arg98:CB ••• 88N:C21 4.38
Arg98:CB ••• 88N:C27 4.45
Gln99:NE2 ••• 88N:O б , карбоксил2 2.72
Arg105:NH2 ••• 88N:O б , ° карбоксил1 3.14
Arg105:NE ••• 88N:O „ , ° карбоксил2 3.04
Б
вилочковое взаимодействие с А^168, водородные связи с А^105 и гидрофобный контакт с боковой цепью А^98 (рис. 5Б). Кроме того, полициклическая часть STK381370 может образовывать водородную связь с боковой цепью Asn137 и гидрофобный контакт с Val30.
ВЫВОДЫ
Мобильность петли 96-111, участвующей в формировании активного центра ЛДГ-А человека, играет важную роль в механизме эффективного связывания ингибиторов. Анализ кристаллографических данных показал, что в открытой конформации петля может располагаться различным образом. При переходе в закрытую конформацию положение петли 96-111 стабилизируется за счет водородных связей и ги-
дрофобных контактов остатков Ala97, Arg98, Gln99 и Arg105 с субстратами и ингибиторами.
На основе кристаллической структуры тетрамера 1i10 для поиска новых ингибиторов ЛДГ-А созданы полноатомные модели ЛДГ-А человека (с молекулой NADH и без нее), показана их пригодность для скрининга библиотеки низкомолекулярных соединений. В качестве структурных критериев отбора потенциальных ингибиторов выбрано наличие водородных связей и гидрофобных контактов с петлей 96-111. Это позволило обнаружить потенциальный ингибитор STK381370, положение которого стабилизировано дополнительными взаимодействиями с остатками Arg105 и Arg98. •
Работа поддержана РФФИ (грант № 14-08-01251).
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
1. Warburg O. // Science. 1956. V. 124. P. 269-270.
2. Goldman R.D., Kaplan N.O., Hall T.C. // Cancer Res. 1964. V. 24. P. 389-399.
3. Koukourakis M.I., Giatromanolaki A., Sivridis E., Bougioukas G., Didilis V., Gatter K.C., Harris A.L. // Br. J. Cancer. 2003.
V. 89. P. 877-885.
4. Fantin V.R., St-Pierre J., Leder P. // Cancer Cell. 2006. V. 9. P. 425-434.
5. Le A., Cooper C.R., Gouw A.M., Dinavahi R., Maitra A., Deck L.M., Royer R.E., Vander Jagt D.L., Semenza G.L., Dang C.V. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2010. V. 107. P. 2037-2042.
6. Miao P., Sheng S., Sun X., Liu J., Huang G. // IUBMB Life. 2013. V. 65. P. 904-910.
7. Read J.A., Winter V.J., Eszes C.M., Sessions R.B., Brady R.L. // Proteins. 2001. V. 43. P. 175-185.
8. Dunn C.R., Wilks H.M., Halsall D.J., Atkinson T., Clarke A.R., Muirhead H., Holbrook J.J. // Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 1997. V. 332. P. 177-184.
9. Gerstein M., Chothia C. // J. Mol. Biol. 1991. V. 220. P. 133-149.
10. Dempster S., Harper S., Moses J.E., Dreveny I. // Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 2014. V. 70. P. 1484-1490.
11. Granchi C., Bertini S., Macchia M., Minutolo F. // Curr. Med. Chem. 2010. V. 17. P. 672-697.
12. Eszes C.M., Sessions R.B., Clarke A.R., Moreton K.M., Holbrook J.J. // FEBS Lett. 1996. V. 399. P. 193-197.
13. Yu Y., Deck J.A., Hunsaker L.A., Deck L.M., Royer R.E., Goldberg E., Vander Jagt D.L. // Biochem. Pharmacol. 2001. V. 62. P. 81-89.
14. Choi S.R., Beeler A.B., Pradhan A., Watkins E.B., Rimoldi J.M., Tekwani B., Avery M.A. // J. Comb. Chem. 2007. V. 9. P. 292-300.
15. Ward R.A., Brassington C., Breeze A.L., Caputo A., Critchlow S., Davies G., Goodwin L., Hassall G., Greenwood R., Holdgate G.A., et al. // J. Med. Chem. 2012. V. 55. Р. 3285-3306.
16. Kohlmann A., Zech S.G., Li F., Zhou T., Squillace R.M., Commodore L., Greenfield M.T., Lu X., Miller D.P., Huang W.S., et al. // J. Med. Chem. 2013. V. 56. P. 1023-1040.
17. Dragovich P.S., Fauber B.P., Corson L.B., Ding C.Z., Eigenbrot C., Ge H., Giannetti A.M., Hunsaker T., Labadie S., Liu Y., et al. // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2013. V. 23. P. 3186-3194.
18. Fauber B.P., Dragovich P.S., Chen J., Corson L.B., Ding C.Z., Eigenbrot C., Giannetti A.M., Hunsaker T., Labadie S., Liu Y., et al. // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2013. V. 23. P. 5533-5539.
19. Dragovich P.S., Fauber B.P., Boggs J., Chen J., Corson L.B., Ding C.Z., Eigenbrot C., Ge H., Giannetti A.M., Hunsaker T., et al. // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2014. V. 24. P. 3764-3771.
20. Case D.A., Darden T.A., Cheatham T.E., III, Simmerling
C.L., Wang J., Duke R.E., Luo R., Crowley M., Walker R.C., Zhang W., et al. // AMBER 10. University of California, San Francisco. 2008.
21. Hornak V., Abel R., Okur A., Strockbine B., Roitberg A., Simmerling, C. // Proteins. 2006. V. 65. P. 712-725.
22. Walker R.C., de Souza M.M., Mercer I.P., Gould I.R., Klug
D.R. // J. Phys. Chem. B. 2002. V. 106. P. 11658-11665.
23. Wang J., Wolf R.M., Caldwell J.W., Kollman P.A., Case D.A. // J. Comput. Chem. 2004. V. 25. P. 1157-1174.
24. ACD/ChemSketch Freeware, version 8.17. Advanced Chemistry Development, Inc., www.acdlabs.com. 2005.
25. ST(K/L) collection. Vitas-M Laboratory, Ltd, www.vi-tasmlab.com. 2012.
26. O'Boyle N.M., Banck M., James C.A., Morley C., Vander-meersch T., Hutchison G.R. // J. Cheminform. 2011. V. 3. P. 33.
27. Sadowski J., Gasteiger J., Klebe G. // J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1994. V. 34. P. 1000-1008.
28. ACD/Spectrus DB, version 14.01. Advanced Chemistry Development, Inc., www.acdlabs.com. 2012.
29. Lipinski C.A. // Drug Discov. Today Technol. 2004. V. 1. P. 337-341.
30. Stroganov O.V., Novikov F.N., Stroylov V.S., Kulkov V., Chi-lov G.G. // J. Chem. Inf. Model. 2008. V. 48. P. 2371-2385.
31. Humphrey W., Dalke A., Schulten K. // J. Mol. Graphics. 1996. V. 14. № 1. P. 33-38.
32. Guex N., Peitsch M.C. // Electrophoresis. 1997. V. 18. P. 2714-2723.
33. Buonfiglio R., Ferraro M., Falchi F., Cavalli A., Masetti M., Recanatini M. // J. Chem. Inf. Model. 2013. V. 53. P. 2792-2797.
34. Rodríguez-Páez L., Chena-Taboada M.A., Cabrera-Hernández A., Cordero-Martínez J., Wong C. // J. Enzyme Inhib. Med. Chem. 2011. V. 26. P. 579-586.
35. Wong C., Rodríguez-Páez L., Nogueda B., Pérez A., Baeza I. // Biochim. Biophys. Acta. 1997. V. 1343. P. 16-22.
