CC BY
32
IMMUNOLOGY
© коллектив авторов, 2019
Логинова М.А., Кутявина С.С., Смирнова Д.Н., Черанев Б.Б., Парамонов И.в
особенности распределения hla-aллeлeй и гаплотипов в популяции калмыков
ФГБУН Кировский научно-исследовательский институт гематологии и переливания крови ФМБА России, 610027, Киров, Россия
Проведено высокоразрешающее HLA-типирование локусов HLA-A, -B, -С, -DRB1 и -DQB1 методом массового параллельного секвенирования у 150 проживающих на территории Республики Калмыкия потенциальных доноров гемопоэтиче-ских стволовых клеток. В оценке популяции калмыков идентифицировано 4 новых аллеля, ранее не зарегистрированные международным Комитетом по номенклатуре факторов HLA-системы ВОЗ. В ходе проведённых исследований выявлено 29 аллелей по локусу HLA-A, 44 - по локусу HLA-B, 26 - по локусу HLA-С, 15 - по локусу DQB1, 37 - по локусу HLA-DRB1. Частотой встречаемости более 10% обладают следующие аллели: HLA-A*02:01 (11,7%), HLA-A*01:01 (11%), HLA-B*51:01 (10,3%), HLA-B*58:01 (10,3%), HLA-C*06:02 (17,7%), HLA-C*03:04 (10,3%), HLA-C*03:02 (10%), HLA-DQB1*03:01 (26,7%), HLA-DQB1*02:02 (10%), HLA-DRB1*07:01 (11,7%). Наиболее часто встречающимся HLA-A-B-C-DQB1-DRB1 гаплотипом является A*02:05-B*50:01-C*06:02-DQB1*02:02-DRB1*07:01 (3,7%). Отклонения от закона Харди - Вайнберга не выявлены.
Ключевые слова: популяция калмыков; HLA-типирование; новые аллели; гаплотипы; высокопроизводительное секвенирование.
Для цитирования: Логинова М.А., Кутявина С.С., Смирнова Д.Н., Черанев В.В., Парамонов И.В. Особенности распределения HLA-аллелей и гаплотипов у калмыков. Клиническая лабораторная диагностика. 2019; 64 (4): 243-249 DOI:http:dx.doi.org/10.18821/0869-2084-2019-64- 4-243-249 LoginovaM.A., KutyavinaS.S., SmirnovaD.N., Cheranev V.V., ParamonovI.V. FEATURES OF DISTRIBUTION HLA-ALLELES AND HAPLOTYPES IN KALMYKS
FSBIS Kirov scientific-research institute of hematology and blood transfusion of FMBA of Russia, Kirov, 610027, Russian Federation
Conducted high-resolution HLA-typing loci HLA-A, -B, -C, -DRB1 and -DQB1 by massively parallel .sequencing of 150 potential donors of hematopoietic stem cells from the Republic of Kalmykia. In the studied population, four new alleles identified that not previously registered by the International Committee on the Nomenclature of Factors of the HLA-system of WHO. During the HLA-typing identified: 29 alleles at the HLA-A locus, 44 - at the HLA-B locus, 26 - at the HLA-C locus, 15 - at the DQB1 locus, 37 - at the HLA-DRB1 locus. The following alleles have a frequency of more than 10%: HLA-A*02:01 (11,7%), HLA-A*01:01 (11%), HLA-B*51:01 (10,3%), HLA-B*58:01 (10,3%), HLA-C*06:02 (17,7%), HLA-C*03:04 (10,3%), HLA-C*03:02 (10%), HLA-DQB1*03:01 (26,7%), HLA-DQB1*02:02 (10%), HLA-DRB1*07:01 (11,7%). The most common HLA-A-B-C-DQB1-DRB1 haplotype is A*02:05-B*50:01-C*06:02-DQB1*02:02-DRB1*07:01 (3,7%). Deviations from the Hardy - Weinberg equilibrium not identified.
Key words: kalmyks, HLA-typing, new alleles, haplotypes, high performance sequencing.
For dtation: Loginova M.A., Kutyavina S.S., Smirnova D.N., Cheranev V.V., Paramonov I.V. Features of distribution HLA-alleles and haplotypes in Kalmyks. Klinicheskaya Laboratornaya Diagnostika (Russian Clinical Laboratory Diagnostics). 2019; 64(4): 243-249 (in Russ.)
DOI: http://dx.doi.org/10.18821/0869-2084-2019-64-4-243-249
For correspondence: Loginova M.A., PhD, head of Research Laboratory of applied immunogenetics; e-mail: mlogin2010@ gmail.com
Information about authors:
Loginova M.A., http://orcid.org/0000-0001-7088-3986 Kutyavina S.S., http://orcid.org/0000-0002-2371-4044 Smirnova D.N., https://orcid.org/0000-0002-0090-1891 Cheranev V.V., http://orcid.org/0000-0001-5294-3033 Paramonov I.V., http://orcid.org/0000-0002-7205-912X Conflict of interest. The authors declare no conflict of interest. Acknowledgment. The study had no sponsorship.
Введение. HLA (Human Leucocyte Antigens) комплекс представляет собой кластер генов с размерами в несколько миллионов пар оснований, расположен-
Received 29.01.2019 Accepted 01.02.2019
ных на коротком плече 6-ой хромосомы [1]. При этом наибольшее практическое значение имеют те локусы, генные продукты которых (гетеродимерные белки,
Для корреспонденции: Логинова Мария Александровна, канд. биол. наук, зав.лаб. прикладной иммуногенетики; e-mail: [email protected]
ИММУНОЛОГИЯ
экспрессируемые на поверхности клеток) имеют решающее значение в формировании иммунного ответа [1-3]. Установлено, что распределение HLA-аллелей и гаплотипов в разных этнических группах имеет выраженные особенности [4]. С момента открытия генов HLA, наиболее важным аспектом клинического применения HLA-типирования является подбор совместимых доноров для пациентов, которые нуждаются в трансплантации гемопоэтических стволовых клеток (ГСК) [5]. Число потенциальных доноров ГСК, зарегистрированных в объединенной базе данных о российских донорах BMDS (Bone Marrow Donor Search), составляет 89 912 человек [6]. И хотя в неё включены данные о донорах из 15 регистров, которые действуют в 11 регионах Российской Федерации [6], многие популяции, проживающие на территории страны, до сих пор в базе данных не представлены. Мы впервые провели оценку генетических особенностей HLA-аллелей и гаплотипов в когорте потенциальных доноров ГСК, которая проживает на территории Республики Калмыкия.
Материал и методы. В исследование включены 150 образцов цельной крови, которые получены от взрослых индивидуумов, не имеющих тяжелых хронических заболеваний и жалоб на момент обследования, которые самоопределились как калмыки и проживают на территории Республики Калмыкия. Препараты геномной ДНК получены из замороженных образцов цельной крови (антикоагулянт - K3EDTA в концентрации 2 мг/ мл) методом фильтрации на колонке с помощью диагностических наборов наборов QIAamp DNA Blood Mini Kit (QIAgen GmbH, Германия). Концентрацию препаратов ДНК определяли на приборе Qubit® 3.0 Fluorimeter (Thermo Fisher Scientific, США), затем образцы нормализовали деионизированной водой до концентрации 10 нг/мкл. HLA-типирование по локусам HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DQB1 в высоком разрешении (2-fields) проводили с использованием тест-системы VariFind™ HLA Solution IL-v1 (ООО «ПАРСЕК ЛАБ», Россия). Массовое параллельное секвенирование осуществили на приборе MiSeq™ System (Illumina Inc., США). Анализ данных провели с помощью пакета программного обеспечения VariFind™ HLA Software (ООО «ПАРСЕК ЛАБ», Россия).
Для определения частот HLA-аллелей и частот их гаплотипов методом максимального правдоподобия с помощью EM-алгоритма для полилокусных данных использовали программное обеспечение Arlequin v.3.5 [7]. Стандартные отклонения рассчитывали при начальном значении итераций, равном 100. Распределение генов по закону Харди - Вайнберга с количеством шагов в цепи Маркова, равным 100 000, определяли с помощью программного обеспечения Arlequin v.3.5 [7].
Результаты. Частоты встречаемости аллелей HLA-A, HLA-B, HLA-С, HLA-DQB1 и HLA-DRB1 с соответствующими стандартными отклонениями представлены в табл. 1 и 2. В результате данного исследования выявлено 29 аллелей по локусу HLA-A, 44 - по локусу HLA-B, 26 - по локусу HLA-С, 15 - по локусу DQB1, 37 - по локусу HLA-DRB1. Наибольшей частотой встречаемости среди аллелей локуса HLA-A обладает HLA-A*24:02 (22,7%), а затем в порядке убывания частоты встречаемости располагаются HLA-A*02:01 (11,7%), HLA-A*01:01 (11%), HLA-A*11:01 (8%), HLA-A*33:03 (6,3%), HLA-A*26:01 (5%), HLA-A*02:05 (4,3%), HLA-
A*31:01 (4,3%), HLA-A*02:06 (4%), HLA-A*02:07 (4%), HLA-A*03:01 (4%), HLA-A*68:01 (2,7%), HLA-A*32:01 (2,3%), HLA-A*23:01 (1,7%), HLA-A*25:01 (1,7%), HLA-A*30:01 (1,3%). 11 из 29 аллелей выявлено в единичном случае.
В локусе HLA-B частоту встречаемости больше 10% имеют 29 из 44 аллелей. Наибольший показатель этого параметра, равный 10,3%, имеют аллели B*51:01 и B*58:01. Так же к десяти часто встречающимся вариантам относятся аллели HLA-B*40:02 (6,7%), HLA-В*35:01 (6%), HLA-B*50:01 (5%), HLA-B*37:01 (4,7%), HLA-B*48:01 (4,3%), HLA-B*13:02 (4%), HLA-B*15:01 (3,7%), HLA-B*57:01 (3,7%). 6 из 10 аллелей, выявленных по одному разу, относятся к аллельной группе HLA-B*15. В локусе HLA-С можно выделить три ал-леля, частота встречаемости которых превышает 10%
- HLA-C*06:02 (17,7%), HLA-C*03:04 (10,3%), HLA-C*03:02 (10%). На долю этих аллелей приходится 38% от всех определенных аллелей локуса HLA-C. Для ло-куса HLA-DQB1 выявлено 15 аллелей. Наиболее часто встречается аллель DQB1*03:01 (26,7%), определенный в 66 образцах из 150 исследованных. Наименее распространенным является аллель DQB1*06:04 (0,7%), обнаруженный лишь у 2 человек.
Среди 37 полученных аллелей локуса HLA-DRB1 частоту встречаемости более 10% имеет только аллель DRB1*07:01 (11,7%). Далее в порядке убывания частоты располагаются аллели, частота встречаемости которых более 5%, DRB1*03:01, DRB1*09:01, DRB1*11:01, DRB1*01:01, DRB1*15:01, DRB1*13:01, DRB1*13:02. Гаплотипы HLA-A-B-C-DQB1-DRB1 с частотой встречаемости более 1% представлены в табл. 3. B общей сложности определено 223 из 3762 потенциально возможных гаплотипов. По результатам анализа максимальную частоту встречаемости в исследованной популяции имеют гаплотипы A*02:05-B*50:01-C*06:02-DQB1*02:02-DRB1*07:01 (3,7%), A*33:03-B*58:01-C*03:02-DQB1*06:09-DRB1*13:02 (2,3%), A*33:03-B*58:01-C*03:02-DQB1*02:01-DRB1*03:01 (2%), A*26:01-B*51:01-C*15:02-DQB1*03:01-
DRB1*14:12 (1,7%). Результаты анализа каждого локуса на соответствие равновесному распределению Харди
- Вайнберга представлены в табл. 4. Для всех локусов значение p>0,05, что свидетельствует о соответствии распределения генотипов закону Харди - Вайнберга.
При проведении HLA-типирования для четырех образцов не найдено полного совпадения аллельного профиля по одному из локусов базе данных HLA-аллелей IMGT/HLA 3.30.0 [8]. Характеристика потенциальных новых аллелей представлена в табл. 5. Из табл. 5 следует, что нуклеотидная замена во всех аллелях произошла за пределами пептид-связывающего сайта. Потенциально новые аллели в образцах RMC56683 и RMC56866 подтверждены методом SBT (Sequence Based Typing) с использованием наборов реагентов HLAssure SE SBT Kit (TBG Diagnostics Limited, Тайвань), и их последовательности поданы на регистрацию в Комитет по номенклатуре факторов HLA-системы ВОЗ. 31.12.2018 г. и 31.01 2019 г. указанным аллелям были присвоены номера HLA-DRB1*07:100 и HLA-A*02:06:23. Два других новых аллеля требуют подтверждения методом, позволяющим секвенировать четвертый экзон для локусов HLA-DRB1 и HLA-DQB1.
Обсуждение. В ходе проведенных исследований получены данные о частотах встречаемости HLA- аллелей
и гаплотипов в популяции калмыков, проживающей на территории Республики Калмыкия. Популяция калмыков этнически относится к монгольскому народу ойрат-ской группы и проживает в Республике Калмыкия, входящей в состав Южного Федерального округа Российской Федерации, граничащей с Республикой Дагестан, Ставропольским краем, Ростовской, Волгоградской и Астраханской областями [9, 10]. Территориальное расположение республики и этническая принадлежность определили группы сравнения для выявления генетических особенностей исследуемой популяции. Следует отметить, что для большинства ранее изученных популяций монгольских народов в базе данных The Allele Frequency Net Database [4] есть результаты типирования лишь по отдельным локусам, и чаще всего в низком разрешении.
Полученный профиль частоты распределения аллелей локуса HLA-A: HLA-A*24:02 (22,7%), HLA-A*02:01 (11,7%), HLA-A*01:01 (11%) - совпадает с профилем распределения аллелей у монгольских бурятов - HLA-A*24:02 (20%), HLA-A*02:01 (14,3%), HLA-A*01:01 (11,4%) [4] и бурятов, проживающих на территории Иркутской области - HLA-A*24:02 (22,1%), HLA-A*02:01 (13,6%), HLA-A*01:01 (10,9%) [11]. Подобное распределение аллелей локуса HLA-A имеют популяции монголов, проживающих на территории Китая (HLA-A*24:02 (19,6%), HLA-A*11:01 (16,2%), HLA-A*02:01 (12,7%)), острова Беринга (HLA-A*24:02 (24,1%), HLA-A*02:01 (22,4%), HLA-A*03:01 (12,9%)) и популяции тувинцев (HLA-A*24:02 (21,5%), HLA-A*02:01 (14,3%), HLA-A*31:01 (9,8%)) [4].
В ходе оценки локуса HLA-A выявлено два аллеля - A*01:109 и A*24:130, информация о частоте встречаемости которых отсутствует в базе данных The Allele Frequency Net Database [4]. Два наиболее распространенных аллеля локуса HLA-B в популяции калмыков: HLA-B*58:01 и HLA-B*51:01 (10,3%) - также выявлены в популяции монголов, проживающих в Китае, на первом (8,8%), и третьем (5,9%) местах по частоте встречаемости соответственно. Второй по частоте встречаемости в исследуемой популяции аллель HLA-B*40:02 (6,7%) располагается на этом же месте у монголов Китая (6,9%) [4]. Что позволяет сделать вывод о том, что профили распределения аллелей HLA-В в этих популяциях очень близки.
Аллели HLA-B*58:01, HLA-B*51:01 и HLA-B*40:02 также выявлены в российских популяциях, проживающих в республиках Тыва (HLA-B*58:01 - 6,7%, HLA-B*40:02 - 9,7%), Карелия (HLA-B*51:01 - 4,5%, HLA-B*58:01 - 0,9%, HLA-B*40:02 - 2,9%) и на острове Беринга (HLA-B*40:02 - 15,3%, HLA-B*51:01 - 2,9%, HLA-B*58:01 - 0,1%) [4]. Следует отметить, что аллели группы HLA-B*58 являются наиболее часто встречающимися в популяции цаатанов - тюркоязычной группы монголов [4, 12]. Выявленный в данном исследовании в единичном случае аллель HLA-B*51:02 ранее не был заявлен ни в российских, ни в монгольских популяциях. Среди аллелей локуса HLA-C наиболее часто встречающимися являются HLA-C*06:02 (17,7%), HLA-C*03:04 (10,3%), HLA-C*03:02 (10%). Самый распространенный аллель HLA-C*06:02 занимает первое место по частоте выявления в популяции тувинцев (11,5%), второе - в популяции архангельских поморов (16,9%), третье - в северо-осетинской популяции (15,3%) [4]. Максимально близкими профилями распределения частот встречае-
IMMUNOLOGY
мости аллелей локуса HLA-C обладают популяции монголов Китая (HLA-C*07:02 - 12,7%, C*06:02 - 11,8%, HLA-C*03:03 - 9,8%) и нивхи, являющиеся коренной этнической группой острова Сахалин (HLA-C*03:04 -32,1%, HLA-C*06:02 - 8,5%, HLA-C*03:03 - 13,2%) [4]. В большинстве монгольских популяций самыми распространенными также являются аллельные группы С*03 и С*06 (оолд-монголы - 30,8% и 10,6%, цаатаны - 39,6% и 16,7%) [4].
Наиболее высоким значением частоты встречаемости в изученной популяции обладает аллель HLA-DQB1*03:01 (26,7%); он распространен во многих северных популяциях в России. Так, например, в популяции эскимосов Чукотского полуострова на его долю приходится 67%, в популяции сибирских эвенков - 66% [4], в популяции бурятов из Иркутска - 29,9% [11]. Профиль распределения трех самых частых аллелей в популяции калмыков: HLA-DQB1*03:01 (26,7%), HLA-DQB1*02:02 (10%), HLA-DQB1*03:03 (9,7%) - совпадает с профилем распределения оолд-монголов (44,2%, 8,7%, 7,7% соответственно) и близок профилям распределения халха-монголов (HLA-DQB1*03:01 (25,5%), HLA-DQB1*03:03 (13,5%), HLA-DQB1*02:01 (11,5%)) [4], бурятов из Иркутска (HLA-DQB1*03:01 (29,9%), HLA-DQB1*02:02 (11,3%), HLA-DQB1*06:02 (8,2%)) [11]. По результатам проведенного исследования в локусе HLA-DRB1 определен следующий профиль распределения частот встречаемости аллелей: HLA-DRB1*07:01 (11,7%), HLA-DRB1*03:01 (8,7%), HLA-DRB1*09:01 (7,3%), близкий к профилям халха-монголов (HLA-DRB1*07:01 (12%), HLA-DRB1*03:01 (9%), HLA-DRB1*01:01 (6,5%)) и цаатан-монголов (HLA-DRB1*03:01 (12,5%), HLA-DRB1*07:01 (11,8%), HLA-DRB1*04:01 (10,4%)) [4].
Наиболее распространенный аллель в популяции калмыков DRB1*07:01 (11,7%) является также самым часто встречающимся в популяции бурятов Иркутской области (13,6%), нижнеудинских бурятов Сибири (26%), ханты-мансийской популяции (17,6%) и популяции, проживающей на острове Беринга (16,5%) [4, 11]. В трех последних приведенных российских популяциях на втором месте по частоте встречаемости расположен аллель DRB1*15:01 (18%, 10,3%, 11,8% соответственно), который в популяции Республики Калмыкия выявлен в 5,3%
[4].
В настоящее время для большинства монгольских и российских популяций отсутствует информация о пяти-локусных гаплотипах, а также о гаплотипах в высоком разрешении. В ходе выполнения исследования определено 223 из 3762 потенциально возможных гаплотипов. Максимальную частоту встречаемости, равную 3,7%, имеет вариант A*02:05-B*50:01-C*06:02-DQB1*02:02-DRB1*07:01. Поиск идентичного гаплотипа в высоком разрешении в базе The Allele Frequency Net Database результатов не дал. Данный гаплотип в низком разрешении A*02-B*50-C*06-DQB1*02-DRB1*07 выявлен в североосетинской популяции (1,2%) и в двух популяциях, проживающих на территории Республики Карелия (1,1% и 0,6%) [13]. Второй по частоте встречаемости гаплотип калмыков A*33:03-B*58:01-C*03:02-DQB1*06:09-DRB1*13:02 (2,3%) выявлен в популяции бурят Иркутской области, где он занимает пятое место (1,9%), также он определен в популяциях жителей Северной Кореи (3%), некоторых азиатских (1,4%) и северокорейских (2,7%) популяциях, проживающих на территории США [13].
Проведенное исследование выявило сходство про-
ИММУНОЛОГИЯ
Таблица 1
HLA-аллели локусов I класса и частоты их встречаемости
^А-А ^А-В ^А-С
аллель частота стандартное аллель частота встре- стандартное аллель частота стандартное
встречаемости отклонение чаемости отклонение встречаемости отклонение
А*01:01 0,110000 0,018624 В*07:02 0,030000 0,010391 С*01:02 0,063333 0,013990
А*01:109 0,003333 0,003013 В*07:05 0,003333 0,003159 С*01:03 0,010000 0,005880
А*02:01 0,116667 0,017079 В*08:01 0,013333 0,006419 С*02:02 0,030000 0,010147
А*02:05 0,043333 0,011205 В*13:01 0,010000 0,005848 С*03:02 0,100000 0,019013
А*02:06 0,040000 0,012029 В*13:02 0,040000 0,010721 С*03:03 0,043333 0,011355
А*02:07 0,040000 0,011152 В*14:02 0,006667 0,004639 С*03:04 0,103333 0,017406
А*03:01 0,040000 0,011676 В*15:01 0,036667 0,011374 С*04:01 0,063333 0,012843
А*03:02 0,003333 0,003282 В*15:02 0,003333 0,003990 С*05:01 0,013333 0,006280
А*11:01 0,080000 0,014244 В*15:03 0,003333 0,002896 С*06:02 0,176667 0,025626
А*11:02 0,003333 0,003363 В*15:08 0,003333 0,003314 С*07:01 0,030000 0,009806
А*23:01 0,016667 0,007200 В*15:12 0,003333 0,003373 С*07:02 0,073333 0,014839
А*24:02 0,226667 0,021016 В*15:17 0,003333 0,003159 С*07:04 0,020000 0,008439
А*24:49 0,003333 0,002973 В*15:18 0,013333 0,007331 С*07:18 0,003333 0,003665
А*24:130 0,003333 0,003383 В*15:27 0,003333 0,003332 С*08:01 0,043333 0,012776
А*25:01 0,016667 0,007906 В*18:01 0,023333 0,008319 С*08:02 0,006667 0,004642
А*26:01 0,050000 0,014097 В*27:02 0,006667 0,004329 С*08:03 0,023333 0,008350
А*29:01 0,006667 0,005220 В*27:04 0,010000 0,005523 С*12:02 0,023333 0,007939
А*29:02 0,003333 0,003131 В*27:05 0,023333 0,009092 С*12:03 0,053333 0,012058
А*30:01 0,013333 0,006129 В*35:01 0,060000 0,014334 С*14:02 0,046667 0,011855
А*30:02 0,003333 0,003416 В*35:03 0,020000 0,008398 С*14:03 0,003333 0,003592
А*30:04 0,003333 0,003420 В*37:01 0,046667 0,011559 С*15:02 0,053333 0,014520
А*31:01 0,043333 0,012199 В*38:01 0,026667 0,008205 С*15:04 0,003333 0,003196
А*32:01 0,023333 0,008019 В*38:02 0,006667 0,004842 С*15:05 0,003333 0,003226
А*33:01 0,003333 0,003586 В*39:01 0,013333 0,007220 С*16:01 0,003333 0,003130
А*33:03 0,063333 0,013869 В*40:01 0,026667 0,010288 С*16:02 0,003333 0,003107
А*66:01 0,003333 0,002807 В*40:02 0,066667 0,014121 С*17:01 0,003333 0,003347
А*68:01 0,026667 0,009765 В*40:06 0,010000 0,005665
А*68:02 0,006667 0,004375 В*41:01 0,003333 0,003217
А*74:01 0,003333 0,003540 В*44:02 0,023333 0,009966
В*44:03 0,006667 0,004651
В*45:01 0,003333 0,003191
В*46:01 0,030000 0,009498
В*48:01 0,043333 0,012922
В*49:01 0,010000 0,005623
В*50:01 0,050000 0,011116
В*51:01 0,103333 0,017414
В*51:02 0,003333 0,003768
В*52:01 0,023333 0,007943
В*53:01 0,006667 0,004699
В*54:01 0,013333 0,006759
В*55:01 0,013333 0,006473
В*55:02 0,013333 0,006336
В*57:01 0,036667 0,011516
В*58:01 0,103333 0,016569
IMMUNOLOGY Таблица 2
HLA-аллели локусов II класса и частоты их встречаемости
HLA-DRB1
аллель частота встречаемости стандартное отклонение аллель частота встречаемости стандартное отклонение
ЭдВ1*02:01 0,086667 0,014429 ЭЯВ1*01:01 0,053333 0,014924
ЭдВ1*02:02 0,100000 0,016399 ЭЯВ1*01:02 0,003333 0,002948
ЭдВ1*03:01 0,266667 0,025412 ЭИВ1*03:01 0,086667 0,015115
ЭдВ1*03:02 0,053333 0,013860 ЭИВ1*04:01 0,046667 0,012127
ЭдВ1*03:03 0,096667 0,016244 ЭИВ1*04:02 0,006667 0,005423
ЭдВ1*04:01 0,016667 0,007504 ЭИВ1*04:03 0,010000 0,005460
ЭдВ1*04:02 0,020000 0,007015 ЭИВ1*04:04 0,016667 0,007284
ЭдВ1*05:01 0,096667 0,018143 ЭИВ1*04:05 0,010000 0,005295
ЭдВ1*05:02 0,053333 0,013224 ЭИВ1*04:06 0,010000 0,005361
ЭдВ1*05:03 0,013333 0,006080 ЭИВ1*04:07 0,010000 0,005808
ЭдВ1*06:01 0,046667 0,012106 0ИВ1*04:10 0,006667 0,004593
ЭдВ1*06:02 0,046667 0,011623 ЭИВ1*07:01 0,116667 0,017737
ЭдВ1*06:03 0,050000 0,012446 0ИВ1*07:100 0,003333 0,003229
ЭдВ1*06:04 0,006667 0,004457 ЭИВ1*08:01 0,003333 0,003339
ЭдВ1*06:09 0,046667 0,010962 ЭИВ1*08:02 0,006667 0,004020
ЭИВ1*08:03 0,030000 0,010690
ЭИВ1*08:04 0,003333 0,003052
ЭИВ1*09:01 0,073333 0,015724
0ИВ1*10:01 0,040000 0,010357
ЭЯВ1*11:01 0,066667 0,014200
ЭЯВ1*11:03 0,006667 0,004381
ЭЯВ1*11:04 0,010000 0,006080
ЭЯВ1*11:06 0,003333 0,003182
ЭИВ1*12:01 0,043333 0,011465
ЭИВ1*12:02 0,026667 0,010177
ЭИВ1*13:01 0,050000 0,012368
ЭИВ1*13:02 0,050000 0,011696
ЭИВ1*13:03 0,006667 0,005045
ЭИВ1*13:29 0,003333 0,003299
ЭИВ1*14:03 0,023333 0,007892
ЭИВ1*14:07 0,003333 0,003503
ЭИВ1*14:12 0,040000 0,011942
ЭИВ1*14:54 0,040000 0,011779
ЭИВ1*15:01 0,053333 0,014498
ЭИВ1*15:02 0,020000 0,008393
ЭИВ1*16:01 0,010000 0,006009
ЭИВ1*16:02 0,006667 0,004368
ИММУНОЛОГИЯ
Таблица 3
Гаплотипы HLA-A-B-C-DQB1-DRB1 в порядке уменьшения частоты встречаемости
Гаплотипы HLA-A-B-C-DRB1-DQB1 Частота встречаемости Стандартное отклонение
A*02:05-B*50:01-C*06:02-DQB1*02:02-DRB1*07:01 0,036667 0,011200
A*33:03-B*58:01-C*03:02-DQB1*06:09-DRB1*13:02 0,023333 0,012850
A*33:03-B*58:01-C*03:02-DQB1*02:01-DRB1*03:01 0,020000 0,006143
A*26:01-B*51:01-C*15:02-DQB1*03:01-DRB1*14:12 0,016667 0,005973
A*11:01-B*35:01-C*04:01-DQB1*05:01-DRB1*01:01 0,013333 0,007666
A*24:02-B*37:01-C*06:02-DQB1*05:01-DRB1*10:01 0,013333 0,009169
A*24:02-B*40:02-C*03:04-DQB1*03:01-DRB1*12:01 0,013333 0,008248
A*24:02-B*48:01-C*08:03-DQB1*03:03-DRB1*09:01 0,013333 0,006992
A*30:01-B*13:02-C*06:02-DQB1*02:02-DRB1*07:01 0,013333 0,005709
A*01:01-B*37:01-C*06:02-DQB1*05:01-DRB1*01:01 0,013333 0,005890
A*01:01-B*57:01-C*06:02-DQB1*03:03-DRB1*07:01 0,013333 0,007062
A*01:01-B*58:01-C*03:02-DQB1*02:01-DRB1*03:01 0,013333 0,006998
A*24:02-B*40:02-C*03:04-DQB1*03:01-DRB1*11:01 0,010000 0,005270
A*24:02-B*51:01-C*15:02-DQB1*03:01-DRB1*14:12 0,010000 0,005676
A*68:01-B*35:01-C*03:03-DQB1*06:02-DRB1*15:01 0,010000 0,009088
A*02:07-B*46:01-C*01:02-DQB1*06:01-DRB1*08:03 0,010000 0,005317
A*01:01-B*58:01-C*03:02-DQB1*06:09-DRB1*13:02 0,010000 0,005545
Таблица 4
Уровни соответствия закону Харди - Вайнберга и ожидаемая гетерозиготность изученных локусов
Локус Количество образцов Гетерозиготность Достигаемый уровень значимости (P-value) Стандартное отклонение
обнаруженная экспериментально ожидаемая
HLA-A 150 0,91333 0,73984 0,73984 0,00018
HLA-B 150 0,94667 0,51712 0,51712 0,00014
HLA-C 150 0,92000 0,92046 0,92046 0,00013
HLA-DQB1 150 0,83333 0,58121 0,58121 0,00030
HLA-DRB1 150 0,94000 0,95237 0,95237 0,00008
Таблица 5
Характеристика новых аллелей
№ образца HLA-локус Участок локализации нуклеотидной замены Описание замены Тип замены Метод идентификации Метод подтверждения
HLA-DQB1*03:новый
отличается от HLA-
RMC56682 HLA-DQB1 четвертый DQB1*03:02:01:01 в позиции 714, где вместо С стоит Т, кодон 206 меняется с ТТС на ТТТ HLA-DRB1*07:новый отличается от HLA- синонимичная NGS (VariFind™ HLA Solution IL-v1)
RMC56683 HLA-DRB1 третий DRB1*07:01:01:01 в позиции 509, где вместо G стоит A, кодон 141 меняется с GGG на GAG HLA-A*02:новый отлича- кодирующая NGS (VariFind™ HLA Solution IL-v1) SBT (HLAssure SE SBT Kit)
RMC56866 HLA-A пятый ется от HLA-A*02:06:01:01 в позиции 900, где вместо G стоит A, кодон 276 меняется с CCG на CCA ^A^RB^^^hm отличается от HLA- синонимичная NGS (VariFind™ HLA Solution IL-v1) SBT (HLAssure SE SBT Kit)
RMC56884 HLA-DRB1 четвертый DRB1*12:01:01:01 в позиции 732, где вместо C стоит T, кодон 215 меняется с GCC на GCT синонимичная NGS (VariFind™ HLA Solution IL-v1) -
филя HLA-аллелей калмыков с профилями некоторых популяций монгольских народов, которые практически не представлены в российском регистре. Идентифицированные новые аллели и ряд генетических отличий популяции калмыков от российских популяций подчеркивают актуальность дальнейшего изучения населения, проживающего на территории Российской Федерации. Это позволит наполнять национальный регистр генетически охарактеризованных потенциальных доноров ГСК с учетом популяционных особенностей, тем самым увеличивая шанс подбора совместимых доноров для пациентов, нуждающихся в трансплантации ГСК.
Конфликт интересов. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.
Финансирование. Исследование не имело спонсорской поддержки.
ЛИТЕРАТУРА (1-5, 7, 8, 13 см. REFERENCES)
6. Счетчик регистра (2018). Доступен: http://www.rdkm.rusfond.ru/
registr_stat/001 (обновление 30.11.2018). 9. Калмыки. Доступен: https://ru.wikipedia.org/wiki/Калмыки.
10. Калмыкия. Доступен: https://ru.wikipedia.org/wiki/Калмыкия.
11. Кутявина С.С., Логинова М.А., Черанев В.В., Парамонов И.В., Зарубин М.В., Верёвкина Л.Н. Генетические особенности HLA-аллелей у Бурят, проживающих на территории Иркутской области. Гематология и трансфузиология. 2017; 3(62): 147-52.
12. Цаатаны. Доступен: https://ru.wikipedia.org/wiki/Цаатаны.
REFERENCES
1. Horton R., Wilming L., Rand V. et al. Gene map of the extended human MHC. Nat. Rev. Genet. 2004; 5(12): 889-99.
IMMUNOLOGY
2. Janeway C.A., Travers P., Walport M., Shlomchik M.J. Immunobi-ology: The Immune System in Health and Disease. 5th edition. New York: Garland Science; 2001.
3. Consortium T.Ms. Complete sequence and gene map of a human major histocompatibility complex. The MHC sequencing consortium. Nature. 1999; 401(6756): 921-3.
4. The Allele Frequency Net Database. HLA Allele Freq. Classical. Available at: http://www.allelefrequencies.net/hla6006a.asp.
5. Wingard J.R., Gastineau D.A., Leather H.L. et al. Hematopoietic Stem Cell Transplantation. A Handbook for Clinicians. 2nd Edition. AABB. Bethesda. Maryland. 2015; 970.
6. The counter register (2018). Available at: http://www.rdkm.rusfond. ru/registr_stat/001 (update 30.11.2018). (in Russian)
7. Excoffier L., Laval G., Schneider S. Arlequin (version 3,0): An integrated software package for population genetics data analysis. Evolutionary Bioinformatics Online. 2007; 23(1): 47-50.
8. IPD-IMGT/HLA Database. European Bioinformatics Institute. Available at: https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/.
9. Kalmyks. Available at: https://ru.wikipedia.org/wiki/Калмыки (in Russian)
10. Kalmykia. Available at: https://ru.wikipedia.org/wiki/Калмыкия (in Russian)
11. Kutyavina S.S., Loginova M.A., Cheranev V.V., Paramonov I.V., Zarubin M.V., Verevkina L.N. Genetic features of HLA alleles in Buryat living in the territory of the Irkutsk region. Gematologiya i transfuziologiya. 2017; 62 (3): 147-52. (in Russian)
12. Tsaatans. Available: https://ru.wikipedia.org/wiki/Caatana (in Russian)
13. The Allele Frequency Net Database. HLA Haplotype Frequency Search. Available at: http://www.allelefrequencies.net/hla6003a. asp.
Поступила 29.01.19 Принята к печати 01.02.19
