Mlva-типирование штаммов Vibrio cholerae O1 и Vibrio cholerae non o1/o139, выделенных из объектов окружающей среды и от человека на различных территориях Кавказа и Закавказья Текст научной статьи по специальности «Биологические науки»



© Савельева И.В., Ковалев Д.А., Савельев В.Н., Васильева О.В., Кузнецова И.В., Соломащенко Н.И., Кириллова О. Г., Куличенко А.Н., 2018

УДК 579.61:579.843.1:575 (479+479.2)

MLVA-ТИПИРОВАНИЕ ШТАММОВ VIBRIO CHOLERAE O1 И VIBRIO CHOLERAE NON O1/O139, ВЫДЕЛЕННЫХ ИЗ ОБЪЕКТОВ ОКРУЖАЮЩЕЙ СРЕДЫ И ОТ ЧЕЛОВЕКА НА РАЗЛИЧНЫХ ТЕРРИТОРИЯХ КАВКАЗА И ЗАКАВКАЗЬЯ

И.В. Савельева1, Д.А. Ковалев1, В.Н. Савельев1, О.В. Васильева1, И.В. Кузнецова1, Н.И. Соломащенко2, О.Г. Кириллова2, А.Н. Куличенко1

1ФКУЗ «Ставропольский противочумный институт» Роспотребнадзора, ул. Советская, 13—15, г. Ставрополь, 355035, Россия

2ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора в Ставропольском крае», пер. Фадеева, 4, г. Ставрополь, 355008, Россия

Определены MLVA-типы штаммов Vibrio cholerae O1 и Vibrio cholerae non O1/O139, выделенных при мониторинге объектов окружающей среды и больных ОКИ на различных территориях Северного Кавказа и Закавказья. Анализ дендрограммы на основе MLVA-типирования 25 неток-сигенных штаммов Vibrio cholera6 O1 и Vibrio cholerae non O1/O139, выделенных из объектов окружающей среды, по 4 локусам и 3 штаммов токсигенных холерных вибрионов, выделенных от человека, по 5 локусам выявил различную степень филогенетического родства изучаемых штаммов, обособленных на различных территориях в разные годы, что необходимо учитывать при мониторинге за возбудителем холеры в объектах окружающей человека среды на конкретных территориях.

Ключевые слова: штаммы холерных вибрионов, MLVA-типирование, филогенетическое древо.

I.V. Savel'eva, D.A. Kovalev, V.N. Savel'ev, O.V. Vasilieva, I.V. Kuznetsova, N.I. Solomashchenko, O.G. Kirillova, A.N. Kulichenko □ MLVA-TYPING OF VIBRIO CHOLERAE O1 AND VIBRIO CHOLERAE NON O1/O139 STRAINS ISOLATED FROM ENVIRONMENTAL SAMPLES AND HUMANS WITHIN VARIOUS TERRITORY OF THE CAUCASUS AND TRANSCAUCASIA REGION □ Stavropol Antiplague Institute of Rospotrebnadzor, 13-15, Sovetskaya str., Stavropol, 355035, Russia; Center of Hygiene and Epidemiology of Rospotrebnadzor in the Stavropol Territory, 4, Fadeyev Lane, 355008, Stavropol, Russia.

During the research we identified the MLVA-types of Vibrio cholerae O1 and Vibrio cholerae non O1/O139 strains that were isolated during environmental monitoring and patients with acute intestinal infections (AII) at various territories of the Caucasus and Trancaucasian region. Analysis of the dendrograms based on the MLVA-typing of 25 non-toxigenic Vibrio choleraе O1 and Vibrio cholerae non O1/O139 strains on 4 loci isolated from environmental samples and 3 toxigenic of V. cholerae isolated from humans on 5 loci has revealed various degree of phylogenetic relations strains isolated within various territories in different taking into account during the cholera agents monitoring in environmental samples at a certain territory.

Key words: cholera vibrio strains, MLVA-typing, phylogenetic tree.

Геномная идентификация и типирование бактерий используются для решения задач в области таксономии, эпидемиологии, установления филогенетического родства, исследования механизмов эволюции. В настоящее время разработаны многочисленные методы типиро-вания микроорганизмов, в том числе и Vibrio cholerae, отличающиеся по чувствительности, скорости проведения, сложности, воспроизводимости, трудоемкости и стоимости. Для ти-пирования V. cholerae широко используется метод MLVA (multilocus variable tandem repeat analysis), предусматривающий сравнительный анализ количества вариабельных тандемных повторов в определенных локусах, расположенных на I и II хромосомах холерного вибриона [1, 4, 5].

Цель исследования - определить MLVA-типы Vibrio cholerae O1 и Vibrio cholerae non O1/O139, выделенных при мониторинге объектов окружающей среды и больных ОКИ на различных территориях Северного Кавказа и Закавказья; установить филогенетические связи

между штаммами холерных вибрионов, изолированными в разные годы на данных территориях.

Материалы и методы. В работе использованы 25 нетоксигенных штаммов V. cholerae O1 и V. cholerae non O1/O139, выделенных из объектов окружающей среды в Азербайджане, Ставропольском и Краснодарском краях, и 3 штамма токсигенных холерных вибрионов, выделенных от человека в Республике Дагестан и Украине (г. Мариуполь). Штаммы хранились в 0,4%-м полужидком агаре под стерильным вазелиновым маслом.

Выделение бактериальной ДНК осуществляли в соответствии с инструкцией к комплекту реагентов для выделения ДНК из клинического материала «ДНК-сорб-B» (ООО «Интер-ЛабСервис», Россия). Полученную тотальную ДНК использовали для амплификации фрагментов генома изучаемых штаммов холерных вибрионов.

MLVA-типирование. В качестве вариабельных участков генома V. cholerae использованы

5 локусов: VC0147, VC0436-7, VC01650 (I хромосома); УСА0171, VCА0283 (II хромосома) [2-4]. В ПЦР-амплификации использовали праймеры к указанным локусам в соответствии с описанием в статье Choi S.Y. et al. [3] (табл. 1). Получали по 5 ампликонов для каждого из 28 штаммов V. cholerae. Амплификацию ДНК проводили в термоциклере «Терцик» («ДНК-Технология», Россия). Полученные ампликоны изучали в системе автоматического капиллярного электрофореза «Experion» («Bio Rad Laboratories», США). Вариабельность VNTR-локусов оценивали по индексу разнообразия Ханте-ра-Гастона (Hunter-Gaston discrimination, HGDI) [6]. Для построения филогенетического древа применяли метод UPGMA в программе Start v 2.0.

Результаты исследования. Результаты ^с изучения вариабельных участков генома неток- ^^ сигенных штаммов V. cholerae O1 (10 штаммов), V. cholerae non O1/O139 (15 штаммов) и 3 = токсигенных штаммов V. cholerae O1 по 5 ло-кусам: VC0147, VC0436-7, VC01650 (I хромосома); VCА0171, VCА0283 (II хромосома) = представлены в табл. 2, из данных которой сле- ^ дует, что 28 изученных штаммов холерных вибрионов представлены 24 MLVA-типами. При этом штаммы V. cholerae non O1/O139, выделенные в Азербайджане от больных ОКИ (кроме штамма 2680) и в Ставропольском крае из воды поверхностных водоемов, отнесены к первым 14 MLVA-типам, каждый из которых представлен четырьмя локусами с уникальным числом повторов.

Таблица 1. VNTR-локусы и последовательности праймеров, использованные в работе Table 1. VNTR loci and the sequences of primers used in work

№ п/п Локус Нуклеотидная последовательность мотивов Праймеры (5' - 3')

1 VC0147 (белок FtsY) AACAGA F: CCAAACCACTGCAACGGATA R: GCTGCTCGACCTGAGAGAGA

2 VC0436-7 (межгенная область) GACCCTA F: CGTGGTACTAAGTTCC ACGC R: CGTTTTTACCACGCTCCGCTTC

3 VC01650 (коллагеназа) GATAATCCA F: CTACCAAGCGGCGGTTAAGCTG R: TGGGCAACCTGCTGGTAGC

4 VCА0171 (гипотетический белок) TGCTGT F: GCATCATCCACAGCGTTTGG R: GCTGAAGCCTTTCGCGATCC

5 VCА0283 (гипотетический белок) ACCAGA F: CTTCATCGGCAAACAAGACA R: TTGCGCACAATTCTCTTTGA

Таблица 2. MLVA-профили штаммов V. cholerae О1, V. cholerae non O1/O139 Table 2. MLVA-profiles of strains V. cholerae O1, V. cholerae non O1/O139

№ п/п Штамм Место, источник, год выделения Аллельные профили VC0147, VC0436-7, VC01650, VCА0171, VCА0283 MLVA-тип

1 1775 Республика Азербайджан, человек, 1986 г. 11, 5, 2, 14, 0 1

2 2286 Республика Азербайджан, человек, 1987 г. 11, 8, 3, 14, 0 2

3 2680 Республика Азербайджан, человек, 1988 г. 10, 5, 7, 19, 0 3

4 2944 Республика Азербайджан, человек, 1989 г. 10, 5, 6, 15, 0 4

5 2960 Республика Азербайджан, человек, 1989 г. 11, 5, 2, 16, 0 5

6 3099 Республика Азербайджан, человек, 1989 г. 13, 5, 7, 14, 0 6

7 5278 Республика Азербайджан, человек, 1990 г. 11, 8, 2, 26, 0 7

8 5321 Республика. Азербайджан, человек, 1990 г. 14, 12, 5, 13, 0 8

9 63Н г. Невинномысск, вода поверхн. водоемов, 2017 г. 15, 6, 6, 21, 0 9

10 78Н г. Невинномысск, вода поверхн. водоемов, 2017 г. 9, 8, 5, 13, 0 10

11 94Н г. Невинномысск, вода поверхн. водоемов, 2017 г. 13, 5, 12, 20, 0 11

12 95Н г. Невинномысск, вода поверхн. водоемов, 2017 г. 13, 6, 8, 16, 0 12

13 99И г. Изобильный, вода поверхн. водоемов, 2017 г. 4, 4, 5, 14, 0 13

14 116П Петровский район Ставропольского края, вода, 2017 г. 11, 5, 10, 18, 0 14

15 292Ст г. Ставрополь, вода поверхн. водоемов, 2017 г. 17, 5, 7, 18, 0 15

16 548СА г. Сочи, р. Агура, 2015 г. 10, 5, 2, 19, 0 16

17 647СА г. Сочи, р. Агура, 2015 г. 10, 5, 2, 19, 0 16

18 664СА г. Сочи, р. Агура, 2015 г. 10, 5, 2, 19, 0 16

19 755СА г. Сочи, р. Агура, 2015 г. 9, 5, 3, 19, 0 17

20 831СА г. Сочи, р. Агура, 2015 г. 10, 6, 5, 21, 0 18

21 911СА г. Сочи, р. Агура, 2015 г. 10, 12, 5, 25, 0 19

22 945СА г. Сочи, р. Агура, 2015 г. 9, 4, 4, 19, 0 20

23 589СА г. Сочи, р. Агура, 2015 г. 9, 4, 4, 19, 0 20

24 1013СА г. Сочи, р. Агура, 2015 г. 10, 5, 7, 19, 0 3

25 С615 г. Железноводск, озеро, 2016 г. 17, 5, 7, 19, 25 21

26 13Д Республика Дагестан, человек, 1993 г. 8, 7, 8, 12, 22 22

27 39К г. Мариуполь, Украина, сточные воды, 2011 г. 9, 3, 6, 13, 19 23

28 1726Д Республика Дагестан, человек, 1994 г. 8, 8, 8, 14, 20 24

Три непатогенных штамма V. cholerae О1 г5— биовара Эль Тор, выделенные из воды реки ° Агура (г. Сочи), отнесены к MLVA-типам 16 сэ (1 штамм) и 20 (2 штамма). Еще три штамма V. cholerae О1 биовара Эль Тор, выделенные из данной реки, имели соответственно MLVA-ти-пы 17, 18 и 19. Следует отметить, что штамм ^ V. cholerae О1 биовара Эль Тор № 1013 из реки Агура (выделен в 2015 г.) и штамм V. cholerae non OI/O 139 № 2680, выделенный от человека в Азербайджане (1988 г.), имели один и тот же 3-й MLVA-тип. Кроме того, вариабельные участки генома нетоксигенных штаммов V. cholerae O1, V. cholerae non O1/O139 включали 4 локуса (VC0147, VC0436-7, VC01650 (I хромосома); VCA0171 (II хромосома). Пятый VNTR-локус (VCA0283 на II хромосоме) отсутствовал. Вариабельные участки генома токсиген-ных штаммов V. cholerae O1 биовара Эль Тор

(штаммы № 13Д, 39К, 1726Д) и штамма V. cholerae O1 биовара Эль Тор № С615/141, содержащего ген tcpA, включают все 5 локусов (VC0147, VC0436-7, VC01650 (I хромосома); VCA0171, VCA0283 (II хромосома).

Для локусов I хромосомы HGDI составил 0,88-0,89, а для локусов II хромосомы - 0,270,87, что означает более высокий уровень стабильности первых трех хромосомных локусов по сравнению с двумя другими, локализованными на II хромосоме.

Анализ построенного филогенетического древа на основе MLVA-типирования по 5 вышеназванным локусам (рис. 1) выявил 5 групп (I, II, III, IV, V), каждая из которых содержала близкородственные штаммы V. cholerae O1 биовара Эль Тор и/или V. cholerae non O1/O139, имеющие идентичный или близкий генотип.

1726 ST-24 (8,8,8,14,20) 13 d ST-22 (8,7,8,12,22) 39 ST-23 (9,3,6,13,19) C615 ST-21 (17,5,7,19,25) 292 ST-15 (17,5,7,18,100) 1013 ST-3 (10,5,7,19,100) 2680 ST-3 (10,5,7,19,100) 664 ST-16 (10,5,2,19,100) 647 ST-16 (10,5,2,19,100) 548 ST-16 (10,5,2,19,100) 2944 ST-4 (10,5,6,15,100)

94 H ST-11 (13,5,12,20,101 3099 ST-6 (13,5,7,14,100) 116 ST-14 (11,5,10,18,100 2960 ST-5 (11,5,2,16,100) 1775 ST-1 (11,5,2,14,100) 5278 ST-7 (11,8,2,26,100) 2286 ST-2 (11,8,3,14,100) 989 ST-20 (9,4,4,19,100) 945 ST-20 (9,4,4,19,100) 755 ST-17 (9,6,3,19,100) 831 ST-18 (10,6,5,21,100) 63 A ST-9 (15,6,6,21,100)

95 H ST-12 (13,6,8,16,100] 911 ST-19 (10,12,5,25,100 99 ST-13 (14,4,5,14,100) 78 K ST-10 (9,8,5,13,100) 5321 ST-8 (14,12,5,13,100

Группа

г. Железноводск, 2016 I

г. Ставрополь, 2017

г. Сочи, р. Агура, 2015 II A

Азербайджан, 1988

г. Сочи, р. Агура, 2015

г. Сочи, р. Агура, 2015 II Б

г. Сочи, р. Агура, 2015

Азербайджан, 1989

г. Невинномысск, 2017 II В

Азербайджан,1989

Петровский район СК

Азербайджан, 1989

Азербайджан, 1986 III

Азербайджан, 1990

Азербайджан, 1986

г. Сочи, р. Агура, 2015

г. Сочи, р. Агура, 2015

г. Сочи, р. Агура, 2015 IV

г. Сочи, р. Агура, 2015

г. Невинномысск, 2017

г. Невинномысск, 2017

г. Сочи, р. Агура, 2015 г. Невинномысск, 2017 V г. Невинномысск, 2017 Азербайджан,1990_

1 .9 .8 .7 .6 .5 .4 .3 .2 .1 0 Linkage Distance

Рис. 1. Филогенетическое древо на основе MLVA-типирования штаммов V. cholerae O1 и Vibrio cholerae non O1/O139, выделенных на Кавказе Fig. 1. A phylogenetic tree on the basis of MLVA typing of strains of V. cholerae O1 and Vibrio cholerae non O1/O139 identified in the Caucasus

При этом токсигенные штаммы холерного вибриона биовара Эль Тор (1726Д, ML VA-тип 24 - 8, 8, 8, 14, 20; 39К, MLVA-тип 23 - 9, 3, 6, 13, 19; 13Д, MLVA-тип 22 - 8, 7, 8, 12, 22) составили группу сравнения по отношению к не-токсигенным штаммам V. cholerae O1 и V. cholerae non 01/Ü139.

Группа I содержала всего один кластер с двумя штаммами (V. cholerae Ü1 биовара Эль Тор С615/141, г. Железноводск и V. cholerae non Ü1/Ü139 № 292, г. Ставрополь), аллельные профили которых были идентичными (выделены полужирным шрифтом) по локусам первой хромосомы (17, 5, 7, 19, 25 и 17, 5, 7, 18, 0 соответственно).

Группа II представлена тремя кластерами: А (штаммы 1013СА, 1986 г. и 2680АЗ, 1989 г., принадлежащие 3-му ML VA-типу); Б (664СА, 647СА, 548СА с ML VA-типом 16 и 2944Аз с MLVA-типом 4, аллельный профиль которых лишь частично совпадает (10, 5, 6, 15, 0) с профилем других штаммов кластера Б, что может говорить о дальнем родстве); В (94Н, MLVA-тип 11 и 3099Аз, MLVA-тип 6, аллельный профиль которых частично совпадает (13, 5, 12, 20, 0 и 13, 5, 7, 14, 0), что свидетельствует о родстве данных штаммов).

Группа III включает четыре штамма, выделенные от человека в Азербайджане в 1986, 1987, 1989 и 1990 гг., и один штамм тех же микроорганизмов, выделенный в Петровском районе Ставропольского края. Аллельный профиль их частично совпадает, в основном, по локусам первой хромосомы (1775Aз MLVA-тип 1 - 11, 5, 2, 14, 0; 2286Aз MLVA-тип 2 - 11,

8, 3, 14, 0; 5278Aз MLVA-тип 7 - 11, 8, 2, 26, 0; 2960Аз, MLVA-тип 3 - 11, 5, 2, 16, 0; 116ПС MLVA-тип 14 - 11, 5, 10, 18, 0).

Группа IV состоит из четырех штаммов V. cholerae O1 биовара Эль Тор, выделенных из реки Агура (г. Сочи) в 2015 г. Два штамма (945СА и 989СА) принадлежат к одному и тому же MLVA-типу - 20 с аллельным профилем

9, 4, 4, 19, 0. Два других штамма V. cholerae Ü1 биовара Эль Тор (755 СА MLVA-тип 17 - 9, 6, 3, 19, 0 и 831 СА MLVA-тип 18 - 10, 6, 5, 21, 0), выделенных из реки Агура, имеют отдаленное сходство, судя по VNTR-генотипам этих штаммов. Штаммы V. cholerae non Ü1/Ü139 63Н MLVA-тип 9 - 15, 6, 6, 21, 0 и 95Н MLVA-тип 12 - 13, 6, 8, 16, 0, выделенные в Невинномыс-ске в 2017 г., по аллельным профилям отдаленно сходны между собой и штаммами V. chole-rae Ü1 биовара Эль Тор из р. Агура (г. Сочи).

Группа V образована одним нетоксигенным штаммом V. cholerae O1 биовара Эль Тор 911СА, MLVA-тип 19 (10, 12, 5, 25, 0) из р. Агура в 2015 г., двумя штаммами V. cholerae non Ü1/Ü139 (99Н, MLVA-тип 13 (14, 4, 5, 14, 0) и 78Н, MLVA-тип 10 (9, 8, 5, 13, 0) из проб воды поверхностных водоемов в г. Невинно-мысске Ставропольского края в 2017 г. и одного клинического штамма V. cholerae non

O1/O139 5321Аз, MLVA-тип 8 (14, 12, 5, 13, 0), ^ выделенного в Азербайджане в 1990 г. Аллель- ^^ ные профили штаммов V группы идентичны лишь по одному локусу на первой и второй хромосомах, что свидетельствует об отдаленном родстве данных штаммов. ^îj

Заключение. Результаты изучения вариабельных участков генома нетоксигенных штаммов V. cholerae O1 (10 штаммов), V. cholerae non O I/O 139 (15 штаммов) и 3 токсигенных штаммов V. cholerae O1 по 5 локусам: VC0147, VC0436-7, VC01650 (I хромосома); VCА0171, VCА0283 (II хромосома) показали, что 28 изученных штаммов холерных вибрионов представлены 24 ML VA-типами. При этом штаммы V. cholerae non 01/0139, выделенные в Азербайджане от больных ОКИ и в Ставропольском крае из воды поверхностных водоемов, отнесены к первым 15 MLVA-типам, каждый из которых представлен четырьмя локусами с уникальным числом повторов. Три непатогенных штамма V. cholerae О1 биовара Эль Тор, выделенные из воды реки Агура (г. Сочи), отнесены к MLVA-типам 16 и 20. Еще три штамма V. cholerae О1 биовара Эль Тор, выделенные из данной реки, имели соответственно MLVA-ти-пы 17, 18 и 19. Следует отметить, что штамм V. cholerae О1 биовара Эль Тор 1013 из р. Агу-ра (2015 г.) и штамм V. cholerae non 01 /0139 2680, выделенный от человека в Азербайджане (1988 г.), имели один и тот же 3-й MLVA-тип. Кроме того, вариабельные участки генома не-токсигенных штаммов V. cholerae O1, V. cholerae non O1/O139 включали 4 локуса (VC0147, VC0436-7, VC01650 (I хромосома); VCА0171 (II хромосома). Пятый локус (VCА0283 на II хромосоме) отсутствовал. В целях MLVA-ти-пирования токсигенных штаммов V. cholerae O1 биовара Эль Тор (штаммы 13Д, 39К, 1726Д) и нетоксигенного штамма V. cholerae O1 биовара Эль Тор С615/141, содержащего ген tcpA, использовали 5 локусов (VC0147, VC0436-7, VC01650 (I хромосома); VCА0171, VCА0283 (II хромосома).

Анализ дендрограммы на основе MLVA-ти-пирования 25 нетоксигенных штаммов V. cho-lerae O1 и V. cholerae non O1/O139, выделенных из объектов окружающей среды, по 4 ло-кусам и 3 штаммов токсигенных холерных вибрионов, выделенных от человека, по 5 локу-сам выявил различную степень филогенетического родства изучаемых штаммов, выделенных на различных территориях в разные годы, что необходимо учитывать при мониторинге за возбудителем холеры в объектах окружающей человека среды на конкретных территориях.

ЛИТЕРАТУРА (п. 3-6 см. Referenses)

1. Водопьянов А. С., Водопьянов С. О., Мишанькин М.Б., Сучков И.Ю. Вариабельные тандемные повторы, выявленные при компьютерном анализе генома Vibrio cholerae // Биотехнология, 2001. 6. С. 85-88.

^ 2. Смирнова Н.И., Кульшань Т.А., Краснов Я.М.

^— MLVA-типирование клинических штаммов Vibrio cho-

lerae, изолированных в разные периоды текущей пандемии холеры // Молекулярная генетика, микробиоло-

^^ гия и вирусология. 2015. Т. 33. № 1. С. 15-22.

b! REFERENCES

^^ 1. Vodopyanov A.S., Vodopyanov S.O., Mishankin M.B., Suchkov I.Yu. Variabelnye tandemnye povtory, vyyavlen-nye pri kompyuternom analize genoma Vibrio cholera [The variable tandem repetitions revealed in the computer analysis of a genome of Vibrio cholera] Biotehnologiya, 2001, no. 6, pp. 85-88. (In Russ.)

2. Smirnova N.I., Kulshan T.A., Krasnov Ya.M. MLVA-tipirovanie klinicheskih shtammov Vibrio cholerae, izoli-rovannyh v raznye periody tekushej pandemii holery [MLVA typing of clinical strains of Vibrio cholerae isolated during the different periods of the current pandemic of cholera]. Molekulyarnaya genetika, mikrobiologiya i vi-rusologiya. 2015. vol. 33, no. 1, pp. 15-22. (In Russ.)

3. Choi S.U., Lee J.H., Jeon Y.S., Lee H.R., Kim E.J., Anssa-ruzzaman M., Bhuiyan N., Endtz H., Niyogi S., Sarkar B., Nair G., Nguyen B., Hien N., Czerkinsky C., Cltmens J., Chun J., and Kim D.W. Multilocus variable-number tandem repeat analysis of Vibrio cholerae O1 El Tor strains

harbouring classical toxin B // J. Med. Microbiol. 2010, vol. 59, no. 3, pp. 763-769.

Danin-Poleg Y., Cohen LA., Gancz H., Broza Y. Vibrio cholerae Strain Typing and Phylogene Stady Based on Simple Sequence Repeats // J. Clin. Microbiol. 2007, vol. 45, no. 3, pp. 736-746.

Heidelberg J.F., Eisen J.A., Nelson W.C. et al. DNA sequence of both chromosomes of the cholera pathogen Vibrio cholera // Nature. 2000, vol. 406, pp. 477-483. Hunter P.R., Huston M.A. Numerical index of the Discriminatory Ability of Typing Systems: an Application of Simpson's index of Diversity // J. of Clinical Microbiology. Nov. 1988, vol. 26, no. 11, pp. 2465-2466.

Контактная информация:

Савельева Ирина Вилориевна, кандидат медицинских наук, врач-бактериолог ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора e-mail: savelev39@inbox.ru Contact information:

Savelyeva Irina, Candidate of medical sciences, bacteriologist of FKUZ Stavropol protivochumny institute of Rospotrebnadzor e-mail: savelev39@inbox.ru