Научная статья на тему 'Изучение генетического сходства сортов и линий гороха в Республике Башкортостан'

Изучение генетического сходства сортов и линий гороха в Республике Башкортостан Текст научной статьи по специальности «Биологические науки»

CC BY
66
10
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
Ключевые слова
ГОРОХ / СОРТООБРАЗЕЦ / СЕЛЕКЦИЯ / ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ / МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЁРЫ / МИКРОСАТЕЛЛИТЫ / PEA / VARIETY / SELECTION / GENETIC DIVERSITY / MOLECULAR MARKERS / MICROSATELLITES

Аннотация научной статьи по биологическим наукам, автор научной работы — Гайнуллина Карина Петровна

Цель исследования оценка ДНК-полиморфизма сортов гороха посевного и определение степени их генетического сходства на основе анализа микросателлитных локусов. Представлена характеристика 12 сортообразцов гороха местной, 4 отечественной и 17 зарубежной селекции с использованием микросателлитных маркёров (SSR). Было использовано пять микросателлитов из геномной библиотеки микросателлитных локусов (Agrogene ®, Франция). Получено 23 аллеля, в среднем 4,6 аллели на локус. Индекс полиморфизма (PIC) варьировал от 0,38 для локуса AA200 до 0,78 для локуса AD147, в среднем составляя 0,63. Вычисленные генетические расстояния были использованы для составления соответствующей дендрограммы и распределения на ней генотипов в соответствии с их генетической близостью. Составлена база данных, представляющая собой молекулярно-генетическое описание изученных сортообразцов, которая может быть использована для их паспортизации. Результаты исследования могут быть использованы при подборе исходного материала для создания новых сортов гороха.

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Похожие темы научных работ по биологическим наукам , автор научной работы — Гайнуллина Карина Петровна

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

STUDIES ON THE GENETIC SIMILARITY OF PEA VARIETIES AND LINES IN THE REPUBLIC OF BASHKORTOSTAN

The purpose of the study was to evaluate the DNA polymorphism of pea varieties and to determine the degree of their genetic similarity based on the analysis of microsatellite loci. The characteristic of 12 varieties of peas of local, 4 domestic and 17 foreign selection using microsatellite markers (SSR) is presented. Five microsatellites from the genomic library of microsatellite loci were used (Agrogene ®, France). Twenty-three alleles were obtained, an average of 4.6 alleles per locus. The polymorphism index (PIC) varied from 0.38 for the locus AA200 to 0.78 for the AD147 locus, averaging 0.63. The calculated genetic distances were used to make the corresponding dendrogram and to arrange the genotypes on it, according to their genetic affinity. The database has been made, which is a molecular-genetic description of the studied varieties that can be used for their certification. The results of the study can be used in selecting the source material for creating new varieties of peas.

Текст научной работы на тему «Изучение генетического сходства сортов и линий гороха в Республике Башкортостан»

Литература

1. Шеуджен А.Х. Интенсивность дыхания и активность окислительно-восстановительных ферментов почв в зависимости от сельскохозяйственного использования /

A.Х. Шеуджен, О.А. Гуторова, И.А. Лебедовский [и др.] // Российская сельскохозяйственная наука. 2018. № 2. С. 40-43.

2. Савич В.И. Мелиоративная и агрономическая оценка окислительно-восстановительного состояния почв /

B.И. Савич, В.Г. Ларешин, Н.Н. Дубенок [и др.]: учеб. пособие. М.: Изд-во РРУДН, 2006. 482 с.

3. Гуторова О.А., Шеуджен А.Х., Хурум Х.Д. Почвенные процессы на рисовых полях Кубани // Труды Кубанского государственного аграрного университета. 2013. № 44.

C. 59-61.

4. Система рисоводства Краснодарского края: рекомендации / Под общ. ред. Е.М. Харитонова. Краснодар: ВНИИ риса, 2005. 340 с.

5. Попов В.А., Островский В.А. Агроклиматология и гидравлика рисовых экосистем: монография. Краснодар: КубГАУ, 2013. 189 с.

6. Зайцев В.Б. Рисовая оросительная система. 3-е изд., пераб. и доп. М.: Колос, 1975. 351 с.

7. Подлесный И.В. Динамика окислительно-восстановительного потенциала почвы зоны приазовских плавней в условиях различной степени дренированности

рисовых участков // Бюллетень ВНИИ риса. 1984. Вып. 32. С. 36-38.

8. Лабораторно-практические занятия по почвоведению: учеб. пособие / М.В. Новицкий, И.Н. Донских, Д.В. Чернов [и др.]. СПб.: Проспект Науки, 2009. 320 с.

9. Орлова Н.Е., Бакина Л.Г., Орлова Е.Е. Методы изучения содержания и состава гумуса. СПб.: Изд-во С.-Петерб. унта, 2007. 145 с.

10. Методы почвенной микробиологии и биохимии: учеб. пособие / Под общ. ред. Д.Г. Звягинцева. М.: Изд-во МГУ, 1991. 304 с.

11. Матюк Н.С., Полин В.Д. Ресурсосберегающие технологии обработки почвы в адаптивном земледелии: учеб. пособие. М.: Изд-во РГАУ-МСХА имени К.А. Тимирязева, 2013. 222 с.

12. Шеуджен А.Х. Агрохимические средства оптимизации минерального питания растений и экономическая оценка эффективности их применения / А.Х. Шеуджен, А.И. Тру-билин, С.В. Кизинек [и др.]. Майкоп: ООО «Полиграф Юг», 2017. 132 с.

13. Шеуджен А.Х. Влияние мелиоративного состояния на свойства почв рисовых агроландшафтов Кубани и их продуктивность / А.Х. Шеуджен, О.А. Гуторова, В.В. Аношенков [и др.] // Политематический сетевой электронный научный журнал Кубанского государственного аграрного университета. 2017. № 08 (132). С. 218-230.

Изучение генетического сходства сортов и линий гороха в Республике Башкортостан*

К.П. Гайнуллина, к.б.н., Башкирский НИИСХ ФГБНУ УФИЦ РАН

Горох — основная зернобобовая культура в Российской Федерации и Республике Башкортостан [1]. Согласно данным Продовольственной и сельскохозяйственной организации ООН (ФАО), по посевным площадям зернового гороха (1039,9 тыс. га) наша страна занимает второе место в мире, уступая лишь Канаде [2]. Наибольшие посевы гороха сосредоточены в Среднем Поволжье, Татарстане, Башкортостане, Центрально-Чернозёмной зоне. Большое распространение гороха объясняется его высокой урожайностью, питательностью зерна, сбалансированностью аминокислотного состава, замечательными вкусовыми качествами [3, 4].

Важная роль в селекции новых высокопродуктивных сортов гороха отведена исходному материалу [5]. На протяжении многих лет в Чишминском селекцентре по растениеводству используется принцип подбора родительских пар методом контрастных признаков, в основе которого лежит генетическая отдалённость [6]. Применение современных методов молекулярной биологии позволяет снизить трудоёмкость работы, сократить время анализа и дополнить результаты полевой оценки генетического разнообразия сортообразцов, используемых в качестве исходного материала для селекции гороха [7].

Как показано рядом исследователей, наиболее удобными маркёрами для выявления генетического

полиморфизма являются микросателлиты, которые представляют собой тандемно повторяющиеся последовательности, состоящие из мономеров длиной от 1 до 6 пар оснований. При этом для многих культурных растений установлено, что динуклео-тидные повторы встречаются в их геномах чаще остальных [8, 9]. Как правило, микросателлиты относятся к эухроматиновой части генома, и темпы их мутирования очень высоки, что обусловливает существование множественных кодоминантных аллелей. Это позволяет с успехом использовать данный тип ДНК-маркёров для определения генетического разнообразия и степени генетического родства [10].

Целью исследования стала оценка ДНК-полиморфизма сортов гороха посевного и определение степени их генетического сходства на основе анализа микросателлитных локусов.

Материал и методы исследования. Исследование проводили в лаборатории молекулярно-генетической экспертизы Башкирского НИИСХ УФИЦ РАН. Материалом для исследования послужили 12 сортообразцов гороха местной, 4 отечественной и 17 зарубежной селекции.

Молекулярно-генетический анализ образцов гороха проводили методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) по 5 динуклеотидным локусам микросателлитов (STR), взятым из геномной библиотеки микросателлитных локусов Agrogene ® (Мо1б$у Сгатауе1, Франция). Их описание представлено в таблице.

* Работа выполнена при финансовой поддержке гранта Республики Башкортостан молодым учёным и молодёжным научным коллективам в 2018 г. (Постановление Правительства Республики Башкортостан от 7 февраля 2018 г. № 56)

Характеристика исследованных микросателлитных маркёров гороха посевного

STR-маркёр По следовательно сть праймера 5'^3' Число аллелей Размер амплифицируемого фрагмента, п.н. Группа сцепления

AA200 accgaagagcatttttcctaag tccatcagttccctaattcatc 4 220 VI

AA255 acaagtattccaaagagatggg gcatttgtgtagttacaattttgtt 3 295 II

AB28 cctgagtcatcacataggagat gcagaagtatttgacttgatggaa 4 377 I

AD147 gcccaagtttcttctgaatcc aaattcgcagagcgtttgttac 7 330 I

D21 tattctcctccaaaatttcctt gtcaaaattagccaaattcctc 6 200 I

Примечание: п.н. — пар нуклеотидов

С праймером AA255 амплифицировалось три несцепленных локуса, среди которых наиболее информативным оказался микросателлитный локус, детектируемый в диапазоне 295 п. н., который мы и использовали для оценки ДНК-полиморфизма сортообразцов гороха.

Семена гороха проращивали в чашках Петри. ДНК выделяли из 5-7-дневных проростков с помощью набора Genomic DNA Purification Kit (компания «Fermentas»). ПЦР проводили в амплифика-торе ДТ-322 (ДНК-технология). Конечный объём реакционной смеси составлял 26 мкл и содержал 2 мкл раствора тотальной геномной ДНК, 10 мкл раствора Dream Taq™ PCR Master Mix (компания «Fermentas»), по 2 мкл каждого из пары праймеров (ЗАО «Евроген») и 10 мкл стерильной деионизи-рованной воды. Амплификация проводилась по следующей программе: денатурация при 94° C — 1 мин.; три цикла: денатурация при 94°С — 30 сек., отжиг праймеров при Tm — 20 сек., элонгация при 72°С — 5 сек.; 33 цикла: денатурация при 94°С — 15 сек., отжиг праймеров при Tm — 20 сек., элонгация при 72°С — 1 мин.; конечная элонгация при 72°С — 30 мин. Температуру отжига праймеров длиной более 20 нуклеотидов рассчитывали исходя из количества пуриновых (A, G) и пиримидиновых (Т, С) оснований по упрощённой формуле:

Tm = 22 +1,46 • (2 • (G + C)) + (A + T), °C, (1)

где G — количество нуклеотидов с гуанином в составе праймера;

C — количество нуклеотидов с цитозином в составе праймера;

A — количество нуклеотидов с аденином в составе праймера;

T — количество нуклеотидов с тимином в составе праймера.

Затем полученную температуру отжига олиго-нуклеотидов корректировали эмпирическим путём.

Продукты амплификации размером более 250 п.н. (AA255, AB28, AD147) разделяли методом электрофореза в 3-процентном агарозном геле, менее 250 п. н. (AA200, D21) — в 6-процентном полиакриламидном геле.

Информативность изученных SSR-маркёров оценивали по величине PIC (Polymorphism Information Content), рассчитанной по формуле:

PICj= 1 "IP2, (2)

i=1

где i — i-й аллель j-го маркёра;

n — количество аллелей j-го маркёра; P — частота аллелей.

Математическую обработку данных проводили общепринятыми методами, кластерный анализ — с помощью программы StatSoft Statist^ 6.0.

Результаты исследования. В нашем исследовании при оценке 33 сортообразцов гороха посевного с помощью пяти пар SSR-праймеров суммарно было выявлено 23 полиморфных маркёра, в среднем 4,6 маркёра на локус. Аллели по каждому изученному локусу визуализировались достаточно чётко (рис. 1).

сс а ссс be с ссМ

Рис. 1 - SSR-спектры сортов и линий гороха в полиа-криламидном геле, полученные при амплификации с праймером АА200: a, b, c - аллели локуса АА200; M - маркёр молекулярного веса 1 kb (фракция 200 п.н.)

Индекс полиморфизма (PIC), характеризующий генетическое разнообразие популяции в зависимости от количества аллелей и распределения их частот, варьировал от 0,38 до 0,78, в среднем 0,63 на локус.

На основании полученных данных по аллельно-му состоянию пяти микросателлитных локусов был проведён кластерный анализ для определения степени генетического сходства сортообразцов гороха местной, отечественной и зарубежной селекции и построена дендрограмма. Результаты кластеризации

Рис. 2 - Дендрограмма, построенная на основе ДНК-анализа сортообразцов гороха посевного

представлены на рисунке 2. Для интерпретации дендрограммы мы использовали знания о родословных, которые были доступны преимущественно для сортов и линий местной селекции, выделенных на рисунке подчёркиванием сплошной линией; сортообразцы зарубежной селекции подчёркнуты пунктирной линией, сортообразцы отечественной селекции - без подчеркивания.

Как видно по рисунку, на дендрограмме чётко обособлены три больших кластера — А, В и С, имеющие в своём составе более мелкие минорные группы.

Стоит отметить, что в кластере А находятся 8 из 12 изученных нами сортообразцов местной селекции. Выявлена тесная связь между линией Л-29865 (Усач х Чишминский 95) и сортом Чишминский 229, которые имеют в своей родословной сорт Чишминский 95. Наряду с этим сорт Чишминский 229 находится в соседнем минорном кластере с линией Л-30346 (Чишминский 229 х Л-27266), созданной на основе данного сорта. Сорта местной селекции Кормовой 5 и Чишминский 80, обладающие признаком неосыпаемости, белыми цветками, розовыми округлыми семенами и относящиеся к

одной ботанической разновидности — var. всайысыт МакаБ^ — неопадающая, также обнаруживают тесную близость.

Линии местной селекции Л-29477 (Усач х Кормовой 5) и Л-26742 [(Уладовский юбилейный х Шихан) х Шихан], также относящиеся к разновидности всайысыт и созданные на основе сортов украинской и местной селекции, находятся в одной группе В.

Сорта местной селекции Шихан и Чишминский 95 — разновидности всайысыт — расположены в соседних минорных группах кластера С. При этом сорт Шихан был создан путём отбора из гибридной популяции Чишминский 210 х Приекульский 380, а сорт Чишминский 95 имеет в своей родословной и сорт Чишминский 210, и сорт Шихан. Линия Л-26742 [(Улад. юб. х Шихан) х Шихан] из соседнего кластера В также была создана с участием сорта Шихан.

Выводы. Установлено, что в родословной сортов и линий местной селекции присутствует разнообразный по происхождению, генетически гетерогенный исходный материал из коллекции мировых генетических ресурсов ВИР и различ-

ных селекционных учреждений. Полученный в результате кластеризации иерархический дендрит позволяет визуализировать степень генетического сходства или различия изученных сортообразцов, а также предоставляет дополнительную информацию для эффективного подбора пар при гибридизации, основанной на генетической отдалённости.

Литература

1. Давлетов Ф.А., Гайнуллина К.П. Наследование морфологических признаков у гороха // Роль науки в инновационном развитии сельского хозяйства. Ч. 2. Инновационные технологии — основа конкурентоспособности сельского хозяйства: сб. науч. тр., посвящ. 75-летию со дня рождения У.Г. Гусманова. Уфа, 2010. С. 83.

2. FAOSTAT : электронная статистическая база данных Food and Agriculture Organization of the United Nations [Электронный ресурс]. URL: http://www.fao.org/faostat/ru/#data/QC (дата обращения: 14.06.2018).

3. Макашева Р.Х. Горох. Л.: Колос, 1973. 312 с.

4. Шурхаева К.Д. Оценка генофонда гороха и перспективы его селекционного использования в условиях Среднего

Поволжья: автореф. дисс. ... канд. с.-х. наук. Казань, 2011. 23 с.

5. Давлетов Ф.А., Гайнуллина К.П., Ашиев А.Р. Особенности роста и развития сортов и линий гороха различных мор-фотипов в условиях Южного Урала // Зерновое хозяйство России. 2011. № 5. С. 22-31.

6. Давлетов ФА., Гайнуллина К.П. Влияние метеорологических условий на результаты гибридизации // Аграрный вестник Урала. 2011. № 4. С. 5.

7. Давлетов Ф.А., Гайнуллина К.П. Изучение полиморфизма микросателлитных локусов гороха посевного (Pisum sativum L.) // Вестник Башкирского государственного аграрного университета. 2013. № 2 (26). С. 10-13.

8. Zhang Z. et al. A genome-wide microsatellite polymorphism database for the indica and japonica rice // DNA Research. 2007. Vol. 14. P. 37-45. doi: 10.1093/dnares/dsm005.

9. Qu J., Liu J. A genome-wide analysis of simple sequence repeats in maize and the development of polymorphism markers from next-generation sequence data // BioMed Central Research Notes. 2013. Vol. 6. P. 403. doi: 10.1186/1756-0500-6-403.

10. Гайнуллина К.П. Генетическое разнообразие исходного материала для селекции гороха (Pisum sativum L.) в условиях Предуральской степи Башкортостана: дисс. . канд. биол. наук. СПб., 2013. 19 с.

Возделывание нута в северной лесостепи Тюменской области

В.В. Рзаева, к.с.-х.н, Т.С. Лахтина, магистрант, ФГБОУ ВО ГАУ Северного Зауралья

Всякий агротехнический метод, направленный на повышение урожайности, результативен в случае если: 1) обеспечивает быстрое развитие и, как следствие, — большие площади листьев; 2) повышает результативность фотосинтеза листьев; 3) сохраняет их в плодотворном пребывании возможно наиболее длительный промежуток; 4) содействует лучшему использованию продуктов фотосинтеза, первоначально на активный рост питающих и проводящих органов, а далее — на увеличение хозяйственно значимой доли урожая [1].

Цель исследования — изучение продуктивности нута по глубине и способам обработки почвы.

В задачи изучения входило установление воздействия глубины и способа обработки на:

— всхожесть семян, сохранность растений нута;

— засорённость посевов;

— продуктивность нута;

— массу 1000 зёрен нута;

— экономическую эффективность.

Актуальность темы не вызывает сомнений, т.к. на

современных этапах повышается роль зернобобовых культур, а именно нута, в сравнении с зерновыми.

Научная новизна исследования заключается в том, что в первый раз в условиях северной лесостепи Тюменской области изучалось влияние способов основной обработки на урожайность нута.

Материал и методы исследования. Исследование проводили в 2016 и 2017 гг. на базе Государственного аграрного университета Северного Зауралья (ГАУ СЗ). Полевые опыты закладывали в 1,5 км от д. Утёшево на опытном поле.

Улучшение аэрации земли способствует развитию растений, максимально интенсивному поглощению ими воды и питательных компонентов, повышению их подъёма и урожая [2].

Опытные делянки находятся на территории учебно-опытного хозяйства ГАУ СЗ. Почва на экспериментальной делянке — чернозём выщелоченный маломощный тяжелосуглинистый пыльно-илистый в карбонатовом покрывающем суглинке [3].

Изучения проводились в соответствии с утвержденными методиками и в согласовании схемы эксперимента в 2016—2017 гг. в зернопаровом севообороте при выращивании аграрных культур согласно методам зяблевой обработки почвы (отвальный, безотвальный, дифференцированный).

Опыт проводили по схеме, которая включала шесть вариантов обработки почвы:

I — отвальная обработка на глубину 20—22 см (ПН-4-35);

II — отвальная обработка на глубину 12—14 см (ПН-4-35);

III — безотвальная обработка, 20—22 см (ПЧН-2,3);

IV — безотвальная обработка, 12—14 см (культиватор КОБВ (ЦЖА);

V — дифференцированная обработка, вспашка на глубину 20-22 см (ПН-4-35);

VI — дифференцированная обработка, вспашка на глубину 12—14 см (ПН-4-35).

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.

Исследование проводили в зернопаровом с занятым паром севообороте (нут — яровая пшеница I — яровая пшеница II). Площадь делянки составляла 200 м2, общее число делянок — 18. Расположение делянок рендомизированное.

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.