CC BY
89
УДК 636.082.2
Экспериментальное обоснование размера выборки животных для генотипирования по локусу BoLA DRB3
Е.В. Мачульская, А.Е. Волченко, Л.И. Якушева, В.Ф. Сацук, Ф. Дениз, Н.В. Ковалюк
ГНУ СКНИИЖ Россельхозакадемии
mellen 14@yandex. ru
Маркер BoLA DRB3 рассматривается многими исследователями как перспективный в плане ведения селекции на устойчивость к лейкозу КРС [1,2,4]. В связи с этим возникает вопрос, насколько большой должна быть выборка животных стада, чтобы сделать правильный вывод о частотах встречаемости аллелей, ассоциированных с устойчивостью.
Основная задача, которая решается с помощью выборочного метода, сводится к получению информации, позволяющей более или менее точно судить о состоянии генеральной совокупности. Чтобы выборка полнее отражала структуру генеральной совокупности, она должна быть репрезентативной. Репрезентативность выборки достигается случайным отбором вариантов из генеральной совокупности. Репрезентативность выборки не нарушается, если генеральная совокупность предварительно делится на типические группы, а затем в каждой группе случайным способом отбирается пропорциональное количество единиц [3]. При изучении выборочных характеристик крупного рогатого скота обычно оказывается репрезентативной выборка величиной от 30 до 50 голов.
Нами была поставлена задача установить минимальный размер выборки животных для генотипирования по локусу BoLA DRB3, отражающий структуру генеральной совокупности конкретного стада.
Экспериментально генотипированием животных, принадлежащих ОАО «Агрообъединение «Кубань», нами доказано, что значения показателей частот встречаемости BoLA DRB 3 генотипов и аллельных вариантов, при изменении размера выборки с n =50 до n =192, изменяются в пределах 1-3% (табл. 1).
При меньшем размере выборки (n=27) разброс аналогичных показателей превышает уровень 3%.
Таблица 1 - Частоты встречаемости аллелей и генотипов в выборках
Аллель/Генотип Частоты встречаемости, %
n=27 n=50 n=125 n=192
1 0 0 0 0
2 0 0 0 0
3 2 6 6 4
4 0 0 0 0
5 0 0 0 0
6 0 0 0 0
7 0 2 1 1
8 6 8 6 7
9 2 0 0 0
10 2 4 5 4
11 0 4 6 5
12 2 5 4 3
13 0 0 0 0
14 2 2 1 1
15 0 0 1 1
16 15 12 15 15
17 0 0 0 0
18 0 2 1 1
19 0 0 0 0
20 0 0 0 0
21 2 0 0 0
22 31 18 17 20
23 11 12 11 12
24 14 20 21 19
25 7 1 2 3
26 2 2 1 1
27 0 2 2 2
28 2 0 0 1
(Н\Н) 8 9 8 6
(Н\Ч) 26 23 24 25
(Ч\Ч) 40 36 37 37
(У\У) 0 2 3 2
(Н\У) 0 11 9 8
(У\Ч) 26 19 19 22
При формировании репрезентативной выборки из животных конкретного стада необходимо, по нашему мнению, учитывать фактор «бык - отец». Так, если в стаде присутствует 300 дочерей одного быка и 50 дочерей другого быка, то и в выборку для генотипирования они должны попадать в соотношении 6:1. Такое формирование выборки не противоречит традиционным подходам [3].
Кроме этого нами учитывался фактор «возраст животного». Поскольку животные анализировались с целью последующего подбора быков - производителей, при формировании репрезентативной выборки, туда не включались животные в возрасте второй лактации и старше, так как в большинстве хозяйств возраст животных в отёлах не превосходил 2,3.
Исходя из рассуждений и данных, приведённых выше, и учитывая высокую стоимость генетических анализов, выборка животных для генотипирования по локусу БоЬА ЭРБЗ формируется в хозяйствах следующим образом:
1. Для анализа отбираются молодые животные (тёлки старше 10 месяцев, нетели и первотелки), имеющие первостепенное значение для дальнейшего воспроизводства стада.
2. В группу попадают пропорционально дочери разных быков. При этом анализируется таблица №14 «СЕЛЭКС» (Генеалогическая структура маточного стада по принадлежности к линиям).
В качестве примера реализации подобного подхода для одного из хозяйств (ОАО «ПЗ «Дружба» Калининского района) представлена таблица, в которой указаны быки - отцы отобранных для анализа животных, количество их дочерей (молодые животные) и количество взятых для анализа коров и тёлок (табл. 2).
Таблица 2 - Выборка коров и тёлок для генотипирования по локусу BoLA DRB3 (ОАО «ПЗ «Дружба» Калининского района)_
Бык - отец, кличка, Наличие дочерей Взято для генотипирования,
инвентарный № в стаде, голов голов
Робертино 133 45 8
Риф 2012 17 3
Пушок 590 6 1
Капитан 507 11 2
Миг 1112 6 1
Умар 669 50 9
Оскол 188 39 7
Силач 775 12 2
Омар154 11 2
Богач 291 22 4
Урхо 420 50 9
Унто 495 11 2
Итого: 280 50
Для подсчета частот аллелей использовали следующую формулу:
P(A)= (2Ni+N2)/2n,
где N-i - число гомозигот по исследуемому аллелю, а N2 - число гетерозигот, n - объем выборки.
Таким образом, нами установлен оптимальный объем выборки и разработана методика отбора животных для генотипирования по локусу BoLA DRB3, объективно отражающая частоты встречаемости BoLA DRB3 аллелей в генеральной совокупности.
