CC BY
0
RM'AX
https://cmac-journal.ru
КЛИНИЧЕСКАЯ МИКРОБИОЛОГИЯ И АНТИМИКРОБНАЯ ХИМИОТЕРАПИЯ
2024
DOI: 10.36488/cmac.2024.2.161-170
Обзорная статья
Современное представление о таксономии и классификации представителей порядка Legionellales (Legionellaceae, Coxiellaceae) отдела Pseudomonadota
Шпынов С.Н.1,2, Тартаковский И.С.3, Рудаков Н.В.1,2
1 ФБУН «Омский НИИ природно-очаговых инфекций» Роспотребнадзора, Омск, Россия
2 ФГБОУ ВО «Омский государственный медицинский университет» Минздрава России, Омск, Россия
3 ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России, Москва, Россия
Контактный адрес: Станислав Николаевич Шпынов Эл. почта: [email protected]
Ключевые слова: таксономия, систематика, молекулярно-био-логические методы, Legionella pneumophila, Coxiella burnetii, порядок Legionellales, отдел Pseudomonadota, прокариоты.
Конфликт интересов: авторы заявляют об отсутствии конфликтов интересов.
С развития микробиологии, как науки, идентификация, систематика и классификация микроорганизмов осуществлялись на основании изучения фенотипических характеристик. Во второй половине XX в. после открытия структуры ДНК и полимеразной цепной реакции в микробиологии наступила эра молекулярно-биологических исследований. С 2002 г. применение комплекса моле-кулярно-биологических и филогенетических методов было рекомендовано в качестве руководящего подхода в классификации и таксономии прокариот, что привело к реклассификации в некоторых таксонах. Представление о таксономии Legionella pneumophila (порядок Legionellales, класс Gammaproteobacteria) было сформулировано после вспышки болезни легионеров (легионеллеза) в США в 1976 г. Описание возбудителя лихорадки Ку - Coxiella burnetii произошло на 40 лет раньше, но его классификация и таксономический статус в порядке Rickettsiales (класс Alphaproteobacteria) были представлены некорректно на основании изучения доступных фенотипических характеристик в 1930-1950-е гг. Это на полвека определило «судьбу» C. burnetii и лихорадки Ку, включенных в список риккетсий и риккетсиозов, традиционно изучаемых риккетсиологами. В результате применения молекулярно-биологических методов в 1990-е гг. порядок Legionellales пополнился за счет нескольких представителей порядка Rickettsiales, три представителя которого (C. burnetii, Rickettsiella grilli и Wolbachia persica) были перемещены в класс Gammaproteobacteria. Анализ последовательности гена 16S рРНК привел к реклассификации Coxiella в отдельный род гамма-протеобактерий отдела Proteobacteria (сейчас Pseudomonadota) вместе с родами Legionella, Francisella и Rickettsiella, с представителями которых имеет наибольшее филогенетическое родство. Секвенирование гена 16S рРНК изолятов C. burnetii из разных географических регионов выявило только три замены оснований, указывая на то, что нуклеотидные последовательности этих штаммов являются близкородственными (степень гомологии - 99%), что подтверждает филогенетическую однородность рода Coxiella в рамках одного вида. Сравнительный анализ протеома представителей порядка Legionellales и филодендрограмма, построенная при изучении основных белков представителей родов Legionella, Coxiella, Acquicella и Rickettsiella (Diplorickettsia), позволила сформировать различные клады, подтверждающие их монофилию. Геном C. burnetii кодирует 24 аналогичных компонента из 27 задействованных в патогенезе L. pneumophila по IVB типу секреторной системы (type IVB secretion systems). Верификация таксономического положения C. burnetii - пример использования молекулярно-биологических методов для решения вопросов таксономии и классификации прокариот. Целесообразно применение комплексного подхода, основанного на применении «классических» методов бактериологии и новых молекулярно-биологических и филогенетических методов, что позволит получить объективное представление о микроорганизмах, ассоциированных с популяцией человека.
Review
Current knowledge of the taxonomy and classification of representatives from the order Legionellales (Legionellaceae, Coxiellaceae) Phylum Pseudomonadota
Shpynov S.N.1'2, Tartakovsky I.S.3, Rudakov N.V. 12
1 Omsk Research Institute of Natural Focal Infections, Omsk, Russia
2 Omsk State Medical University, Omsk, Russia
3 N.F. Gamaleya National Research Center of Epidemiology and Microbiology, Moscow, Russia IXInbiHOB C.H. u coaBT.
Contacts:
Stanislav N. Shpynov E-mail: [email protected]
Key words: taxonomy, systematics, molecular biological methods, Legionella pneumophila, Coxiella burnetii, order Legionellales, Phylum Pseudomonadota, prokaryotes.
Conflicts of interest: all authors report no conflicts of interest relevant to this article.
Since the development of microbiology as a science, the identification, systematics and classification of microorganisms have been carried out based on the study of phenotypic characteristics. In the second half of the 20th century, after the discovery of the structure of DNA and polymerase chain reaction, the era of molecular biological research began in microbiology. Since 2002, the use of a complex of molecular biological and phylogenetic methods has been recommended as a guiding approach in the classification and taxonomy of prokaryotes, which has led to reclassification in some taxa. The representation of the taxonomy of Legionella pneumophila (order Legionellales, class Gammaproteobacteria) was formulated after the outbreak of legionnaires' disease (legionellosis) in the USA in 1976. The description of the causative agent of Q-fever - Coxiella burnetii occurred 40 years earlier, but its classification and taxonomic status in the order Rickettsiales of the class Alphaproteobacteria were presented incorrectly based on the study of available phenotypic characteristics in the 1930s and 1950s. This determined the «fate» of C. burnetii and Q-fever for half a century, included in the list of rickettsiae and rickettsioses traditionally studied by rickettsiologists. As a result of the application of molecular biological methods in the 1990s, in the order Legionellales was replenished by several representatives of the order Rickettsiales, three representatives of which (C. burnetii, Rickettsiella grilli and Wolbachia persica) were moved to the class Gammaproteobacteria. Analysis of the 16S rRNA gene sequence led to the reclassification of Coxiella into a separate genus of gamma-proteobacteria of the phylum Proteobacteria (now Pseudomonadota) along with the genera Legionella, Francisella and Rickettsiella with representatives of which have the greatest phylogenetic relationship. Sequencing of the 16S rRNA gene of C burnetii isolates from different geographical regions revealed only three nucleotide substitutions, indicating that the nucleotide sequences of these strains are closely related (the degree of homology is 99%), which confirms the phylogenetic uniformity of the genus Coxiella within a single species. A comparative analysis of the proteome of representatives of the order Legionellales and a phylodendrogramm constructed during the study of the main proteins of representatives of the genera Legionella, Coxiella, Acquicella and Rickettsiella (Diplorickettsia) allowed the formation of various clades confirming their monophyla. The C. burnetii genome encodes 24 similar components out of 27 involved in the pathogenesis of L. pneumophila by type IVB secretory system (type IVB secretory systems). Verification of the taxonomic position of C. burnetii is an example of the use of molecular biological methods to solve problems of taxonomy and classification of prokaryotes. It is advisable to use an integrated approach based on the application of «classical» methods of bacteriology and new molecular biological and phylogenetic methods, which will allow to obtain an objective understanding of the microorganisms associated with the human population.
Введение
Одной из основных задач медицинской микробиологи является изучение взаимодействия микроорганизмов с факторами внешней среды и живыми организмами, что актуализирует описание всего многообразия представителей микромира, ассоциированного с популяцией человека. С развитием микробиологии, как науки, изучение фенотипических признаков микроорганизмов применялось для идентификации, систематики и классификации, как в прикладном, так и в фундаментальном аспектах.
Первая попытка построения классификации бактерий, основанной на фенотипических характеристиках, главным образом на морфологии бактериальной клетки, была предпринята в конце XIX в. Cohn F. [1, 2]. В 1947 г. на 4-м Международном конгрессе по микробиологии был утвержден «Code of Bacteriological Nomenclature» [3]. Задача быстрой идентификации прокариот, базирующаяся на изучении фенотипических характеристик, решается с помощью «Bergey's Manual of Determinative Bacteriology». Вопросы систематики бактерий наиболее полно отражены в «Bergey's Manual of Systematic Bacteriology».
Со второй половины XX в. после открытия ДНК Watson J. и Crick F. (1953) и полимеразной цепной реакции Mullis K. (1983) в микробиологии наступила эра мо-
лекулярно-биологических исследований. Изучение структуры генов 16S рРНК (прокариот) и 18S рРНК (эу-кариот) позволило Woese C. провести разделение клеточных форм жизни на три царства - Archaea, Eukaria и Bacteria [4]. С 2002 г. применение комплекса молеку-лярно-биологических и филогенетических методов было рекомендовано в качестве руководящего подхода в классификации и таксономии прокариот [5, 6].
С этого времени систематика бактерий базируется на полифазном подходе, основанном на применении комплекса генотипических, фенотипических и филогенетических характеристик. Для описания не культивируемых в лабораторных условиях видов бактерий рекомендован полифазный подход, основанный на расширенной стратегии культивирования - «culturomics», позволяющей изолировать новые виды бактерий и изучить их фе-нотипические характеристики [7]. Выделенные изоляты анализируют методом MALDI-TOF масс-спектрометрии и секвенируют последовательность гена 16S рРНК [8]. Полученные нуклеотидные последовательности идентифицируют, сравнивая с депонированными в GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/) последовательностями гена 16S рРНК валидных видов и/или родов из «List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature» (LPSN), размещенных в Номенклатуре на вебсайте
Шпынов С.Н. и соавт.
(http://www.bacterio.net/index.html) и имеющих с ними ближайшую филогенетическую позицию.
В настоящее время технологии применяемых в медицинской микробиологии методов эволюционировали от световой микроскопии до метагеномного секвенирова-ния нового поколения (mNGS) с проведением комплексного анализа генетического материала микроорганизмов и хозяина-человека (ДНК и РНК).
Современные технологии позволяют улучшить наше представление об изучаемых видах прокариот, но открытие, описание и изучение фенотипических характеристик бактерий, создание условий для выделения и культивирования новых видов остается основной целью в микробиологии.
Только применение комплексного подхода, основанного на использовании «классических» методов бактериологии и молекулярно-биологических методов, позволяет получить объективную информацию о представителях окружающего микромира.
Верификация таксономической позиции Coxiella burnetii среди прокариот и перемещение представителей семейства Coxiellaceae из порядка Rickettsiales в порядок Legionellales являются примером применения комплекса молекулярно-биологических и филогенетических методов для решения подобных задач. Представление о таксономии легионелл было сформулировано после первой вспышки болезни легионеров (легионеллеза) в Филадельфии (США) в 1976 г. и выделения неизвестного ранее возбудителя тяжелых пневмоний Legionella pneumophila из легочной ткани умерших пациентов. Ситуация с C. burnetii и лихорадкой Ку как нозологической формой связана с тем, что их описание произошло на 40 лет раньше, а верификация таксономического положения семейства Coxiellaceae оказалась сложной и более длительной. Изначально классификация и таксономический статус C. burnetii были определены некорректно из-за применения подходов и методов в микробиологии в 1930-1950-е гг. Это определило «судьбу» микроорганизма и вызываемого им заболевания на полвека, традиционно включаемых в список рик-кетсий и риккетсиозов, и изучаемых риккетсиологами. Другим не менее важным событием в таксономии порядка Legionellales стала легитимизация названия таксона отдел (Phylum) Международным комитетом по систематике прокариот в феврале 2021 г. В соответствии с этим название отдела Proteobacteria было заменено на отдел Pseudomonadota [9], куда был помещен и порядок Legionellales (Legionellaceae, Coxiellaceae), статус более низких, таксонов в порядках сохранился без изменений.
В соответствии с бинарной (род/вид) латинской номенклатурой, установленной Линнеем К., каждый вид прокариотического организма включен в род [10]. Таксономические ранги нескольких уровней применяются для классификации в бактериологии. Самый высокий ранг - Домен. Все прокариотические организмы разделены на два Домена: Археи и Бактерии. Отдел, класс, порядок, семейство, род, вид и подвид являются последовательно меньшими, неперекрывающимися под-
Шпынов С.Н. и соавт.
Таблица 1. Таксономические ранги порядка Legionellales в соответствии с номенклатурой по Brenner D. и соавт. [11] и с учетом данных, опубликованных Oren A. и Garrity G. [9], в модификации авторов
Формальный ранг Formal rank Пример
Домен Domain Bacteria
Отдел Phylum Pseudomonadota
Класс Class Gammaproteobacteria
Порядок Order Legionellales
Семейство Family Legionellaceae
Род Genus Legionella
Вид Species Legionella pneumophila
Подвид Subspecies Legionella pneumophila subsp. pneumophila
множествами таксономии. Названия таксонов от класса до подвида получают официальное признание (имеют «статус в номенклатуре»). Таксономические ранги порядка Legionellales в соответствии с номенклатурой по Brenner D. и соавт. [11] и с учетом данных, опубликованных Oren A. и Garrity G. [9], в модификации авторов приведены в Таблице 1. В дополнение к этим формальным, иерархическим таксономическим категориям часто используются неформальные или субтаксономические категории, которые определяются общими описательными названиями, такие группы не имеют официального статуса в номенклатуре [11].
Эпидемиологические и микробиологические исследования, проведенные специалистами Центров США по контролю и профилактике заболеваний (CDC), позволили установить, что эпидемическую вспышку вызвала неизвестная ранее бактерия [12]. Жертвами неизвестного тяжело протекающего острого респираторного заболевания стали 220 делегатов съезда, в 34 случаях имел место летальный исход. В течение нескольких лет после этой вспышки, произошедшей в 1976 г., был установлен ее этиологический агент -L. pneumophila, заболевание получило название леги-онеллез или «болезнь легионеров». Представления о таксономии легионелл в целом были сформулированы Brenner D. и соавт. [13].
Возбудитель вспышки был выделен в новый вид L. pneumophila на основании анализа размера генома порядка 2,5 х 109, типичного для многих бактерий и вдвое превосходящего геном риккетсий; соотношения пар нуклеотидных оснований Г + Ц 39% и отрицательных результатов гибридизации ДНК с более 50 видами микроорганизмов с близкими фенотипическими характеристиками и аналогичным содержанием гуанина и цитозина. Эти результаты позволили в 1978 г. обосновать выделение нового семейства в таксономии бактерий - семейства Legionellaceae, род Legionella genus nova и первоначально единственный вид L. pneumophila. В основу дальнейшей классификации легионелл был положен прогрессивный в то время метод гибридизации
ДНК. В 1983 г. род Legionella насчитывал уже 10 видов, а вид L. pneumophila - 8 серогрупп [14].
В дальнейшем стало очевидным, что представителей рода Legionella легко идентифицировать фенотипи-чески на основании их способности к росту на среде BCYEa и неспособности к росту на аналогичной среде без L-цистеина и растворимого пирофосфата железа. Дальнейшая идентификация принадлежности штаммов легионелл к видам и серогруппам осуществлялась серологически с помощью гипериммунных кроличьих сывороток [15].
Метод гибридизации ДНК в сочетании с серотипи-рованием позволил в итоге определить существование в природе не менее 70 видов легионелл, большая часть которых не имеет значения для инфекционной патологии человека. Помимо вида L. pneumophila не более 5-6 видов можно рассматривать в качестве оппортунистических возбудителей пневмоний, а вид L. longbeachae эндемичен для Австралии. Вид L. pneumophila насчитывает 15 серогрупп, 8 видов - по 2 серогруппы; остальные виды представлены единственной серогруппой. Отдельно выделены и так называемые «легионеллопо-добные амебные патогены (ЛАП)», не способные к росту на известных в настоящее время искусственных питательных средах и не патогенные для человека, выделение и культивирование которых возможно только в ассоциации с простейшими [16]. Филогенетический анализ с использованием 16S рРНК подтвердил принадлежность всех представителей семейства Legionellaceae к эволюционно единой группе бактерий гамма-2 подгруппы Proteobacteria [17, 18].
Кроме того, более точная идентификация многочисленных видов Legionella spp. (Fluorobacter spp.), не связанных с инфекционной патологией человека, не всегда целесообразна и осуществляется в настоящее время только с помощью секвенирования (SBT протокол для типирования non-pneumophila spp.) [19]. Наконец, вид L. pneumophila существенно отличается от остальных представителей семейства Legionellaceae не только по ведущей роли в этиологии пневмоний, но и по серологической (15 серогрупп, 8 субгрупп внутри первой се-рогруппы) и генетической (степень гибридизации внутри вида не менее 70%, тогда как для других видов легионелл - более 90%) гетерогенности. По этим характеристикам вид L. pneumophila в большей степени соответствовал бы роду, внутри которого возможна более тонкая внутриродовая дифференциация штаммов Legionella spp. с учетом не только результатов гибридизации ДНК и серотипирования поликлональными сыворотками, но и по более современным данным сиквенс-ти-пирования.
Несмотря на то, что описание C. burnetii и лихорадки Ку, как нозологической формы произошло значительно раньше, чем L. pneumophila и болезни легионеров, верификация таксономической позиции семейства Coxiellaceae была осуществлена спустя более полувека. Так как изначально классификация и таксономический статус C. burnetii были определены некорректно
на основании изучения только фенотипических характеристик, что поспособствовало включению C. burnetii в порядок Rickettsiales. Впервые на своеобразное лихорадочное заболевание, поражающее в основном работников скотобоен, обратили внимание в 1933 г. в Австралии в г. Брисбен (штат Квинсленд). В 19351937 гг. Derrick E. дал подробное описание клинических проявлений и присвоил им название лихорадка Ку (от английского слова query - неясный, неопределенный), подчеркивая тем самым неясную природу болезни [20]. В 1937 г. Burnet F. и Freeman M. удалось выделить и изучить возбудителя лихорадки Ку, который был отнесен к риккетсиям нового вида. По предложению Derrick E. выделенный возбудитель был назван Rickettsia burnetii [20]. В 1938 г. в США Davis G. и Cox H., исследуя ик-содовых клещей Dermacentor andersoni, выделили фильтрующийся патогенный агент, оказавшийся идентичным R. burnetii. Экологическая связь с клещами и культивирование только на развивающихся куриных эмбрионах и культуре клеток определила некорректную таксономическую позицию и классификацию C. burnetii вместе с риккетсиями. В 1948 г. Philip C. отнес возбудителя лихорадки Ку к самостоятельному роду коксиелл (в честь Кокса - Cox) и назвал его Coxiella burnetii. Начиная с одной из первых классификаций коксиелл, предложенной Pinkerton H. в 1936 г. [21], этот микроорганизм был отнесен к риккетсиям нового семейства бактерий Rickettsiaceae, как R. burnetii - возбудитель Q-лихорадки, образующий фильтрующиеся формы, заняв четвертую позицию из шести видов. Philip C. в 1943 г. в роде Rickettsia (da Rocha-Lima H., 1916) выделил один из трех подродов: Coxiella nov. группа Q-лихорадки, вид: R. burnetii (Derrick E., 1939) возбудитель Q-лихорадки. Классификация риккетсий и риккетсиозов, предложенная Здродовским П. и Голиневич Е. [22], позволила выделить среди 6 групп риккетсиозов отдельную четвертую группу - «Группу пневмотропных риккетсиозов (Группа Q-лихорадки)». К ней были отнесены выявленные в Австралии, Америке и Европе риккетсиозные заболевания, нередко с характерными поражениями легких, близкие с возбудителем R. burnetii и его разновидностями рода Coxiella (Philip C., 1943), которые в отличие от описанных выше риккетсиозов характеризовались отсутствием сыпи и отрицательной реакцией Вейля-Феликса. Заболевания были выделены в особую группу Q-лихорадка (Rickettsiosis Q. s. Pneumorickettsiosis) (Derrick E., 1937). Возбудитель заболевания - R. burnetii (Derrick E., 1939), синониы - R. diaporica (Сох H., 1939), C. burnetii (Philip C., 1943). Локализация и тип размножения возбудителя: в цитоплазме, умеренное размножение. Особые свойства возбудителя: образует фильтрующиеся формы как стадию развития (Сох H., 1939). Гистопатология: у лабораторных животных выраженный ретикуло-эндотелиоз и нерезкие формы васкулита. Переносчики: многие виды иксодовых, некоторые виды аргасовых и гамазовых клещей. Резервуар: 1) преимущественно иксодовые, а также, некоторые виды аргасо-вых и гамазовых клещей при наличии трансовариальной
Шпынов С.Н. и соавт.
-Pseudomonas aeruginosa
— Balneatrix alpica
-Acinetobacter baumannii
Escherichia coli
-Haemophilus influenzae
-Francisella tularensis subsp. tularensis
Coxiella burnetii
-■ Legionella pneumophila subsp. fraseri
-Stenotrophomonas maltophllia
Burkholderia cepacia Bordetella pertussis Neisseria meningitidis Kingella kingae
57'-Eikenella corrodens
ippr Rickettsia conorii — Rickettsia prowazekii
-Orientia tsutsugamushi
-Ehrlichia chaffeensis
100 Bartonella henselae '— Bartonella quintana Afipia felis -Methylobacterium sp.BFI 0
—Helicobacter pylori (isolate MC903)
-Campylobacter fetus subsp. fetus
-Mycobacterium tuberculosis
-Mycobacterium leprae
Рисунок 1. Дендрограмма, основанная на сравнении
последовательности гена 16S рРНК Coxiella burnetii с другими протеобактериями [28]
инфекции; 2) многие виды диких животных (в частности мыши, крысы, песчанки, суслики, зайцы, бандикоты и др.) и некоторые виды диких птиц; 3) домашние животные в основном коровы, овцы и козы, а также лошади, ослы, мулы и др., вероятно, и домашние птицы. Общий характер заболевания: доброкачественное лихорадочное заболевание без сыпи, нередко с поражением легких. Распространение: почти повсеместно, особенно в районах животноводства.
Таким образом, C. burnetii является этиологическим агентом лихорадки Ку - уникального заболевания, традиционно включаемого в список риккетсиозов, и изучаемая риккетсиологами [23]. Этому способствовало первое выделение C. burnetii из клещей, его облигат-ный внутриклеточный паразитизм, а также культивирование в развивающихся куриных эмбрионах и культуре клеток, что послужило к первоначальной классификации данного микроорганизма в а-1 подраздел Proteobacteria в семейство Rickettsiaceae в трибу Rickettsiae (устаревшее название ранга) наряду с родами Rickettsia и Rochalimaea [24].
Применение комплекса молекулярно-биологических методов (ПЦР-секвенирование), в особенности при изучении гена 16S рРНК [25], обосновало изменения таксономической классификации внутриклеточных бактерий, классификация которых была построена на ограниченном количестве фенотипических критериев. Применение передовых молекулярных технологий произвело революцию в изучении генов и генома и позволило представить филогенетическую позицию изучаемых объектов.
В результате этого порядок Legionellales пополнился за счет представителей порядка Rickettsiales, однако реклассификация коснулась некоторых представляющих его родов, не говоря об изменениях, коснувшихся таксономии отдельных видов протеобакте-рий. Первоначально три представителя этого порядка (C. burnetii, Rickettsiella grilli и Wolbachia persica) были перемещены в класс Gammaproteobacteria [25, 26].
Анализ последовательности гена 16S рРНК привел к реклассификации Coxiella в отдельный род Y-подраздела Proteobacteria с родами Legionella, Francisella и Rickettsiella, с представителями которых имеет наибольшее филогенетическое родство [25]. Секвенирование гена 16S рРНК шести изолятов C. burnetii из разных географических регионов выявило только три замены оснований, указывая на то, что нуклеотидные последовательности этих штаммов являются близкородственными (степень гомологии 99%), что подтверждает филогенетическую однородность рода Coxiella в рамках одного вида [27]. Кроме того, филогенетический анализ показал, что C. burnetii имеет общую линию происхождения с родом Legionella и R. grylli [26].
Проведенный филогенетический анализ гена 16S рРНК C. burnetii и других представителей отдела Proteobacteria (Pseudomonadota) продемонстрировал образование двух ветвей, сформированных представителями Gammaproteobacteria (верхняя ветвь) и Alphaproteobacteria (нижняя ветвь) [28] (Рисунок 1). На полученной дендрограмме было хорошо продемонстрировано, что C. burnetii наиболее близка с L. pneumophila (порядок Legionellales) и Francisella tularensis представителями класса Gammaproteobacteria. При этом представители родов Rickettsia, Orientia и Ehrlichia из порядка Rickettsiales заняли в ветви образованной Alphaproteobacteria очень дистанцированную позицию по отношению C. burnetii.
К настоящему времени порядок Legionellales включает ряд грамотрицательных палочковидных внутриклеточных бактерий, содержащих несколько микроорганизмов, имеющих важное клиническое значение [29-32]. За исключением синонимов, порядок Legionellales содержит четыре официально опубликованных наименования родов (https://lpsn.dsmz.de/order/legionellales): Aquicella, Coxiella, Legionella и Rickettsiella (Diplorickettsia), представители которых существуют в паразитических взаимоотношениях с различными клетками своих хозяев эукариот, включая крупный и мелкий рогатый скот, и клещей, которые также могут служить путями инфицирования человека и распространения болезней [29, 30, 33, 34]. Большинство видов из порядка Legionellales имеют некоторые общие биохимические и функциональные характеристики, такие как их внутриклеточные жизненные циклы, пути синтеза витамина группы В и гены, кодирующие белки, которые являются частью секреторной системы IV типа (T4SS), которая играет важную роль в инфицировании хозяев и патогенезе инфекции [29, 30, 33]. Из имеющих клиническое значение видов, входящих в этот порядок, L. pneumophila является воз-
Шпынов С.Н. и соавт.
«Candidatus Berkiella»
Rickettsiella
^Candidatus Berkiella aquae HT99» — «Candidatus Berkiella cookevillensis CC99» _
-Diplorickettsia massiliensls 20B
Rickettsiella gtylli
- «Candidatus Rickettsiella isopodorum RCFS»
- «Caxiellaceae bacterium RA]5029* «Candidatus Rickettsiella viridis Ap-RA04»
- Aquicella siphonis SGT-108 Aquicella lusitana DSM 16500 Coxiella burnetii 3262&
00- «Coxiella endosymbiont ofAmblyomma americanum»
«Coxiella endosymbiont ofAmblyomma sculptum CeAS-UFV» Zandidatus Coxiella mudrowiae CRt»
«Coxiella endosymbiont of Rhipicephalus mlcroplus CtE-RmD» 100 «Coxiella-like endosymbiont C1ERM» - Coxiella sp. RIFCSPHIGH02 12 FUU. 42 15
Aquicella
- Coxiella sp. DG 40
Coxiella
Coxiellaceae
- «Legionella endosymbiont of Polyplax seirata PzAG»
100
- Legionella geestiana ATCC 49504
- Legionella lansingensis NCTC12830
- Legionella joidanls BL-540 «Legionella clemsonensis CDC-D5610»
«Legionella jamestowniensisJA-26-G1-E2»
- Legionella hackeliae ATCC 35250
- Legionella brunensis ATCC 43878
- Legionella micdodei ATCC33218'
- Legionella maceachemil ATCC35300*
- Legionella nautarum ATCC 49506
- Legionella drazanskii LLAP-1 strain ATCC700990 Legionella masslliensis LegA
- Legionella fairfieldensls ATCC 49588
- Legionella tunisiensis LegM
- Legionella feeleii WO-44C
)0 r—Legionella qulnlivanii CDC 1442-AUS-E L Legionella birminghamensis CDC 1407-AL-14
-Legionella beliardensis NCTC13315&
10 Legionella rubrilucens WA-270A-C2 0 Legionella taurinensis Genessee04# T" Legionella erythra SE-32A-C8
- Legionella spiritensis NCTC11990 0 r Legionella moravica ATCC 43877
^ Legionella quateirensis ATCC 49507 '— Legionella worsleiensis ATCC49508 '— Legionella shakespearel ATCC49655 )0|— Legionella norrlandica LEGN
Legionella pneumophila sir. Philadelphia 1 "-Legionella waltersii NCTC 13017*
- Legionella fallonll LLAP-10 10q Legionella rowbothamii LIAP6
Legionella saoudiensis LH-SWC# Legionella drancourtu LIAP12 sef 55
- Legionella wadsworthii ATCC 33877 Legionella bozemanae WIGA** Legionella parisiensls PF-209-C-C2 Legionella tucsonensis ATCC 49180 Legionella anlsa UMCG 3A# Legionella gormanii LS-13** Legionella steigerwaltil SC-18-C9 Legionella steelei IMVS3376
mh Legionella cherrii ORW Too] L Legionella dumoffii NY23
- Legionella gratiana Lyon 8420412 r Legionella santicrucis SC-63-C7 L Legionella cincinnatlensis CDC 72-OH-140 r Legionella longbeachae NCW150 ■ Legionella sainthelensi IA01-117# Legionella israelensis Bercovier 4
Legionella nagasakiensisJCM 15315 Legionella oakridgensis ATCC 33761 Legionella impletisoli OAI-1 Legionella yabuuchae OAI-2 Legionella londiniensis ATCC 49505 Legionella adelaidensis strain 1762-Aus-E
Legionella
- Nitrosococcus oceani ATCC 19707
-Polaromonas vacuolata KCTC 22033
X)-Alealigens faecalls DSM 30030
Outgroups
будителем болезни легионеров [30], тогда как C. burnetii ответственна за лихорадку Ку (коксиеллёз), которая имеет гриппопо-добные симптомы и распространяются через контаминированные аэрозоли [29]. Помимо L. pneumophila, род Legionella, содержит более 20 других видов, которые могут заражать человека [30, 32, 33, 35, 36]. Diplorickettsia massiliensis недавно была позиционирована в качестве патогена человека [37]. Риккетсиеллы были в основном обнаружены у членистоногих, в то время как виды из рода Aquicella (Aquicella lusitana, Aquicella siphonis) были выделены из пресноводных амёб [29, 33, 38]. Представители порядка Legionellales широко распространены по всему земному шару, и их экология обычно связана с водной средой [33, 36, 39].
Секвенирование генома C. burnetii позволило выявить три секреторные системы: секреторную систему I типа (T1SS), T2SS-подобный механизмом биогенеза пи-лий и T4SS [40]. Для изучения роли T1SS и T2SS в патогенезе C. burnetii в качестве суррогатного хозяина была использована L. pneumophila для экспрессии предполагаемых эффекторов C. burnetii T4SS. Было установлено, что геном C. burnetii кодирует 24 аналогичных компонентов из 27 задействованных в патогенезе L. pneumophila по IVB типу секреторной системы (type IVB secretion systems). Исследования с использованием L. pneumophila идентифицировали подкомплекс основного транспортного комплекса, который связывает внутреннюю и внешнюю мембраны. Изучение степени гомологии между T4SS C. burnetii и L. pneumophila позволило in silico идентифицировать 354 кандидата эффекторов Coxiella [40]. Таким образом в отношении молекулярного патогенеза C. burnetii и L. pneumophila демонстрируют выраженное сходство механизмов взаимодействия с клеткой хозяина.
Порядок Legionellales включает в себя два семейства: Legionellaceae и Coxiellaceae [29]. Семейство Legionella-
Рисунок 2. Филогенетическое древо, построенное с применением метода максимального подобия (maximum likelihood) представителей порядка Legionellales, основанное на анализе 393 единичных копий белков, общих для геномов видов из порядка Legionellales и видов внешней группы (outgroup) [48]. Значения бутстреп указаны в каждом узле ветви.
Виды, обозначенные символами «*» и «**», альтернативно известны как Tatlockia и Fluoribacter соответственно. Древо было укоренено с использованием последовательностей видов Alcaligenes faecalis, Nitrosococcus oceani и Polaromonas vacuolata. Неопубликованные виды указаны в «кавычках», нетипичные штаммы обозначены символом «#». Клады, обсуждаемые в данном исследовании, выделены жирным шрифтом и заключены в квадратные скобки. Шкала представляет собой 0,05 изменения на позицию аминокислоты.
Шпынов С.Н. и соавт.
ceae в настоящее время состоит из единственного рода Legionella, включающего 61 достоверно описанный вид и 3 подвида [34]. Три других рода, а именно: Fluoribacter, Sarcobium и Tatlockia, которые ранее были частью семейства Legionellaceae [41], теперь рассматриваются как синонимы названия рода Legionella [30, 42, 43]. Представители других валидно опубликованных названий родов в составе порядка Legionelales: Aquicella, Coxiella, Diplorickettsia и Rickettsiella относятся к семейству Coxiellaceae [29, 33]. C. burnetii и R. grylli первоначально были отнесены к порядку Rickettsiales, но филогенетический анализ гена 16S рРНК [44] и генов системы dot/icm (dotA, icmB, icmQ и др.), продемонстрировал филогенетическое родство этих видов с семейством Legionellaceae [29, 45]. Эти четыре рода с валидно опубликованными названиями в семействе Coxiellaceae содержат всего 7-8 видов и несколько кандидатов в новые виды (Candidatus spp.) [33, 39]. Представители этих родов также являются внутриклеточными паразитами, которые заражают членистоногих, жвачных животных, амёб, а также человека, как в случае C. burnetii [29, 33, 39]. В дополнение к этим официально опубликованным родам были также выдвинуты предложения по родам «Aquirickettsiella» и «Aquaricettsiella», «Cochliophilus», «Occultobacter» и «Nucleophilum», включающие некуль-тивируемые виды, ассоциированные с хозяевами морскими амёбами [33, 46]. Однако филогенетические взаимоотношения этих новых родов неизвестны в основном из-за небольшого количества изолятов и отсутствия секвенированных геномов. Предлагается выделить род «Candidatus Berkiella» в отдельную линию, отличную от семейства Coxiellaceae, но их размещение в пределах порядка Legionellales или их родство с другими семействами этого порядка остается неясным [33, 39, 46]. Представители порядка Legionellales, различные семейства и рода, входящие в него, в настоящее время дифференцируются друг от друга и других таксонов прокариот на основе их группирования при проведении филогенетического анализа гена 16S рРНК, а также в некоторых случаях, филогенетических деревьев, основанных на последовательностях других генов/белков [29, 30, 33, 39, 47].
К настоящему времени, достаточно объективно таксономия, классификация и эволюционные связи представителей порядка Legionellales отражены в филогенетической схеме (древе), построенной при изучении геномов 73 видов, охватывающих 90% известных представителей различных родов этого порядка (Рисунок 2) [48].
Детальный филогенетический и сравнительный анализ белков в 73 геномах, позволил сконструировать филогенетическое древо на основании 393 белков с одной копией, являющихся общими для представителей порядка Legionellales, чтобы установить филогенетические и эволюционные взаимоотношения. Проведен сравнительный анализ протеома представителей порядка Legionellales, основанный на идентификации новых молекулярных маркеров - сохраненных сигнатурных вставок и делеций в белковых последовательностях (CSI), специ-
Шпынов С.Н. и соавт.
фичных для различных кладов и родов. В филогенетическом древе и в матрице идентификации аминокислот, построенных на анализе основных белков, представителей родов Acquicella, Coxiella, Legionella и Rickettsiella сформировались различные клады, подтверждающие их мо-нофилию (Рисунок 3). D. massiliensis продемонстрировала близкое родство с представителями рода Rickettsiella. Результаты сравнительного геномного анализа позволили выявить 59 высокоспецифичных молекулярных маркеров, состоящих из CSI в различных белках, которые уникально распределяются между разными представителями этого порядка. Четыре CSI специфичны для всех видов Legionellales, за исключением двух видов «Candidatus Berkiella» с более глубокими эволюционными ветвями, позволяющие идентифицировать представителей этого порядка на основании данных молекулярных критериев. 24, 7 и 6 CSI являются уникальными и присущими только представителям родов Legionella, Coxiella и Aquicella, соответственно, идентифицирующие данные рода по молекулярным критериям. Установлены 12 CSI, которые уникальны и присущи D. massiliensis и различным представителям рода Rickettsiella, которые позволили предложить объединить рода Diplorickettsia с Rickettsiella. Три других CSI предполагают, что представители родов Coxiella и Rickettsiella имели общего предка, в отличие от других представителей порядка.
В правилах Международного кодекса номенклатуры прокариот (2008 г.) [49] до недавнего времени не был валидно описан статус наименования одного из самых высоких таксонов - ранга Отдел. После публикации предложений о включении ранга Отдел в правила ICNP [50, 51] члены Международного комитета по систематике прокариот (ICSP) проголосовали по этим предложениям в феврале 2021 г. [9]. Большинство членов ICSP, принявших в этом участие, поддержали включение ранга отдел (Phylum) согласно правилам ICNP с использованием окончания - «ota» в названии каждого Отдела, которые должны основываться на названии типового (впервые валидно опубликованного названия) рода в качестве названия его номенклатурного типа. В соответствии с новыми требованиями, название отдела Proteobacteria было заменено на Pseudomonadota, при этом статус и названия всех остальных более низких таксонов, включая порядок, сохранились без изменений (Таблица 1).
В настоящее время обновленный валидный номенклатурный и таксономический статус имеют 8 из 11 названий заявленных классов из отдела Pseudomonadota, в соответствии с новой схемой таксономии, предложенной Oren A. и Garrity G. [9]. Информация о них размещена в LPSN на вебсайте (https://lpsn.dsmz.de/phylum/ pseudomonadota) в соответствии с требованиями ICNP.
Обновленный валидный номенклатурный и таксономический статус имеют 18 из 27 заявленных названий порядков из класса Gammaproteobacteria. Информация о них размещена на ресурсах LPSN на веб-сайте (https:// lpsn.dsmz.de/class/gammaproteobacteria) в соответствии с требованиями ICNP.
Рисунок 3. Реконструкция таксономической схемы и филогения представителей порядка Legionellales, основанные на данных «Bergey's manual of systematic bacteriology» [49], данных опубликованных Oren A. и Garrity G. [9], данных «List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature» (https://lpsn.dsmz. de/order/legionellales), и филогенетического древа, построенного при анализе белков, общих для геномов Legionellales [48], в модификации авторов
Необходимо учитывать, что филогенетические взаимоотношения представителей порядка Legionellales внутри таксонов, семейство и род более объективно представлены на дендрограмме (Рисунок 2), полученной Saini N. и Gupta R. [48], с учетом недавно опубликованного ненадлежащим образом наименованного микроорганизма кандидата в новый вид «Candidatus Berkiella», генотипированного в пресноводных амебах [46].
Учитывая изменения произошедшее в таксономии прокариот [9], данные «Bergey's manual of systematic bacteriology» [45], информацию, представленную на ресурсах LPSN (https://lpsn.dsmz.de/order/legionellales) и
филогенетического древа, построенного при анализе белков общих для геномов представителей порядка Legionellales [48], авторами осуществлена реконструкция таксономической схемы (Рисунок 3) и филогенетических взаимоотношений представителей этого порядка дающие представление о классификации и таксономии представленной группы бактерий.
Заключение
Данные, полученные с применением молекуляр-но-биологических методов, продемонстрировали, что в настоящее время порядок Legionellales включает два семейства Legionellaceae и Coxiellaceae, которые имеют валидный номенклатурный и таксономический статус.
Семейство Legionellaceae (https://lpsn.dsmz.de/ family/legionellaceae), как и прежде включает один род Legionella. Это валидное наименование (имя) рода в соответствии с данными LPSN имеет три синонима (Fluoribacter, Sarcobium и Tatlockia). Представители рода Legionella являются наиболее полно изученными и описанными к настоящему времени в порядке Legionellales. Из 72 видов рода Legionella большинство (66 видов) имеют валидные наименования, опубликованные в соответствии с требованиями ICNP и определяющие их номенклатурный и таксономический статус.
В семейство Coxiellaceae входит 3 рода (Aquicella, Coxiella и Rickettsiella) с названиями, официально опубликованными в соответствии с требованиями ICNP, термин Diplorickettsia является синонимом наименования рода Rickettsiella. Только один представитель рода Coxiella наиболее полно изученный, представленный надлежащим образом и опубликованный в соответствии с требованиями ICNP, имеет валидное наименование, легитимный номенклатурный и таксономический статус, это вид Coxiella burnetii. В роде Aquicella представлены два описанных вида с валидными названиями A. lusitana и A. siphonis. В номенклатуре рода Rickettsiella названия только пяти видов являются валидными - R. grylli, R. chironomi, R. massiliensis, R. popilliae и R. stethorae.
Литература
1. Cohn F. «Neue Untersuchungen über Bacterien», Bonn, 1872.
2. Schleifer K.H. Classification of Bacteria and Archaea: past, present and future. Syst Appl Microbiol. 2009;32:533-542. DOI: 10.1016/j.syapm.2009.09.002
3. Stackebrandt E. Forces shaping bacterial systematics. Microbe. 2007;2:283-288.
4. Woese C.R., Kandler O., Wheelis M.L. Evolution towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. Proc Natl Acad Sci USA. 1990;87(12):4576-4579. DOI: 10.1073/ pnas.87.12.4576
5. Stackebrandt E., Frederiksen W., Garrity G.M., Grimont P.A.D., Kämpfer P., Maiden M.C.J., et al. Report of the ad hoc committee for the re-evaluation of the species definition in bacteriology. Int J Syst Evol Microbiol. 2002;52:1043-1047. DOI: 10.1099/00207713-52-31043
6. Rossello-Mora R. Updating prokaryotic taxonomy. J Bacteriol. 2005;187:6255-6257. DOI: 10.1128/ JB.187.18.6255-6257.2005
7. Lagier J.C., Armougom F., Million M., Hugon P., Pagnier I., Robert C., et al. Microbial culturomics: paradigm shift in the human gut microbiome study. Clin Microbiol Infect.
IXInbiHOB C.H. u coaBT.
2012;18(12):1 185-1 193. DOI: 10.1111/14690691.12023
8. Seng P., Drancourt M., Gouriet F., La Scola B., Fournier P.E., Rolain J.M., Raoult D. Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. Clin Infect Dis. 2009;49:543-551. DOI: 10.1086/600885
9. Oren A., Garrity G.M. Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes. Int J Syst Evol Microbiol. 2021;71(10). DOI: 10.1099/ijsem.0.005056
10. Systema naturae sive regna tria naturae systematice proposita per classes, ordines, genera, & species. Lugduni Batavorum [Leyden]: apud Theodorum Haak, 1735.
11. Brenner D.J., Krieg N.R., Staley J.T. Introductory Essays. George M. Garrity. 2nd. New York: Springer, 2005. Vol. 2A.
12. McDade J.E., Shepard C.C., Fraser D.M. Legionnaires Disease. Isolation of bacterium and demonstration of its role in other respiratory disease. N Engl J Med. 1977;297:1197-1203. DOI: 10.1056/NEJM197712012972202
13. Brenner D.J., Streigerwait A., McDade J.E. Classification of the Legionnaires Disease bacterium: Legionella pneumophila, genus novum, species nova of the family Legionellaceae, familia nova. Ann Intern Med. 1979;90:656-658. DOI: 10.7326/0003-4819-90-4-
656
14. Brenner D.J. Classification of Legionellae. In: "Legionella" Proc. Of the 2nd. Intern. Symp., 1983:55-60.
15. Balows A., Brenner D.J. (1981) The genus Legionella. In: Starr M.P., Stolp H., Trüper H.G., Balows A., Schlegel H.G. (eds) The prokaryotes. Springer, Berlin Heidelberg New York, pp 1091-1101.
16. Adeleke A., Pruckler J., Benson R., Rowbotham T., Halablab M., Fields B. Legionella-like amebal pathogens -phylogenetic status and possible role in respiratory disease. Emerg Infect Dis. 1996;2(3):225-230. DOI: 10.3201/ eid0203.960311
17. Ludwig W., Stackerbrandt E. A phylogenetic analysis of Legionella. Arch Microbiol. 1983;135(1):45-50. DOI: 10.1007/BF00419481
18. Benson R., Fields B. Classification of the genus Legionella. Semin Resp Infect. 1998;13:90-99. PMID: 9643386.
19. Gaia V., Fry N. K., Afshar B., Lück P.C., Meugnier H., Etienne J., et al. Consensus sequence-based scheme for epidemiological typing of clinical and environmental isolates of Legionella pneumophila. J Clin Microbiol. 2005,43(5):2047-2052. DOI: 10.1128/ JCM.43.5.2047-2052.2005
20. Derrick E.H. Rickettsia burneti: the cause of Q-fever. Med J Aust. 1939;1:14. DOI: 10.5694/j.1326-5377.1939. tb98379.x
21. Pinkerton H. Criteria for the accurate classification of rickettsial diseases. Parasitology. 1936;28:172-189. DOI: 10.1017/S003118200002237X
22. Zdrodovskii P.F., Golinevich H.M. The rickettsial diseases. London: Pergamon Press; 1960.
23. Eremeeva M.E., Shpynov S.N., Tokarevich N.K. Modern
approaches to laboratory diagnosis of rickettsial diseases. Infection and immunity. 2014;4(2):113-134. Russian. (Еремеева М.Е., Шпынов С.Н., Токаревич Н.К. Современные подходы к лабораторной диагностике риккет-сиозов. Инфекция и иммунитет. 2014;4(2):113-134.)
24. Maurin M., Raoult D. Q fever. Clin Microbiol Rev. 1999;12(4):518-553. DOI: 10.1128/CMR.12.4.518
25. Weisburg W.G., Dobson M.E., Samuel J.E., Dasch G.A., Mallavia L.P., Baca O., et al. Phylogenetic diversity of the Rickettsiae. J Bacteriol. 1989;171(8):4202-4206. DOI: 10.1128/jb.171.8.4202-4206.1989
26. Roux V., Rydkina E., Eremeeva M., Raoult D. Citrate synthase gene comparison, a new tool for phylogenetic analysis, and its application for the rickettsiae. Int J Syst Bacteriol.
1997;47(2):252-261. DOI: 10.1099/00207713-47-2252
27. Stein A., Raoult D. Lack of pathotype specific gene in human Coxiella burnetii isolates. Microb Pathog. 1993;15(3):177-185. DOI: 10.1006/mpat.1993.1068
28. Drancourt M., Raoult D. Coxiella. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria. 2015. DOI: 10.1002/9781118960608.gbm01176
29. Lory S. (2014a) The family Coxiellaceae. In: Rosenberg E., Delong E., Lory S., Stackebrandt E., Tsao H.F. (eds) The prokaryotes: gammaproteobacteria. Springer, Berlin,
PP
197-198.
30.
Lory S. (2014b) The family Legionellaceae. In: Rosenberg E., Delong E., Lory S., Stackebrandt E., Thompson F. (eds) The prokaryotes: gammaproteobacteria. Springer, Berlin, pp. 387-389.
31. Winn W.C. (2015) Legionella. In: Whitman W.B., DeVos P., Dedysh S., Hedlund B., Kampfer P., Rainey F., Trujillo M.E., Bowman J.P., Brown D.R., Glockner F., Oren A., Paster B.J., Wade W., Ward N., Busse H.-J., Reysenbach A.-L. (eds) Bergey's Manual of systematics of archaea and bacteria, online. Wiley, Hoboken, pp .1-44.
32. Buysse M., Duron O. Two novel Rickettsia species of soft ticks in North Africa: 'Candidatus Rickettsia africas eptentrionalis' and 'Candidatus Rickettsia mauretanica'. Ticks Tick Borne Dis. 2020;11(3):101376. DOI: 10.1016/j.ttbdis.2020.101376
33. Duron O., Doublet P., Vavre F., Bouchon D. The importance of revisiting legionellales diversity. Trends Parasitol. 2018;34(12):1027-1037. DOI: 10.1016/j. pt.2018.09.008
34. Parte A.C. LPSN - the list of prokaryotic names with standing in nomenclature. Int J Syst Evol Microbiol. 2018;68:1825-1829. DOI: 10.1099/ijsem.0.002786
35. Cordevant C., Tang J.S., Cleland D., Lange M. Characterization of members of the Legionellaceae family by automated ribotyping. J Clin Microbiol. 2003;41(1):34-43. DOI: 10.1128/JCM.41.1.34-43.2003
36. Khodr A., Kay E., Gomez-Valero L., Ginevra C., Doublet P., Buchrieser C., et al Molecular epidemiology, phylogeny and evolution of Legionella. Infect Genet Evol. 2016;43:108-122. DOI: 10.1016/j.meegid.2016.04.033
37. Subramanian G., Mediannikov O., Angelakis E., Socolovschi C., Kaplanski G., Martzolff L., et al.
Шпынов С.Н. и соавт.
Diplorickettsia massiliensis as a human pathogen. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2012;31:365-369. DOI: 10.1007/ s10096-011 -1318-7
38. Santos P., Pinhal I., Rainey F.A., Empadinhas N., Costa J., Fields B., et al Gamma-proteobacteria Aquicella lusitana gen. nov., sp. nov., and Aquicella siphonis sp. nov. infect protozoa and require activated charcoal for growth in laboratory media. Appl Environ Microbiol. 2003;69:6533-6540. DOI: 10.1128/AEM.69.11.6533-6540.2003
39. Graells T., Ishak H., Larsson M., Guy L. The all-intracellular order Legionellales is unexpectedly diverse, globally distributed and lowly abundant. FEMS Microbiol Ecol. 2022;98(12):fiy185. DOI: 10.1093/femsle/fiy185
40. van Schaik E.J., Chen C., Mertens K., Weber M.M., Samuel J.E. Molecular pathogenesis of the obligate intracellular bacterium Coxiella burnetii. Nat Rev Microbiol. 2013;11(8):561 -573. DOI: 10.1038/nrmicro3049
41. Garrity G.M., Brown A., Vickers R.M. Tatlockia and Fluoribacter: two new genera of organisms resembling Legionella pneumophila. Int J Syst Evol Microbiol. 1980;30:609-614. DOI: 10.1099/00207713-30-4609
42. Fry N.K., Warwick S., Saunders N.A., Embley T.M. The use of 16S ribosomal RNA analyses to investigate the phylogeny of the family Legionellaceae. J Gen Microbiol. 1991;137:1215-1222. DOI: 10.1099/00221287-1375-1215
43. Hookey J.V., Saunders N.A., Fry N.K., Birtles R.J., Harrison T.G. Phylogeny of Legionellaceae based on small-subunit ribosomal DNA sequences and proposal of Legionella lytica comb. nov. for Legionella-like ameobal pathogens. Int J Syst Evol Microbiol. 1996;46:526-531. DOI: 10.1099/00207713-46-2-526
44. Frutos R., Federici B.A., Revet B., Bergoin M. Taxonomic studies of Rickettsiella, Rickettsia, and Chlamydia using genomic DNA. J Invertebr Pathol. 1994;63:294-300. DOI: 10.1006/jipa.1994.1054
45. Garrity G.M., Bell J.A., Lilburn T. Legionellales ord. nov. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria. 2015;210-247. DOI: 10.1007/0-387-28022-7_6
46. Mehari Y.T., Jason Hayes B., Redding K.S., Mariappan P.V.G., Gunderson J.H., Farone A.L., et al. Description of 'Candidatus Berkiella aquae' and 'Candidatus Berkiella cookevillensis', two intranuclear bacteria of freshwater amoebae. Int J Syst Evol Microbiol. 2016;66:536-541. DOI: 10.1099/ijsem.0.000750
47. Hookey, J.V., Birtles R.J., Saunders N.A. Intergenic 16S rRNA gene (rDNA)-23S rDNA sequence length polymorphisms in members of the family Legionellaceae. J Clin Microbiol. 1995;33:2377-2381. DOI: 10.1128/ jcm.33.9.2377-2381.1995
48. Saini N., Gupta R. A robust phylogenetic framework for members of the order Legionellales and its main genera (Legionella, Aquicella, Coxiella and Rickettsiella) based on phylogenomic analyses and identification of molecular markers demarcating different clades. Antonie Van Leeuwenhoek. 2021;114(7):957-982. DOI: 10.1007/ s10482-021 -01569-9
49. Parker C.T., Tindall B.J., Garrity G.M. International code of nomenclature of prokaryotes - prokaryotic code (2008 revision). Int J Syst Evol Microbiol. 2019;69:S1 -S111. DOI: 10.1099/ijsem.0.000778
50. Oren A., Garrity G.M., Schink B. Proposal to change recommendation 12c of the International Code of Nomenclature of Prokaryotes. Int J Syst Evol Microbiol. 2015;65:4288. DOI: 10.1099/ijsem.0.000690
51. Whitman W.B., Oren A., Chuvochina M., da Costa M.S., Garrity G.M., Rainey F.A., et al. Proposal of the suffix -ota to denote phyla. Addendum to "Proposal to include the rank of Phylum in the International Code of Nomenclature of Prokaryotes. Int J Syst Evol Microbiol. 2018;68:967-969. DOI: 10.1099/ijsem.0.002593
Шпынов С.Н. и соавт.
