CC BY
0
RM'AX
https://cmac-journal.ru
КЛИНИЧЕСКАЯ МИКРОБИОЛОГИЯ И АНТИМИКРОБНАЯ ХИМИОТЕРАПИЯ
2024
DOI: 10.36488/cmac.2024.1.67-78
Оригинальная статья
Антибиотикорезистентность клинических изолятов Klebsiella pneumoniae и Escherichia coli в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования
Эйдельштейн М.В., Шайдуллина Э.Р., Иванчик Н.В., Дехнич А.В., Микотина А.В., Склеенова Е.Ю., Сухорукова М.В., Азизов И.С., Шек Е.А., Романов А.В., Трушин И.С., Кузьменков А.Ю., Козлов Р.С.
НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО СГМУ Минздрава России, Смоленск, Россия
Контактный адрес: Михаил Владимирович Эйдельштейн Эл. почта: mikhail.edelstein@ antibiotic.ru
Ключевые слова: Enterobacterales, Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, антибиотикорезистентность, карбапенемазы, инфекции, эпидемиология.
Конфликт интересов: авторы заявляют об отсутствии конфликтов интересов. Внешнее финансирование: исследование частично проведено при финансовой поддержке независимого медицинского гранта компании Pfizer.
Цель. Изучить распространенность устойчивости к антибиотикам и основные механизмы резистентности, включая продукцию карбапенемаз, у клинических изолятов и Klebsiella pneumoniae и Escherichia coli, выделенных в различных регионах России в рамках многоцентрового эпидемиологического исследования «МАРАФОН» в 2020-2021 гг., а также исследовать структуру популяции K. pneumoniae и роль «клонов высокого риска» в распространении антибиотикорезистентности. Материалы и методы. Были исследованы изоляты K. pneumoniae (n = 2503) и E. coli (n = 2055), выделенные от госпитализированных пациентов в 55 стационарах 29 городов России. Идентификация проводилась методом времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF MS). Чувствительность к антибиотикам определяли методом последовательных разведений в бульоне или агаре (для фос-фомицина), результаты интерпретировали согласно критериям EUCAST v13. Продукцию карбапе-немаз определяли фенотипически методом инактивации карбапенемов (CIM), наличие генов наиболее распространенных сериновых карбапенемаз (KPC, OXA-48) и металло-р-лактамаз (VIM, IMP, NDM) - методом ПЦР в реальном времени. Генотипирование K. pneumoniae проводили с помощью методов SNP-типирования и мультилокусного секвенирования-типирования (MLST). Определение К- и О-серотипов, приобретенных генов резистентности и вирулентности, а также плазмид, несущих эти гены, проводили на основании данных полногеномного секвенирования выборочных изо-лятов (n = 215).
Результаты. Устойчивость нозокомиальных/внебольничных изолятов K. pneumoniae составила: амоксициллин-клавуланат - 88,63/57,99%, пиперациллин-тазобактам - 82,92/45,49%, цефо-таксим - 87,74/56,97%, цефтазидим - 84,76/53,07%, цефепим - 81,43/49,18%, азтреонам -1,63/53,28%, цефтазидим-авибактам - 30,88/9,22%, цефтолозан-тазобактам - 70,06/31,35%, эртапенем - 72,10/28,69%, меропенем - 49,60/15,16%, имипенем - 44,54/13,73%, гентами-цин - 60,82/30,33%, амикацин - 42,06/17,21%, ципрофлоксацин - 85,10/49,39%; тримето-прим-сульфаметоксазол - 74,38/48,16%, колистин - 5,96/2,25%. Устойчивость нозокомиальных/ внебольничных изолятов E. coli составила: ампициллин - 84,93/67,67%, амоксициллин-клавула-нат - 57,37/39,73%, пиперациллин-тазобактам - 19,48/8,70%, цефотаксим - 63,83/34,19%, цефтазидим - 45,32/20,34%, цефепим - 35,95/16,61%, азтреонам - 51,78/26,11%, цефтази-дим-авибактам - 5,71/0,80%, цефтолозан-тазобактам - 11,95/2,22%, эртапенем - 8,18/1,42%, меропенем - 5,17/0,53%, имипенем - 4,95/0,36%, гентамицин - 24,54/13,68%, амикацин -5,49/1,42%, ципрофлоксацин - 54,14/32,50%, триметоприм-сульфаметоксазол - 52,21/38,54%, фосфомицин - 2,48/1,43%, колистин - 1,60/1,07%, тигециклин - 6,35/3,11%. Частота продукции карбапенемаз среди нозокомиальных изолятов K. pneumoniae составила 65,32% (OXA-48 -40,75%, NDM - 30,28%, KPC - 8,74%, OXA-48 + NDM - 10,62%, OXA-48 + KPC - 2,98%, NDM + KPC - 0,45%, OXA-48 + NDM + KPC - 0,20%). Более 70% нозокомиальных изолятов K. pneumoniae принадлежали всего к 7 основным генетическим линиям, известным как «международные клоны высокого риска»: CC395 - 37,40%, CC23 - 9,59%, CC307 - 8,64%, CC147 - 7,61%, CC15 - 2,95%, CC258 - 2,92% и CC11 - 2,41%. Внебольничная популяция K. pneumoniae характеризовалась значительно большим генетическим разнообразием (индекс разнообразия Симпсона: D = 0,919; 95% ДИ: 0,904 - 0,933) по сравнению с популяцией госпитальных штаммов (индекс разнообразия Симпсона: D = 0,815; 95% ДИ: 0,802 - 0,827). Штаммы «гипервирулентной» генетической линии K. pneumoniae СС23 встречались чаще при внебольничных инфекциях.
Выводы. Крайне высокая частота резистентности к цефалоспоринам у K. pneumoniae (> 80%) и E. coli (> 60%), а также высокая частота сочетанной устойчивости к аминогликозидам и фторхи-нолонам исключают возможность их эмпирического применения для лечения серьезных нозокомиальных инфекций, вызванных данной группой бактерий. У K. pneumoniae отмечается быстрое нарастание устойчивости к карбапенемам, в основном за счет распространения карбапенемаз трех основных групп: OXA-48, NDM и KPC. Одновременно с ростом частоты продукции карбапенемаз следует отметить увеличение их разнообразия и доли штаммов, несущих гены NDM и KPC карбапенемаз, а также штаммов, несущих гены нескольких карбапенемаз одновременно. При внеболь-ничных инфекциях основной клинически значимой проблемой является сохраняющаяся высокая частота устойчивости к цефалоспоринам у наиболее частого возбудителя - E. coli (> 30%), а также у K. pneumoniae (> 50%).
Эйдельштейн М.В. и соавт.
Original Article
Antimicrobial resistance of clinical isolates of Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli in Russian hospitals: results of a multicenter epidemiological study
Edelstein M.V., Shaidullina E.R., Ivanchik N.V., Dekhnich A.V., Mikotina A.V., Skleenova E.Yu., Sukhorukova M.V., Azizov I.S., Shek E.A., Romanov A.V., Trushin I.S., Kuzmenkov A.Yu., Kozlov R.S.
Institute of Antimicrobial Chemotherapy, Smolensk, Russia
Contacts:
Mikhail V. Edelstein
E-mail: [email protected]
Key words: Enterobacterales, Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, antimicrobial resistance, carbapenemases, infection, epidemiology.
Conflict of interest: all authors report no conflicts of interest relevant to this article.
External funding: the study was partially supported by an independent medical grant from Pfizer.
Objective. To study the prevalence and mechanisms of antibiotic resistance, including carbapenemase production, in clinical isolates of Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli isolated in different regions of Russia as part of the sentinel multicenter surveillance study in 2020-2021, and to explore the population structure of K. pneumoniae and the impact of "high-risk clones" on antibiotic resistance. Materials and methods. Consecutive, non-duplicate isolates of K. pneumoniae (n = 2503) and E. coli (n = 2055) isolated from various specimens (blood, cerebrospinal fluid, respiratory samples, urine, wound secretions, etc.) of hospitalized patients with clinical signs of infection in 55 hospitals of 29 cities of Russia were studied. Species identification of isolates was performed by matrix-assisted laser desorption/ ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS). Antibiotic susceptibilities were determined by serial broth microdilution or, in the case of fosfomycin, by agar dilution method, and results were interpreted according to EUCAST v13 MIC breakpoints. Carbapenemase production was determined phenotypically by carbapenem inactivation method (CIM), the presence of genes of the most common serine carbapenemases (KPC, OXA-48) and metallo-p-lactamases (VIM, IMP, NDM) was determined by real-time PCR. K. pneumoniae clinical isolates were genotyped and assigned to the known clonal complexes (CC) and sequence types (ST) using SNP typing and multilocus sequencing typing (MLST) methods. K- and O-serotypes, acquired resistance and virulence genes, and plasmids carrying these genes were characterized using whole-genome sequencing of selected isolates (n = 215). Results. The resistance rates of nosocomial/community-acquired isolates of K. pneumoniae were as follows: amoxicillin-clavulanate - 88.63/57.99%, piperacillin-tazobactam - 82.92/45.49%, cefotaxime - 87.74/56.97%, ceftazidime - 84.76/53.07%, cefepime - 81.43/49.18%, aztreonam -1.63/53.28%, ceftazidime-avibactam - 30, 88/9.22%, ceftolozan-tazobactam - 70.06/31.35%, ertapenem - 72.10/28.69%, meropenem - 49.60/15.16%, imipenem - 44.54/13.73%, gen-tamicin - 60.82/30.33%, amikacin - 42.06/17.21%, ciprofloxacin - 85.10/49.39%; trimethoprim-sulfamethoxazole - 74.38/48.16%, colistin - 5.96/2.25%. The resistance of nosocomial/outpatient isolates of E. coli were: ampicillin - 84.93/67.67%, amoxicillin-clavulanate - 57.37/39.73%, pipe-racillin-tazobactam - 19.48/8.70%, cefotaxime - 63.83/34.19%, ceftazidime - 45.32/20.34%, cefepime - 35.95/16.61%, aztreonam - 51.78/26.11%, ceftazidime-avibactam - 5.71/0.80%, ceftol ozane-tazobactam - 11, 95/2.22%, ertapenem - 8.18/1.42%, meropenem - 5.17/0.53%, imipenem - 4.95/0.36%, gentamicin - 24.54/13.68%, amikacin - 5.49/1.42%, ciprofloxacin - 54, 14/32.50%, trimethoprim-sulfamethoxazole - 52.21/38.54%, fosfomycin - 2.48/1.43%, colistin -1.60/1.07%, tigecycline - 6.35/3.11%. The frequency of carbapenemase production among K. pneumoniae nosocomial isolates was 65.32% (OXA-48 - 40.75%, NDM - 30.28%, KPC - 8.74%, OXA-48 + NDM - 10.62%, OXA-48 + KPC - 2.98%, NDM + KPC - 0.45%, OXA-48 + NDM + KPC - 0.20%). More than 70% of nosocomial isolates of K. pneumoniae belonged to only 7 major genetic lineages known as "high-risk international clones": CC395 - 37.40%, CC23 - 9.59%, CC307 - 8.64%, CC147 -7.61%, CC15 - 2.95%, CC258 - 2.92%, and CC11 - 2.41%. The population of community-acquired K. pneumoniae was characterized by significantly greater genetic diversity (Simpson diversity index: D = 0.919; 95% CI: 0.904 to 0.933) compared with the population of nosocomial strains (Simpson diversity index: D = 0.815; 95% CI: 0.802 to 0.827). Strains of the "hypervirulent" genetic lineage of K. pneu-moniae CC23 were more common in community-acquired infections.
Conclusions. The extremely high frequency of resistance to cephalosporins in K. pneumoniae (> 80%) and E. coli (> 60%), as well as the high frequency of combined resistance to aminoglycosides and fluoroquinolones precludes their empirical use for the treatment of serious nosocomial infections caused by these pathogens. K. pneumoniae shows a rapid increase in resistance to carbapenems, mainly due to the spread of carbapenemases of three major groups: OXA-48, NDM and KPC. The overall increase in the frequency of carbapenemase production is accompanied by the growing diversity of carbapenemases, the increasing prevalence of strains producing NDM and KPC enzymes and those co-producing multiple carbapenemases simultaneously. In community-acquired infections, the high prevalence of resistance to cephalosporins in E. coli (> 30%) and K. pneumoniae (> 50%) remains the most important problem.
SnflenbrnTeMH M.B. u coaBT.
Введение
Представители порядка Enterobacterales, в первую очередь Klebsiella pneumoniae и Escherichia coli, являются наиболее частыми возбудителями нозокомиальных инфекций в России на протяжении последних лет [1-5]. По данным ресурса «Онлайн-платформа анализа данных резистентности к антимикробным препаратам в России» (www.AMRmap.ru) доля Enterobacterales в структуре нозокомиальных инфекций в России за 10 лет, с 2011 по 2021 г. возросла с 31,8% до 56,4%. При внебольнич-ных инфекциях роль энтеробактерий зависит от локализации инфекций и является максимальной при инфекциях мочевых путей и интраабдоминальных инфекциях. Энтеробактерии характеризуются высоким уровнем устойчивости ко многим антимикробным препаратам (АМП). На сегодняшний день наибольшее клиническое значение имеет рост резистентности нозокомиальных штаммов энтеробактерий к современным цефалоспори-нам и карбапенемам. По данным ранее проведенных исследований, устойчивость к цефалоспоринам среди госпитальных штаммов энтеробактерий в России достигла уровня > 80,0%, главным образом вследствие эпидемического распространения штаммов, продуцирующих ß-лактамазы расширенного спектра (БЛРС) [3-6]. Распространенность БЛРС и, соответственно, устойчивость к цефалоспоринам III-IV поколения среди вне-больничных изолятов энтеробактерий также возросла за последние два десятилетия. Так, при внебольнич-ных инфекциях мочевых путей в России, в 2010-2011 гг. устойчивость к цефотаксиму составляла 13,4%, а в 2018 г. - 26,8% [7, 8]. Результаты предыдущих этапов исследования «МАРАФОН» показали отчетливую тенденцию к повышению уровня резистентности к кар-бапенемам, в основном опосредованную продукцией карбапенемаз, среди нозокомиальных изолятов энтеробактерий [4, 5]. При этом продукция карбапенемаз и резистентность к карбапенемам наиболее часто встречаются у штаммов Klebsiella pneumoniae - ведущего возбудителя нозокомиальных инфекций в России. Кроме того, результаты исследований последних лет свидетельствуют о росте приобретенной резистентности K. pneumoniae и E. coli и к не^-лактамным антибиотикам, таким как колистин, тигециклин и фосфомицин [4, 5].
Целью настоящего исследования явилось изучение распространенности устойчивости к антибиотикам и основных приобретенных механизмов резистентности (БЛРС и карбапенемаз) у клинических изолятов Enterobacterales, выделенных в различных регионах России в рамках многоцентрового эпидемиологического исследования в 2020-2021 гг., а также изучение структуры популяции K. pneumoniae и роли «клонов высокого риска» в распространении антибиотикорезистентности.
Материалы и методы
Бактериальные изоляты. Последовательные, неповторяющиеся (по одному от каждого пациента) изоляты
Эйдельштейн М.В. и соавт.
K. pneumoniae (n = 2503) и E. coli (n = 2055) были выделены в рамках рутинных диагностических исследований из репрезентативных образцов биоматериала (кровь, спинномозговая жидкость, моча, бронхоальвеолярный лаваж, эндотрахеальный аспират, биоптаты, отделяемое из глубоких отделов ран и др.) госпитализированных пациентов с клиническими признаками инфекции в 55 стационарах 29 городов России с 1 января 2020 г. по 31 декабря 2021 г. Колонизирующие изоляты, выделенные при проведении исследований на «носитель-ство», а также изоляты, выделенные из объектов внешней среды, в исследование не включались. Разделение изолятов на внебольничные и нозокомиальные проводилось согласно формальному критерию ВОЗ по времени возникновения инфекции [World Health Organization. Prevention of hospital-acquired infections. A practical guide. 2nd edition. 2002. https://iris.who.int/bitstream/ handle/10665/67350/WH0_CDS_CSR_EPH_2002.12. pdf]. Выделенные изоляты были направлены в центральную лабораторию для последующего изучения в рамках многоцентрового исследования «МАРАФОН».
Видовая идентификация и хранение изолятов. В центральной лаборатории идентификацию до вида проводили для всех исследуемых изолятов методом вре-мяпролетной масс-спектрометрии с матрично-ассоции-рованной лазерной десорбцией/ионизацией (MALDI-TOF MS) с использованием системы Microflex LT и программного обеспечения MALDI Biotyper Compass 4.1.80 (Bruker Daltonics, Германия). Рекомендуемые значения Score
> 2,0 использовали в качестве критерия надежной видовой идентификации. До проведения анализа изоляты хранили при температуре -70°С в триптиказо-соевом бульоне с добавлением 30% глицерина.
Определение чувствительности к АМП. Определение чувствительности ко всем АМП выполняли методом последовательных разведений в бульоне Мюллера-Хинтон (Oxoid, Великобритания) в соответствии с требованиями Европейского комитета по определению чувствительности к антимикробным препаратам (EUCAST) и стандартов ISO 20776-1:2006 / ГОСТ Р ИСО 20776-1-2010 [9-11]. Клинические категории чувствительности изолятов к АМП определяли на основании пограничных значений минимальных подавляющих концентраций (МПК), в соответствии с рекомендациями EUCAST, версия 13.0 [11]. Контроль качества определения чувствительности проводили с использованием штаммов: E. coli ATCC®25922, E. coli ATCC®35218, Klebsiella quasipneumoniae ATCC®700603 и Pseudomonas aeruginosa ATCC®27853.
Выявление карбапенемаз. Продукцию карбапене-маз определяли фенотипически методом инактивации карбапенемов (CIM) [13]. Наличие генов наиболее распространенных металло^-лактамаз (групп VIM, IMP и NDM) и сериновых карбапенемаз (групп KPC и OXA-48) у всех изолятов, имеющих значения МПК меропенема
> 0,125 мг/л [12], определяли методом ПЦР в режиме
реального времени с использованием коммерческих наборов «АмплиСенс® MDR MBL-FL» и «АмплиСенс® MDR KPC/OXA-48-FL» (ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Россия) и системы DTprime 5X1 (ДНК-Технология, Россия). В качестве положительных контролей использовали охарактеризованные штаммы из коллекции «НИИ антимикробной химиотерапии», несущие гены известных карбапенемаз.
Молекулярно-генетическое типирование K. pneumoniae. Генотипирование клинических изолятов K. pneumoniae (n = 3693), выделенных в рамках исследования «МАРАФОН» в 2017-2020 гг., проводили с помощью метода SNP-типирования, основанного на анализе од-нонуклеотидных полиморфизмов (SNP) в 7 хромосомных локусах (gapA, infB, mdh, pgi, phoE, rpoB и tonB), используемых в существующей схеме мультилокусного секвенирования-типирования (MLST) K. pneumoniae [14], который обеспечивает возможность высокопроизводительного типирования изолятов и определения их принадлежности к известным сиквенс-типам (ST) и кло-нальным комплексам (CC), включая так называемые «международные клоны высокого риска». Детекцию SNP в указанных локусах проводили с помощью аллель-специфичной ПЦР в режиме реального времени с универсальными флуорогенными праймерами (AmpliFluor). Для подготовки и проведения ПЦР в формате 384-луноч-ных планшет использовали систему QIAgility (QIAGEN, Германия) и DTPrime 5X1 (ДНК-Технология, Россия). В качестве контролей использовали штаммы K. pneumoniae известных сиквенс-типов из коллекции «НИИ антимикробной химиотерапии».
Полногеномное секвенирование K. pneumoniae. Выделение геномной ДНК бактерий проводили с помощью наборов DNeasy Blood & Tissue Kit и системы QIAcube Connect (QIAGEN, Германия). Подготовку геномных библиотек для секвенирования методом коротких парно-концевых прочтений проводили с помощью наборов Nextera™ DNA Sample Prep Kit (Illumina, США), библиотек для секвенирования методом длинных прочтений -с помощью наборов Ligation Sequencing kit SQK-LSK109 (Oxford Nanopore Technologies, Великобритания). Все библиотеки были подготовлены в соответствии с инструкцией производителей. Секвенирование методом коротких прочтений выполняли на платформах MiSeq или HiSeq (Illumina, США), длинных прочтений - с использованием системы GridION X5 и ячеек MinION R9.4.1 (Oxford Nanopore Technologies, Великобритания).
Биоинформатический анализ. Сборку геномов de novo с использованием только коротких прочтений проводили в программе SPAdes v.3.14.1 [15], длинных прочтений - в программе Flye [16], для гибридных сборок с использованием коротких и длинных прочтений - в программе Unicycler v.0.5.0 [17]. Оценку качества собранных геномов проводили в программе QUAST [18], дополнительно для гибридных сборок использовали программу BUSCO [19]. После сборки геномы проверяли и очищали от контаминации по методу Douglass А. и соавт. [20].
Приобретенные гены резистентности аннотировали с использованием базы данных AMRFinderPlus (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pathogens/antimicrobial-resistance/AMRFinder/). Поиск генов вирулентности проводили в программе Abricate v.1.0.1 (https://github. com/tseemann/abricate) с использованием базы данных BIGSdb-Pasteur (https://bigsdb.pasteur.fr).
Для определения K- и O-серотипов использовали программу Kleborate v.2.1.0 [21, 22]. Для поиска и реконструкции плазмид использовали программу mob-suite v.3.0.3 [23] с последующей обработкой в программе CLC Genomics Workbench v.22.0 (QIAGEN Bioinformatics, Германия).
Статистический анализ данных. Статистическую обработку полученных результатов проводили с использованием онлайн платформы для анализа данных AMRCloud (https://amrcloud.net/) [24] и следующих статистических методов: расчета абсолютных и относительных частот, медианных значений, доверительных интервалов по методу Уилсона, множественных сравнений с использованием точного теста Фишера с поправкой Хольма. Различия считали статистически значимыми при р < 0,05.
Результаты
Нозокомиальные инфекции
K. pneumoniae была наиболее распространенным бактериальным возбудителем нозокомиальных инфекций (30,00%): первым по частоте среди возбудителей нозокомиальных инфекций дыхательной системы (35,81%), мочевыводящей системы (31,94%), сердца и сосудов (26,40%), инфекций ЦНС (27,78%) и вторым -среди возбудителей нозокомиальных инфекций кожи и мягких тканей (19,10%), брюшной полости (26,26%) и инфекций костей и суставов (15,93%).
Частота устойчивости к антибиотикам у K. pneu-moniae (Рисунок 1) составила: к амоксициллину-клавула-нату - 88,63% и пиперациллину-тазобактаму - 82,92%, к цефалоспоринам - цефотаксиму, цефтазидиму и це-фепиму - 87,74%, 84,76% и 81,43% соответственно, к азтреонаму - 81,63%, к цефтолозану-тазобактаму -70,06%, к эртапенему, меропенему и имипенему -72,10%, 49,60% и 44,54% соответственно, к аминогли-козидам - гентамицину и амикацину - 60,82%, и 42,06% соответственно, фторхинолонам - ципрофлоксацину -85,10%; к триметоприму-сульфаметоксазолу - 74,38%. Наибольшую активность проявляли цефтазидим-ави-бактам - 30,88% резистентных изолятов и колистин -5,96% резистентных изолятов.
Частота продукции карбапенемаз среди нозокоми-альных изолятов K. pneumoniae в 2020-2021 гг. составила 65,32%. Наиболее распространенными были кар-бапенемазы групп OXA-48 - 40,75% и NDM - 30,28%, карбапенемазы группы KPC встречались значительно реже - 8,74%. При этом у 14,25% изолятов была выявлена сочетанная продукция нескольких карбапенемаз:
Эйдельштейн М.В. и соавт.
OXA-48 и NDM - 10,62%, OXA-48 и KPC - 2,98%, NDM и KPC - 0,45%, OXA-48, NDM и KPC - 0,20%.
Частота устойчивости к антибиотикам у E. coli (Рисунок 2) составила: к ампициллину - 84,93%, к амоксициллину-клавулановой кислоте и пиперацилли-ну-тазобактаму - 57,37% и 19,48% соответственно, к цефалоспоринам - цефотаксиму, цефтазидиму и цефе-пиму - 63,83%, 45,32% и 35,95% соответственно, к цефтолозану-тазобактаму - 11,95%, к фторхинолонам -ципрофлоксацину - 54,14%, к триметоприму-сульфаме-токсазолу - 52,21%, к аминогликозидам - гентамицину и амикацину - 24,54% и 5,49% соответственно.
Наибольшую активность показали карбапенемы -эртапенем, меропенем и имипенем - 8,18%, 5,17% и 4,95% резистентных изолятов соответственно, цефтази-
дим-авибактам - 5,71%, тигециклин - 6,35%, фосфоми-цин - 2,48% и колистин - 1,60% резистентных изолятов.
Внебольничные инфекции
Частота устойчивости к антибиотикам у изолятов E. coli, выделенных при внебольничных инфекциях составила (Рисунок 3): к пенициллинам (ампициллину) -67,67%, к цефалоспоринам - цефотаксиму, цефтазидиму и цефепиму - 34,19%, 20,34% и 16,61% соответственно, к ингибиторозащищенным пенициллинам - амоксицил-лину-клавулановой кислоте и пиперациллину-тазобак-таму - 39,73% и 8,70% соответственно, к тримето-приму-сульфаметоксазолу - 38,54%, к фторхинолонам - ципрофлоксацину - 32,50%, к гентамицину - 13,68%. Наибольшей активностью обладали ингибиторозащи-
II S IHR
Рисунок 1. Нозокомиальные инфекции: антибиотикорезистентность K. pneumoniae - доля чувствительных (S), чувствительных при увеличенной экспозиции (I) и резистентных (R) изолятов (N = 2014)
(%|
9?;.7............97'?2 .........94,62 .........94,5-.........94,29..........93,97.........93,65.........9Т;82
Т 83,21
84,93 Ü
48,22 47 3|2t21
Т 42J53 31.95 Н
54,14
51,78
_30 35.52
45,32 41,77 у 41,12
J ,29
2,48
4,95 tePi
5,49
Ой
5,71 Ой
5,17
Hfl _
6,35 0Й
8J8
ой
Г1;95"
л
16У9
J
19,48
Ж
I
У//У//////х/ /
/ / /
II S IIIR
Рисунок 2. Нозокомиальные инфекции: антибиотикорезистентность E. coli - доля чувствительных (S), чувствительных при увеличенной экспозиции (I) и резистентных (R) изолятов (N = 929)
Эйдельштейн М.В. и соавт.
щенные цефалоспорины - цефтолозан-тазобактам и цефтазидим-авибактам - 2,22% и 0,80% устойчивых изолятов соответственно, карбапенемы - эртапенем, меропенем и имипенем - 1,42%, 0,53% и 0,36% устойчивых изолятов соответственно, амикацин, фосфоми-цин, тигециклин и колистин - 1,42%, 1,43%, 3,11% и 1,07% устойчивых изолятов соответственно.
Частота устойчивости среди внебольничных изолятов K. pneumoniae составила (Рисунок 4): к ингибиторо-защищенным пенициллинам - амоксициллину-клавула-новой кислоте и пиперациллину-тазобактаму - 57,99% и 45,49% соответственно; к цефалоспоринам - цефо-таксиму, цефтазидиму и цефепиму - 56,97%, 53,07% и 49,18% соответственно, к азтреонаму - 53,28%, к ин-гибиторозащищенному цефалоспорину - цефтолозану-тазобактаму - 31,35%, к карбапенемам - эртапенему, меропенему и имипенему - 28,69%, 15,16% и 13,73%, к фосфомицину - 35,66%, к фторхинолонам - ципро-
флоксацину - 49,39%, к триметоприму-сульфаметокса-золу - 48,16%, к аминогликозидам - гентамицину и ами-кацину - 30,33%, и 17,21%. Наибольшую активность проявляли колистин - 2,25% и цефтазидим-авибактам -9,22%, резистентных изолятов.
Молекулярно-генетическая характеристика основных изолятов K. pneumoniae, вызывающих инфекции у госпитализированных пациентов
Генотипирование клинических изолятов K. pneumoniae проводилось с использованием SNP- и MLST-типирования по семи хромосомным локусам: gapA, infB, mdh, pgi, phoE, rpoB, tonB (https://bigsdb.pasteur. fr/klebsiella/). По результатам генотипирования все клинические изоляты K. pneumoniae (n = 3693), выделенные у госпитализированных пациентов в 35 городах 7 федеральных округов России, были отнесены к 186 различным генотипам (сиквенс-типам, ST).
IIS IHR
Рисунок 3. Внебольничные инфекции: антибиотикорезистентность E. coli - доля чувствительных (S), чувствительных при увеличенной экспозиции (I) и резистентных (R) изолятов (N = 1126)
(%|
100 97,75
9078.............................................................................
84 02 В2,79 61,76 + ..................... -
98,77
80 60 40 20 О
яет..........дгЕГ
64,34
5Б,6]
...53,2Я.........53,07...
56,97 57,99 ~ :1
й5
9,22
ой
13,73 il
17,21
J.....
I
â
1*28.69 30,33 I 3136 jif
j Ulli J
45,49
I
43,65
42,01
4Ui
S
1<230
/ y У > >»•
S s / / X /</ /
у у / у
s
j? J
/ J* /
Jr
s
Il S IHR
Рисунок 4. Внебольничные инфекции: антибиотикорезистентность K. pneumoniae - доля чувствительных (S), чувствительных при увеличенной экспозиции (I) и резистентных (R) изолятов (N = 488)
Эйдельштейн М.В. и соавт.
28,49
СС395 ■ СС23 СС307 СС147 ■ СС15 ■ СС258 ■ СС11 ■ Другие генотипы
Рисунок 5. Доля различных генетических линий в структуре популяции клинических штаммов K. pneumoniae в России
Несмотря на выявленное генетическое разнообразие, более 70% изолятов принадлежали всего к 7 основным генетическим линиям (клональным комплексам, СС), известным как «международные клоны высокого риска»: CC395 (37,39%), CC23 (9,59%), CC307 (8,64%), CC147 (7,61%), CC15 (2,95%), CC258 (2,92%) и CC11 (2,41%) (Рисунок 5).
СС395 II СС23 СС307 СС147 ■ СС15 ■ СС258 ■ СС11 И Другие генотипы
Популяция штаммов K. pneumoniae, вызывающих внебольничные инфекции, включала меньшее количество изолятов (n = 602), но характеризовалась значительно большим генетическим разнообразием (113 генотипов; индекс разнообразия Симпсона: D = 0,919; 95% ДИ: 0,904 - 0,933) по сравнению с популяцией госпитальных штаммов (3091 изолят; 151 генотип; индекс разнообразия Симпсона: D = 0,815; 95% ДИ: 0,802 - 0,827). При этом распространенность основных клонов «высокого риска»: СС395, СС147 и СС258, для которых характерна устойчивость к антибиотикам разных классов, была статистически значимо выше при нозокомиальных, чем при внебольничных инфекциях, что свидетельствует о преимущественно внутри-больничном распространении штаммов этих генотипов. Напротив, штаммы «гипервирулентной» генетической линии СС23 встречались чаще при внебольничных инфекциях (Рисунок 6).
Штаммы 6 основных генетических линий (CC395, CC23, CC307, CC147, CC15 и CC11) выявлены во всех 7 федеральных округах России. СС395, СС23 и СС307 были распространены наиболее широко географически и выявлены соответственно в 33, 31 и 30 городах. Частота встречаемости различных генотипов значительно отличалась на уровне отдельных городов (Рисунок 7). В большинстве федеральных округов и городов СС395 был преобладающей генетической линией. Однако в Уральском федеральном округе наиболее часто выделялись штаммы СС258 (32,57%): в Тюмени, Кургане и Екатеринбурге их доля составила соответственно 55,21%, 27,66% и 20,43%, тогда как в других федеральных округах она не превышала 2%. Более высокая частота встречаемости СС147 отмечена в Северо-Западном федеральном округе (16,91%): в Мурманске и Петрозаводске на долю штаммов этого генотипа приходилось 34,40% и 19,28% изолятов K. pneumoniae. Высокие показатели распространенности СС23 отмечены в географически удаленных городах: Казани (35,81%), Майкопе (33,33%), Белгороде (21,01%) и Смоленске (20,3%).
Пять генетических линий: CC258, CC47, CC307, CC395 и СС11 отличались наиболее высокой частотой и широким спектром устойчивости к антибиотикам (Таблица 1, Рисунок 8). Более 90% изолятов СС258 были
Генотип Внебольничные: число изолятов (%) Нозокомиальные: число изолятов (%) p (точный тест Фишера)
СС395 1 38/602 (22,92%) 1243/3091 (40,21%) 0,0001*
CC23 80/602 (13,29%) 274/3091 (8,86%) 0,0011*
CC307 47/602 (7,81%) 272/3091 (8,8%) 0,4755
CC147 26/602 (4,32%) 255/3091 (8,25%) 0,0005*
CC15 18/602 (2,99%) 91/3091 (2,94%) 0,8959
CC258 4/602 (0,66%) 104/3091 (3,36%) 0,0001*
CC11 11/602 (1,83%) 78/3091 (2,52%) 0,3832
Другие генотипы 278/602 (46,18%) 774/3091 (25,04%) 0,0001*
* статистически значимые различия.
Рисунок 6. Распространенность различных генотипов K. pneumoniae при внебольничных и нозокомиальных инфекциях Эйдельштейн М.В. и соавт.
1%)
СС395 11СС23 СС307 СС147 ■ СС15 II СС258 II СС11 II Другие генотипы Рисунок 7. Распространенность различных генотипов К. pneumoniae в разных городах
резистентны ко всем р-лактамным и не-р-лактамным антибиотикам, за исключением цефтазидима-авибактама (4,63%), колистина (4,63%) и гентамицина (17,59%). Устойчивость к цефтазидиму-авибактаму была наиболее характерна для СС147 (70,82%).
Устойчивость к карбапенемам у штаммов вышеперечисленных генетических линий была связана с продукцией различных карбапенемаз, а резистентность к цеф-тазидиму-авибактаму - с наличием определенного типа карбапенемаз - металло-р-лактамаз (MBL) группы NDM. Карбапенемазопродуцирующие изоляты K. pneumoniae (n = 1794) относились к 49 различным генотипам, среди которых основными были CC395 (48,16%), CC147 (10,37%), CC23 (8,08%), CC258 (5,63%) и CC307 (4,85%). Наиболее распространенные в России карба-пенемазы группы OXA-48 были выявлены (по отдельности или в сочетании с другими карбапенемазами) у 32,90% изолятов 40 различных генотипов, среди которых СС395 был самым распространенным (61,1%); вторая по частоте встречаемости группа NDM - у 16,30% изолятов, относящихся к 31 генотипу, в большинстве случаев у СС147 (25,08%) и СС395 (20,10%); KPC -только у 3,30% изолятов 7 генотипов, в основном у CC258 (81,96%).
Для детальной молекулярно-генетической характеристики штаммов K. pneumoniae, продуцирующих кар-бапенемазы, проведено полногеномное секвенирование 215 выборочных изолятов разных генотипов из 25 городов всех федеральных округов России. На основании данных секвенирования определены сиквенс-типы (ST), капсульный (К-) и липополисахаридный (О-) серотипы, аннотированы приобретенные гены резистентности и вирулентности, проведен поиск и реконструкция плаз-мид, несущих гены антибиотикорезистентности и виру-
лентности. Исследованные с помощью полногеномного секвенирования изоляты разделены на 30 сиквенс-ти-пов, 28 К-серотипов и 11 О-серотипов. Большинство изолятов относились к ST395 (49,30%), ST147 (8,84%) и ST307 (8,37%). Внутри генетических линий ST395, ST147 и ST11 выявлены генетические субклады, отличающиеся по структуре генетических кластеров биосинтеза капсулы и, как следствие, относящиеся к разным К-серотипам. Так, изоляты ST395 имели в основном се-ротип ^2(К2) (83,02%), который согласно литературным данным связан с более высокой вирулентностью и устойчивостью к макрофагам, а также ^108(К47) (8,49%), К.39 (4,72%) и К.24(К24) (1,89%). Типирование по О-антигену также выявило вариабельность этого признака внутри отдельных генетических линий, включая доминирующий клон ST395.
Среди вариантов карбапенемаз группы ОХА-48 выявлены: ОХА-48 (96,51%), ОХА-244 (2,33%), ОХА-232 (0,58%) и ОХА-920 (0,58%). Вторая по распространенности группа NDM включала: ^М-1 (85,11%), NDM-5 (10,64%) и NDM-16 (4,26%). Карбапенемазы группы КРС были представлены единственным вариантом - КРС-3, обнаруженным у штаммов СС258 ^Т258 и ST512). В геномах подавляющего большинства карбапенемазо-продуцирующих изолятов выявлено множество дополнительных приобретенных генов антибиотикорезистент-ности, наиболее значимыми из которых были гены БЛРС и АтрС цефалоспориназ, определяющие устойчивость к современным цефалоспоринам и азтреонаму, а также гены 16S рРНК-метилтрансфераз, придающие устойчивость ко всем аминогликозидам. БЛРС, включая наиболее частый вариант СТХ-М-15 (81,87%) и более редкие варианты СТХ-М-14 (4,2%), СТХ-М-3 (2,34%) и СТХ-М-55 (1,4%), присутствовали у 88,38% изолятов. Гены 16S
Эйдельштейн М.В. и соавт.
КМАХ . 2024 . Том 26 . №1
Таблица 1. Распространенность устойчивости к различным антибиотикам у штаммов K. pneumoniae разных генетических линий
Антибиотик Процент резистентных изолятов (95% доверительный интервал)
CC11 (N = 89) CC15 (N = 109) CC23 (N = 354) CC147 (N = 281) CC258 (N = 108) CC307 (N = 319) CC395 (N = 1381) Другие генотипы (N = 1052)
Азтреонам 94,38 79,82 61,58 93,59 95,37 96,87 90,22 58,33
(87,51-97,58) (71,33-86,28) (56,42-66,5) (90,1-95,91) (89,62-98,01) (94,33-98,29) (88,54-91,68) (55,32-61,27)
Амикацин 64,04 33,03 39,83 72,95 97,22 26,96 41,20 23,86
(53,69-73,24) (24,91-42,3) (34,87-45,01) (67,48-77,81) (92,15-99,05) (22,39-32,08) (38,63-43,82) (21,38-26,53)
Амокси-циллин-клавуланат 89,89 85,32 68,08 95,73 97,22 97,81 98,41 59,03
(81,89-94,59) (77,48-90,76) (63,05-72,72) (92,69-97,54) (92,15-99,05) (95,54-98,93) (97,6-98,95) (56,03-61,96)
Гентамицин 62,92 57,80 56,21 76,87 17,59 69,59 58,44 38,97
(52,55-72,23) (48,42-66,65) (51,01-61,29) (71,6-81,42) (11,56-25,85) (64,34-74,38) (55,82-61,01) (36,07-41,96)
Имипенем 39,33 33,94 12,99 62,63 90,74 15,05 34,18 16,25
(29,82-49,71) (25,74-43,25) (9,89-16,9) (56,84-68,08) (83,79-94,89) (11,54-19,39) (31,72-36,72) (14,15-18,61)
Колистин 5,62 2,75 9,32 8,19 4,63 8,46 7,89 4,28
(2,42-12,49) (0,94-7,78) (6,71-12,8) (5,52-11,98) (1,99-10,38) (5,88-12,03) (6,58-9,43) (3,21-5,68)
Меропенем 47,19 34,86 20,9 58,36 91,67 16,93 40,12 19,39
(37,15-57,46) (26,57-44,19) (16,99-25,44) (52,52-63,98) (84,92-95,55) (13,21-21,43) (37,56-42,72) (17,12-21,89)
Пиперацил- лин-тазобак- там 84,27 73,39 60,45 92,88 97,22 84,64 96,89 44,77
(75,31-90,39) (64,41-80,79) (55,27-65,41) (89,26-95,35) (92,15-99,05) (80,27-88,18) (95,83-97,68) (41,79-47,79)
Триметоприм- сульфамето- ксазол 44,94 76,15 54,52 70,82 89,81 95,92 91,38 49,81
(35,03-55,27) (67,34-83,17) (49,31-59,63) (65,25-75,82) (82,68-94,22) (93,15-97,6) (89,79-92,75) (46,79-52,83)
Фосфомицин 67,42 44,04 54,52 85,77 97,22 35,42 76,54 30,32
(57,13-76,26) (35,08-53,4) (49,31-59,63) (81,2-89,37) (92,15-99,05) (30,38-40,82) (74,23-78,7) (27,62-33,17)
Цефепим 93,26 77,06 60,45 92,88 96,3 93,73 92,69 53,71
(86,06-96,87) (68,33-83,95) (55,27-65,41) (89,26-95,35) (90,86-98,55) (90,52-95,91) (91,19-93,94) (50,69-56,7)
Цефотаксим 95,51 85,32 64,12 95,73 97,22 98,43 95,58 64,54
(89,01-98,24) (77,48-90,76) (59-68,94) (92,69-97,54) (92,15-99,05) (96,38-99,33) (94,37-96,55) (61,6-67,38)
Цефтазидим 93,26 83,49 60,17 94,66 96,3 97,49 92,11 57,79
(86,06-96,87) (75,4-89,29) (54,99-65,13) (91,38-96,74) (90,86-98,55) (95,13-98,72) (90,57-93,42) (54,79-60,75)
Цефтазидим-авибактам 47,19 31,19 2,82 70,82 4,63 7,21 11,01 14,26
(37,15-57,46) (23,26-40,4) (1,54-5,12) (65,25-75,82) (1,99-10,38) (4,85-10,59) (9,47-12,78) (12,28-16,5)
Ципро-флоксацин 98,88 88,07 64,69 100 100 99,69 99,93 49,81
(93,91-99,8) (80,66-92,9) (59,58-69,49) (98,65-100) (96,57-100) (98,25-99,94) (99,59-99,99) (46,79-52,83)
Эртапенем 67,42 44,04 54,52 85,77 97,22 35,42 76,54 30,32
(57,13-76,26) (35,08-53,4) (49,31-59,63) (81,2-89,37) (92,15-99,05) (30,38-40,82) (74,23-78,7) (27,62-33,17)
Цветовая шкала: 0% 20% 40% 60% 80% 100%
Эйдельштейн М.В. и соавт.
14 I
19,36
0 76 3^28 1 |
2,95
1,98 024 022
U5.63 6,28 __¿:Т9
I и 1 10:81
.0 35
0:24
1,6; 0,22 0,08
ШО,
4,58 ~
0,19
0,03 1,11
0,51 0,16
>0,05 __0,08
7,14. I--11,06.
СС395 Другие генотипы СС23 СС307 (N = 1381) (N = 1052| (N = 354) (N = 319)
СС147 (N = 281)
СС15 СС258 (N = 109) (N = 108)
СС11 (N = 89)
КРС 11 KPC+NDM ■ KPC+OXA-48-гр.
NDM
NDM+OXA48-rp.
I ОХА48-гр. Отрицательные
Рисунок 8. Распространенность различных карбапенемаз у штаммов K. pneumoniae разных генотипов
рРНК-метилтрансфераз: armA (35,97%), rmtC (5,16%), rmtB1 (2,35%) и rmtF1 (2,34%), придающих устойчивость ко всем аминогликозидам, обнаружены у 45,82% изо-лятов. Гены карбапенемаз были ассоциированы с плаз-мидами 11 различных групп: blaOXA-48 и blaOXA-244 - с широко распространенными в Европе плазмидами групп IncL (52,30%) и IncM2 (37,20%); blaNDM-i выявлен в составе плазмид 7 групп, из которых самыми частыми были IncFIB/IncHIlB (27,66%). При этом у 6 изолятов плазмиды IncFIB/IncHIlB, несущие ген blaNDM-i и другие гены устойчивости к антибиотикам разных классов, также содержали гены гипервирулентности: биосинтеза и рецептора аэробактина (iucABCD-iutA), сальмохелина (iroBCDN), регуляторов мукоидного фенотипа (rmpA и rmpA2) и метаболического транспортера PEG-344 (peg-344), и, следовательно, были классифицированы как «гибридные» плазмиды.
В целом различные маркеры гипервирулентности были выявлены в геномах 52,10% карбапенемазопроду-цирующих изолятов. Гены аэробактина - основного фактора вирулентности обнаружены у 50,23% изолятов, наиболее часто на гибридных плазмидах группы IncFIB/ IncHIlB, rmpA/rmpA2 - у 19,53% изолятов, peg-344 -у 13,49% изолятов, сальмохелина (iroBCDN) - у 8,00% изолятов. Наличие этих маркеров было характерно не только для штаммов генетической линии CC23, исходно описанной как гипервирулентная, но и для множественно резистентных линий, в первую очередь, ST395.
Таким образом в популяции российских штаммов K. pneumoniae, вызывающих инфекции у госпитализированных пациентов, отмечается высокая распространенность штаммов, относящихся к известным «международным клонам высокого риска» и сочетающим генетические факторы резистентности к различным антибиотикам и гипервирулентности. Значительное преобладание в структуре популяции штаммов ST395, несущих гены карбапенемаз, БЛРС, рибосомных метил-трансфераз и аэробактина является особенностью для России.
Заключение
Представители порядка Enterobacterales, в первую очередь K. pneumoniae, являются наиболее частыми и проблемными с точки зрения антибиотикорезистентно-сти и, соответственно, выбора антибактериальной терапии возбудителями нозокомиальных (внутрибольничных) инфекций в России.
Крайне высокая частота резистентности к современным цефалоспоринам у K. pneumoniae (> 80%) и E. coli (> 60%), исключает возможность их эмпирического применения для лечения серьезных нозокомиальных инфекций, вызванных данной группой бактерий. У K. pneumoniae отмечается быстрое нарастание устойчивости к карбапенемам, в основном за счет распространения карбапенемаз трех основных групп: OXA-48, NDM и KPC. Одновременно с ростом частоты продукции карбапенемаз следует отметить увеличение их разнообразия и доли штаммов, несущих гены NDM и KPC карбапенемаз, а также штаммов, несущих гены нескольких карбапенемаз одновременно. Это говорит о необходимости обязательного выявления и дифференциации карбапенемаз в рутинной практике.
Возросший за счет распространения карбапенемаз уровень устойчивости к карбапенемам говорит о необходимости пересмотра стандартных подходов к терапии нозокомиальных инфекций, по крайней мере, у пациентов с жизнеугрожающими инфекциями.
Высокая частота сочетанной устойчивости к традиционно используемым не-р-лактамным антибиотикам -аминогликозидам и фторхинолонам, также не позволяет рекомендовать их широкое применение при нозоко-миальных инфекциях. Использование так называемых «препаратов резерва» - тигециклина, полимиксинов и фосфомицина, ограничено перечнем показаний для их применения (тигециклин), недостатками фармакокине-тики (тигециклин, полимиксины), меньшей по сравнению с р-лактамами клинической эффективностью и безопасностью (полимиксины), возможностью развития устойчи-
Эйдельштейн М.В. и соавт.
вости в процессе терапии (фосфомицин), и в целом относительно высокой частотой встречаемости устойчивости.
Высокая активность комбинации цефтазидима с ави-бактамом, в том числе в отношении карбапенемоустой-чивых изолятов предполагает необходимость повышения частоты ее использования при серьезных инфекциях, вызванных продуцентами сериновых карбапенемаз, или
добавления азтреонама к данной комбинации в случае продукции металло-р-лактамаз.
При внебольничных инфекциях основной клинически значимой проблемой является сохраняющаяся высокая частота устойчивости к цефалоспоринам у наиболее частого возбудителя - E. coli (> 30%), а также у K. pneumoniae (> 50%).
Литература
1. Reshedko G.K., Ryabkova E.L., Kretchikova O.I., Sukhorukova M.V., Shevchenko O.V., Edelstein M.V., et al. Antimicrobial resistance patterns of gramnegative nosocomial pathogens in Russian ICUs. Kliniceskaa mikrobiologia i antimikrobnaa himioterapia. 2008;10(2):96-112. Russian. (Решедько Г.К., Ряб-кова Е.Л., Кречикова О.И., Сухорукова М.В., Шевченко О.В., Эйдельштейн М.В. и соавт. Резистентность к антибиотикам грамотрицательных возбудителей но-зокомиальных инфекций в ОРИТ многопрофильных стационаров России. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2008;10(2):96-112.)
2. Edelstein M.V., Skleenova E.Yu., Shevchenko O.V., Tapalski D.V., Azizov I.S., D'souza J.W., et al. Prevalence and molecular epidemiology of gram-negative bacteria producing metallo-ß-lactamases (MBLs) in Russia, Belarus and Kazakhstan. Kliniceskaa mikrobiologia i antimikrobnaa himioterapia. 2012;14(2):132-152. Russian. (Эйдельштейн М.В., Склеенова Е.Ю., Шевченко О.В., Та-пальский Д.В., Азизов И.С., Д'соуза Дж.В. и соавт. Распространенность и молекулярная эпидемиология грамотрицательных бактерий, продуцирующих ме-талло^-лактамазы, в России, Беларуси и Казахстане. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2012;14(2):132-152.)
3. Sukhorukova M.V., Edelstein M.V., Skleenova E.Yu., Ivan-chik N.V., Timokhova А.У, Sheck Е.А., et al. Antimicrobial resistance of nosocomial Enterobacteriaceae isolates in Russia: results of multicenter epidemiological study "MARATHON" 2011-2012. Kliniceskaa mikrobiologia i antimikrobnaa himioterapia. 2014;16(4):254-265. Russian. (Сухорукова М.В., Эйдельштейн М.В., Склеенова Е.Ю., Иванчик Н.В., Тимохова А.В., Шек Е.А. и соавт. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Enterobacteriaceae в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования МАРАФОН в 2011-2012 гг. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2014;16(4):254-265.)
4. Sukhorukova M.V., Edelstein M.V., Skleenova E.Yu., Ivanchik N.V., Mikotina A.V., Dekhnich A.V., et al. Antimicrobial resistance of nosocomial Enterobacteriaceae isolates in Russia: results of multicenter epidemiological study "MARATHON" 2013-2014. Kliniceskaa mikrobiologia i antimikrobnaa himioterapia. 2017;19(1):49-56. Russian. (Сухорукова М.В., Эйдельштейн М.В., Склеенова Е.Ю.,
Эйдельштейн М.В. и соавт.
Иванчик Н.В., Микотина А.В., Дехнич А.В. и соавт. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Enterobacteriaceae в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования МАРАФОН в 2013-2014 гг. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2017;19(1): 49-56.)
5. Sukhorukova M.V., Edelstein M.V., Ivanchik N.V., Skleenova E.Yu., Shajdullina E.R., Azyzov I.S., et al. Antimicrobial resistance of nosocomial Enterobacterales isolates in Russia: results of multicenter epidemiological study "MARATHON 2015-2016". Kliniceskaa mikrobiologia i antimikrobnaa himioterapia. 2019;21(2):147-159. Russian. (Сухорукова М.В., Эйдельштейн М.В., Иванчик Н.В., Склеенова Е.Ю., Шайдуллина Э.Р., Азизов И.С. и соавт. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Enterobacteriaceae в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования МАРАФОН в 2015-2016 гг. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019;21(2):147-159.) DOI: 10.36488/ cmac.2019.2.147-159
6. Edelstein M., Pimkin M., Palagin I., Edelstein I., Stratchounski L. Prevalence and molecular epidemiology of CTX-M extended-spectrum beta-lactamase-producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in Russian hospitals. Antimicrob Agents Chemother. 2003;47(12):3724-3732. DOI: 10.1128/ aac.47.12.37243732.2003
7. Palagin I.S., Sukhorukova M.V., Dekhnich A.V., Edelstein M.V., Shevelev A.N., Grinyov A.V., et al. Current state of antibiotic resistance of pathogens causing community-acquired urinary tract infections in Russia: «DARMIS» Study (2010-2011). Kliniceskaa mikrobiologia i antimikrobnaa himioterapia. 2012;14(4):280-302. Russian. (Палагин И.С., Сухорукова М.В., Дехнич А.В., Эйдельштейн М.В., Шевелев А.Н., Гринев А.В. и соавт. Современное состояние антибиотикорезистентности возбудителей внебольничных инфекций мочевых путей в России: результаты исследования «ДАРМИС» (20102011). Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2012;14(4):280-302.)
8. Palagin I.S., Sukhorukova M.V., Dekhnich A.V., Edelstein M.V., Perepanova T.S., Kozlov R.S. Antimicrobial resistance of pathogens causing community-acquired urinary tract infections in Russia: results of the multicenter
study "DARMIS-2018". Kliniceskaa mikrobiologia i antimikrobnaa himioterapia. 2019;21(2):134-146. Russian. (Палагин И.С., Сухорукова М.В., Дехнич А.В., Эйдельштейн М.В., Перепанова Т.С., Козлов Р.С. Антибиотикорезистентность возбудителей внеболь-ничных инфекций мочевых путей в России: результаты многоцентрового исследования «ДАРМИС-2018». Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019;21(2):134-146.) DOI: 10.36488/ cmac.2019.2.134-146
9. ISO 20776-1:2006 "Clinical laboratory testing and in vitro diagnostic test systems - Susceptibility testing of infectious agents and evaluation of performance of antimicrobial susceptibility test devices. Part 1. Reference method for testing the in vitro activity of antimicrobial agents against rapidly growing aerobic bacteria involved in infectious diseases".
10. GOST R ISO 20776-1-2010 Clinical laboratory testing and in vitro diagnostic test systems. Susceptibility testing of infectious agents and evaluation of performance of antimicrobial susceptibility test devices. Part 1. Reference method for testing the in vitro activity of antimicrobial agents against rapidly growing aerobic bacteria involved in infection us diseases. Russian. (Национальный Стандарт ГОСТ Р ИСО 20776-1-2010 Клинические лабораторные исследования и диагностические тест-системы in vitro. Исследование чувствительности инфекционных агентов и оценка функциональных характеристик изделий для исследования чувствительности к антимикробным средствам. Часть 1. Референтный метод лабораторного исследования активности антимикробных агентов против быстрорастущих аэробных бактерий, вызывающих инфекционные болезни.)
11. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing (EUCAST). Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters. Ver. 13.0. 2023. Available at: www. eucast.org/ clinical_breakpoints/. Accessed May, 2024.
12. EUCAST guidelines for detection of resistance mechanisms and specific resistances of clinical and/or epidemiological importance. Ver 2.0. 2017. Available at: www.eucast.org/ fileadmin/src/media/PDFs/EUCAST_files/Resistance_ mechanisms/EUCAST_detection_of_resistance_ mechanisms_170711.pdf. Accessed May, 2024.
13. van der Zwaluw K., de Haan A., Pluister G.N., Bootsma H.J., de Neeling A., Schouls L.M. The Carbapenem Inactivation Method (CIM), a simple and low cost alternative for the Carba NP test to assess phenotypic carbapenemase activity in Gram-negative rods. PLoS One. 2015;10:e0123690. DOI: 10.1371/journal.pone.0123690
14. Shaidullina E., Shek E., Mikotina A., Mardanova A., Edelstein M. Development of a high-throughput single nucleotide polymorphism (SNP) typing assay for Klebsiella pneumoniae. Proceedings of 30th European Congress of
Clinical Microbiology and Infectious Diseases. Paris, April 18-21, 2020. P. 3298. Abstract P6858.
15. Bankevich A., Nurk S., Antipov D., A. Gurevich A., Dvor-kin M., Kulikov S., et al. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J Comput Biol. 2012;19(5):455-477. DOI: 10.1089/ cmb.2012.0021
16. Kolmogorov M., Yuan J., Lin Y., Pevzner P.A. Assembly of long, error-prone reads using repeat graphs. Nat Biotechnol. 2019;37(5):540-546. DOI: 10.1038/ s41587-019-0072-8
17. Wick R.R., Judd L.M., Gorrie C.L., Holt K.E. Unicycler: resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads. PLoS Comput Biol. 2017;13(6):e1005595. DOI: 10.1371/journal. pcbi.1005595
18. Gurevich A., Saveliev V., Vyahhi N., Tesler G. QUAST: quality assessment tool for genome assemblies. Bioinformatics. 2013;29(8):1072-1075. DOI: 10.1093/ bioinformatics/btt086
19. Manni M., Berkeley M.R., Seppey M., Zdobnov E.M. BUSCO: assessing genomic data quality and beyond. Curr Protoc. 2021;1(12):e323. DOI: 10.1002/cpz1.323
20. Douglass A.P., O'Brien C.E., Offei B., Coughlan A.Y., Ortiz-Merino R.A., Butler G., Byrne K.P., Wolfe K.H. Coverage-versus-length plots, a simple quality control step for de novo yeast genome sequence assemblies. G3 (Bethesda). 2019;9(3):879-887. DOI: 10.1534/g3.118.200745
21. Wyres K.L., Wick R.R., Gorrie C., Jenney A., Follador R., Thomson N.R., Holt K.E. Identification of Klebsiella capsule synthesis loci from whole genome data. Microb Genom. 2016;2(12):e000102. DOI: 10.1099/mgen.0.000102
22. Lam M.M.C., Wick R.R., Watts S.C., Cerdeira L.T., Wyres K.L., Holt K.E. A genomic surveillance framework and genotyping tool for Klebsiella pneumoniae and its related species complex. Nat Commun. 2021;12(1):4188. DOI: 10.1038/s41467-021-24448-3
23. Robertson J., Nash J.H.E. MOB-suite: software tools for clustering, reconstruction and typing of plasmids from draft assemblies. Microb Genom. 2018;4(8):000206. DOI: 10.1099/mgen.0.000206
24. Kuzmenkov A.Yu., Vinogradova A.G., Trushin I.V., Avra-menko A.A., Eidelstein M.V., Dehnich A.V., Kozlov R.S. AMRcloud: a new paradigm in monitoring of antibiotic resistance. Kliniceskaa mikrobiologia i antimikrobnaa himioterapia. 2019;21(2):119-124. Russian. (Кузьменков А.Ю., Виноградова А.Г., Трушин И.В., Авра-менко А.А., Эйдельштейн М.В., Дехнич А.В., Козлов Р.С. AMRcloud: новая парадигма мониторинга антибиотикорезистентности. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019;21(2):119-124.) DOI: 10.36488/cmac.2019.2.119-124
Эйдельштейн М.В. и соавт.
